Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,974,603 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,974,603 | 0 | G | C | 99.3%
| 646.2
/ NA
| 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (141/134); total (143/134) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,974,604 | 0 | C | G | 99.3%
| 639.8
/ NA
| 277 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (141/133); minor base T (1/1); total (143/134) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
| * | CP042583 | 1,974,605 | 0 | T | A | 98.6%
| 638.0
/ NA
| 276 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (140/131); minor base G (1/3); total (142/134) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.60e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
CGATACGGTCAGTATACGGAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCGCTCGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGGCTGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTAATGCCAAACAGATCCCAGGTTTCACGCTCATACCAGTTAGCGTTCGGGAACAGTTTGGTGAAGGTCGGTACGTGCAGGTCGTTTTCTGCCAGCGCCACCTTCAGCATGATGTCGCGGTTACGATCGATAGAAATCAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCG > CP042583/1974320‑1974884
|||
cGATACGGTCAGTATACGGAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCCTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCCTTGGTCCGCCCAAA‑GGGCtagaa > 2:570655/1‑285 (MQ=255)
ggTCAGTATACGGAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGt > 1:95899/1‑289 (MQ=255)
tCAGTATACGGAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACCCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCggca > 2:388840/1‑286 (MQ=255)
gTATACGGAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCAGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAgcgc > 1:397590/1‑289 (MQ=255)
ttaCGGAATGTAGCTGGGCCAGGACTGGCGTTGCGCCATTTTCTCCGCCCCACGGGGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAgcgcgc < 2:1572337/288‑1 (MQ=255)
taCGGAAGTGAGCTGGGCCAGGACTGCAGGTAGCCCATTTTCTCGGCACCCCGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAgcgcgcg < 2:1295419/289‑1 (MQ=255)
ggAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGCGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGCTCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCACACGGCGAGATCTCGGTAGCGCGCGCCg > 2:1057684/1‑289 (MQ=255)
tGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATa > 1:1150482/1‑289 (MQ=255)
gTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACACTATCTTCGCCATCGAGTCGCAAAACGATACGGAAAGGCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGTTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCGTCCGGGTTGAAGGTCAGGGGTTCAATCCCCAGTTCGTGTTTGGCTTTGTTCGGCTCAACCGTCGGGAATTCGGTAGCGCGCGCCggcaaa > 2:1260779/1‑285 (MQ=255)
gTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCCGATCCTGTTTGTCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGAtca > 2:1657971/1‑287 (MQ=255)
gTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCCAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATaa > 1:749052/1‑289 (MQ=255)
gTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATaa > 1:548637/1‑289 (MQ=255)
gTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATaa > 2:142264/1‑289 (MQ=255)
aGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGAACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCACCCCCCACCCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTCCCTTCCCCGGACCCTGTTTGGCTTTGGCCAGCTCAAACGGGGAGAATCCGGTAGCCGCCGCCGGATaa > 2:115173/1‑287 (MQ=255)
cTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAgcgcgc < 1:1262922/276‑1 (MQ=255)
cTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAgcgcgc > 2:1262922/1‑276 (MQ=255)
tgCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTAc > 1:667546/1‑289 (MQ=255)
tgCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGACACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTAc > 1:125495/1‑289 (MQ=255)
cAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGc < 2:548637/288‑1 (MQ=255)
ggCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGc < 1:815815/281‑1 (MQ=255)
ggCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTg > 1:640043/1‑289 (MQ=255)
ggCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTg > 1:279198/1‑289 (MQ=255)
ggCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTCACTCCGCGGGTg > 2:1813202/1‑289 (MQ=255)
ggCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTGTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCCGCCCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCggggg > 1:49079/1‑287 (MQ=255)
cGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCtt > 2:971302/1‑288 (MQ=255)
gCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCttt > 1:900679/1‑288 (MQ=255)
tctcCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTg < 1:1577559/289‑1 (MQ=255)
tggtgggAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACCATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCatgatg < 1:131459/288‑1 (MQ=255)
tgggggtAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCatgatg < 1:922915/288‑1 (MQ=255)
gtggtAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCg > 2:1635044/1‑288 (MQ=255)
gtAACCGTTGGCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGGCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCg < 2:1230559/288‑1 (MQ=255)
aaCCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAg < 2:327008/289‑1 (MQ=255)
aCCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATTTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAgg > 2:216210/1‑289 (MQ=255)
aCCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGc < 2:601197/244‑1 (MQ=255)
aTGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAgcgcgcg > 1:208790/1‑223 (MQ=255)
aTGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCg > 2:1113243/1‑289 (MQ=255)
tACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGAcc > 1:364595/1‑288 (MQ=255)
gCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCg > 1:1392997/1‑289 (MQ=255)
tCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGTGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTc < 2:1796053/265‑1 (MQ=255)
gACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTa < 1:300929/289‑1 (MQ=255)
aaTCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTAATg < 2:398713/289‑1 (MQ=255)
ttCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTAATGCCAAAc < 2:199442/289‑1 (MQ=255)
tCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTAATGCCAAACAGATccc < 1:1712233/289‑1 (MQ=255)
tCGAGTTGCAAAACAGTACGGAACGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTAATGCCAAACAGATccc < 2:95899/289‑1 (MQ=255)
gcaggTTGCAAAACGTTCCGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTAATGCCAAACAGATccc < 2:342344/285‑1 (MQ=255)
cGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTGGAAAGGAAGTCCAAACatcgcaca > 2:283881/1‑282 (MQ=255)
aGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCCGACGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGCGAGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTAATGCCAAACAGATCCCAgg > 1:1064648/1‑289 (MQ=255)
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CGATACGGTCAGTATACGGAATGTAGCTGTGCCAGGACTGGCGTTCGCCCATTTTCTCCGCACCACGGTGGTGGTAACCGATGTCTGGTACGCAGTCGACAATCTCTTCGCCATCGAGTTGCAAAACGATACGGAAAGCCCCGTGC‑GCGCTCGGGTGGTTCGGACCGAGGTTGAGGAACATGAAGTCCTCGTTTTCGGTGCCGCGCTTCATCCCCCACTCTTCCGGTTTGAAGGTCAGGGCTTCCATCTCCAGATCCTGTTTGGCTTTGGTCAGCTCAAACGGGCTGAATTCGGTAGCGCGCGCCGGATAATC‑TTTACGCAGCGGGTGACCTTTCCAGGTTTGCGGCATCATGATGCGTCGCAGGTTCGGGTGACCGTCGAAAGTAATGCCAAACAGATCCCAGGTTTCACGCTCATACCAGTTAGCGTTCGGGAACAGTTTGGTGAAGGTCGGTACGTGCAGGTCGTTTTCTGCCAGCGCCACCTTCAGCATGATGTCGCGGTTACGATCGATAGAAATCAGATGGTAGAAAACGGAAAAATCCGCGGCAGGTAACCCTTCGCG > CP042583/1974320‑1974884
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A