Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,650,532 |
G→T |
20.2% |
R31L (CGT→CTT) |
speG → |
spermidine N1‑acetyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,650,532 | 0 | G | T | 20.2%
| 695.7
/ 112.7
| 260 | R31L (CGT→CTT) | speG | spermidine N1‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (100/107); new base T (24/29); total (124/136) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.59e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
GGCCGCGTTATTACCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAATTAACCATG > CP009273/1650386‑1650678
|
ggCCGCGTTATTACCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGt < 2:377662/148‑1 (MQ=255)
cgcgTTATTACCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTAc < 1:3373474/148‑1 (MQ=255)
cgTTATTACCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTg > 2:2619475/1‑148 (MQ=255)
gTTATTACCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTgg < 1:1278085/148‑1 (MQ=255)
ttattaCCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGt < 2:1415477/148‑1 (MQ=255)
tattaCCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGtt > 1:1974831/1‑148 (MQ=255)
ttaCCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTg > 1:1869667/1‑148 (MQ=255)
taCCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGa > 2:2913908/1‑148 (MQ=255)
cccTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGaa < 1:1498849/148‑1 (MQ=255)
ccTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAAc > 2:2658489/1‑148 (MQ=255)
aaCCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCt > 1:831534/1‑148 (MQ=255)
aCCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTa > 1:3510996/1‑148 (MQ=255)
cTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACg > 1:445588/1‑148 (MQ=255)
tGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGa < 1:3054784/148‑1 (MQ=255)
gTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGaa < 2:1859488/148‑1 (MQ=255)
aTTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGcc > 2:2859635/1‑148 (MQ=255)
aTTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGcc < 2:3112196/148‑1 (MQ=255)
aTTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCACGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGTACCCTACGAAGcc > 2:47962/1‑148 (MQ=255)
ttGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCt < 2:598536/148‑1 (MQ=255)
ttGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCt < 1:2510759/148‑1 (MQ=255)
tGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCtt > 2:516247/1‑148 (MQ=255)
tGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCAAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCtt < 1:1691245/148‑1 (MQ=255)
gATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGATATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTTCTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCttt < 1:3272742/148‑1 (MQ=255)
aGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGaa < 1:1410491/148‑1 (MQ=255)
gAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCACGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAAct > 1:2642035/1‑148 (MQ=255)
aTGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTGTGTTGAActct > 2:2458449/1‑148 (MQ=255)
tGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAActctc > 1:2436069/1‑148 (MQ=255)
gTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAActctct < 2:1033770/148‑1 (MQ=255)
gTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAActctct > 2:1986172/1‑148 (MQ=255)
tAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTg < 2:3058616/148‑1 (MQ=255)
tAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTg > 1:2067864/1‑148 (MQ=255)
aGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGAt < 1:2941238/148‑1 (MQ=255)
aGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGAt > 1:519053/1‑148 (MQ=255)
aGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGAt > 1:2312990/1‑148 (MQ=255)
aGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGAt > 1:2115707/1‑148 (MQ=255)
ggACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATc < 2:3421389/148‑1 (MQ=255)
aTGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATa < 1:3544835/148‑1 (MQ=255)
aTGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATa < 2:2968771/148‑1 (MQ=255)
tGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATaa > 1:1608770/1‑148 (MQ=255)
tGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATaa > 1:544227/1‑148 (MQ=255)
ccAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGc < 2:2711486/148‑1 (MQ=255)
ccAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGc < 2:1302294/148‑1 (MQ=255)
ccAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGc > 1:565046/1‑148 (MQ=255)
cAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCa < 1:2768608/148‑1 (MQ=255)
aaGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCat > 2:2467794/1‑148 (MQ=255)
aGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCata < 1:858443/148‑1 (MQ=255)
aGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCata < 2:2725310/148‑1 (MQ=255)
gcgcCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCatat > 2:1429464/1‑148 (MQ=255)
gcgcCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCatat > 2:1018030/1‑148 (MQ=255)
gcgcCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCatat < 1:282458/148‑1 (MQ=255)
gcCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTc < 2:2944108/148‑1 (MQ=255)
gcCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTc < 2:114068/148‑1 (MQ=255)
gcCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTc < 2:1663528/148‑1 (MQ=255)
ccACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCAc > 1:1823062/1‑148 (MQ=255)
cacaGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACg > 2:3282710/1‑148 (MQ=255)
caGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGAt > 2:3510128/1‑148 (MQ=255)
aGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATc > 1:1016481/1‑148 (MQ=255)
gtTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCaga > 2:1584584/1‑148 (MQ=255)
ttAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCagag < 1:108901/148‑1 (MQ=255)
tAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATCACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGc < 1:1205507/148‑1 (MQ=255)
gCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACAACAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGaa < 1:1548564/148‑1 (MQ=255)
aCGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACgg < 2:165800/148‑1 (MQ=255)
aCGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACgg > 2:1726595/1‑148 (MQ=255)
aCGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACgg < 1:113403/148‑1 (MQ=255)
cccGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGgcgc < 2:105059/148‑1 (MQ=255)
gAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTgtgg < 1:96778/148‑1 (MQ=255)
gAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTgtgg > 2:1887316/1‑148 (MQ=255)
gAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTgtgg > 2:750044/1‑148 (MQ=255)
gAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTgtgg > 1:2380973/1‑148 (MQ=255)
gAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAAt > 2:3261391/1‑148 (MQ=255)
gAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAAt < 1:1247835/148‑1 (MQ=255)
gAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAAt < 1:528279/148‑1 (MQ=255)
gAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGGGGTGGAAt > 2:3499250/1‑148 (MQ=255)
gATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAAtgtg < 2:2515411/148‑1 (MQ=255)
gATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAAtgtg < 1:2263791/148‑1 (MQ=255)
gATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCACATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAAtgtg < 2:2388712/148‑1 (MQ=255)
aTTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGa > 2:2112851/1‑148 (MQ=255)
aTGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGaaaa < 1:87902/148‑1 (MQ=255)
tACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGc < 2:3152296/148‑1 (MQ=255)
tACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGc < 2:1558078/148‑1 (MQ=255)
aaCATCAACTCGACAATCACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGc < 1:321597/147‑1 (MQ=255)
aCATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGcc < 2:249797/148‑1 (MQ=255)
cATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAATAGCCg > 1:1938692/1‑148 (MQ=255)
cATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCg > 2:220550/1‑148 (MQ=255)
tCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACACTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGt > 1:927554/1‑148 (MQ=255)
ccaCAATCACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCtggtg < 1:2991964/146‑1 (MQ=255)
aCAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGa > 1:379603/1‑148 (MQ=255)
cAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAg > 1:1977105/1‑148 (MQ=255)
aTAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCt < 2:639494/148‑1 (MQ=255)
tAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCtg > 1:3306186/1‑148 (MQ=255)
aCGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCtggt > 1:69199/1‑148 (MQ=255)
cGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCTAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCtggtg > 2:2320871/1‑148 (MQ=255)
cAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGaa > 2:3001470/1‑148 (MQ=255)
aGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGaaa < 1:1643978/148‑1 (MQ=255)
gtgATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAATTa < 2:195928/148‑1 (MQ=255)
tgATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAATTaa > 2:3013143/1‑148 (MQ=255)
gATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAATTAAc > 2:828139/1‑148 (MQ=255)
aTGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGACTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAATTAAcc < 1:3431030/148‑1 (MQ=255)
aTGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAATTAAcc < 1:516188/148‑1 (MQ=255)
cGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAATTAACCATg < 2:69199/148‑1 (MQ=255)
|
GGCCGCGTTATTACCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAATTAACCATG > CP009273/1650386‑1650678
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
