Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,651,166 |
C→A |
30.2% |
A183A (GCG→GCT) |
ynfC ← |
UPF0257 family lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,651,166 | 0 | C | A | 30.2%
| 445.6
/ 172.3
| 235 | A183A (GCG→GCT) | ynfC | UPF0257 family lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (73/91); new base A (34/37); total (107/128) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.70e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 |
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
CGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCATTTGTTTGCTGCTGGCTTT > CP009273/1651019‑1651312
|
cgTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAAcc > 2:1880917/1‑148 (MQ=255)
cgTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTGTTACATTACCAACCCGTTGAGGATTCAGTAAAGTCAcc > 2:2232232/1‑148 (MQ=255)
aTTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCt < 1:2295052/148‑1 (MQ=255)
ttttGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCtgt > 1:3120656/1‑148 (MQ=255)
tGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCTTCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATc < 1:876713/148‑1 (MQ=255)
tGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATc < 2:3488983/148‑1 (MQ=255)
gtAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAAt < 2:1474247/148‑1 (MQ=255)
gtAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAAt < 1:2201940/148‑1 (MQ=255)
tAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAAtt < 2:2804083/148‑1 (MQ=255)
tAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAAtt < 1:2811278/148‑1 (MQ=255)
aaaCCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAAttt > 1:3295658/1‑148 (MQ=255)
aaaCCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGGAATCTAAttt > 1:999510/1‑148 (MQ=255)
aaaCCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCAGTTGTTTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAAttt < 2:850751/148‑1 (MQ=255)
aaCCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAAtttt < 1:1846046/148‑1 (MQ=255)
aaCCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAAtttt > 1:1058601/1‑148 (MQ=255)
aaCCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAAtttt > 1:2906340/1‑148 (MQ=255)
aCCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAAttttt < 1:70393/148‑1 (MQ=255)
aCCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAAttttt > 2:2558684/1‑148 (MQ=255)
cccGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAAtttttt > 2:2104442/1‑148 (MQ=255)
gTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGAt < 2:17556/148‑1 (MQ=255)
cGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCgg < 2:1307169/148‑1 (MQ=255)
cggcggGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATc < 2:2746024/148‑1 (MQ=255)
cggcggGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTATTACATTACCCCCCCCCCGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATc < 1:1631318/148‑1 (MQ=255)
gcggGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCg < 2:1349870/148‑1 (MQ=255)
gcggGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCg < 2:3454347/148‑1 (MQ=255)
cggGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGt < 2:2214135/148‑1 (MQ=255)
ggTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTg > 2:2358014/1‑148 (MQ=255)
ggTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTg < 2:3490235/148‑1 (MQ=255)
cTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGAtggcgt < 1:3549970/148‑1 (MQ=255)
cTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGAtggcgt > 1:315510/1‑148 (MQ=255)
tCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGAtggcgtg > 1:1484103/1‑148 (MQ=255)
ttCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGAtggcgtggcg > 1:852508/1‑148 (MQ=255)
ttCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGAtggcgtggcg < 1:3321285/148‑1 (MQ=255)
tcatcaACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGgcgc > 1:2430941/1‑148 (MQ=255)
tcatcaACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGgcgc > 2:2025159/1‑148 (MQ=255)
tcaACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGa > 1:3370437/1‑148 (MQ=255)
caacaaTGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGAc > 2:2469830/1‑148 (MQ=255)
acaaTGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAg < 1:1092163/148‑1 (MQ=255)
caaTGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGa < 1:2558979/148‑1 (MQ=255)
caaTGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGa < 2:949781/148‑1 (MQ=255)
aTGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATa < 1:12930/148‑1 (MQ=255)
gATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAAt > 2:1427744/1‑148 (MQ=255)
aTTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATg < 2:2005268/148‑1 (MQ=255)
aTTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATg < 2:1789138/148‑1 (MQ=255)
ttAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTGTTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGt > 1:3070336/1‑148 (MQ=255)
tGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGt < 2:3480189/148‑1 (MQ=255)
tCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTAc > 2:3035580/1‑148 (MQ=255)
tCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTAc > 1:2017418/1‑148 (MQ=255)
tCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTAc > 2:69231/1‑148 (MQ=255)
cACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACtt < 2:308324/148‑1 (MQ=255)
aCCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACttt > 2:775268/1‑148 (MQ=255)
aCCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACttt > 2:1115241/1‑148 (MQ=255)
cGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTc > 2:3272982/1‑148 (MQ=255)
aTTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTAACAACACGTTTATTATTCAGTAAAGTAACAGCTTTGTAATCAAATTTTTTGATAGTATCAGTTGATGGAGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTAGTTACTTTTCGTg > 2:2948271/1‑148 (MQ=255)
gTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTa < 1:524932/148‑1 (MQ=255)
tGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTAc > 1:505824/1‑148 (MQ=255)
tGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTAc > 1:3001459/1‑148 (MQ=255)
gACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTAcc < 1:2051810/148‑1 (MQ=255)
aCTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTAATTTTCTTGGTTTTAccc > 2:3226002/1‑148 (MQ=255)
cTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCa < 1:1147564/148‑1 (MQ=255)
cTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCa < 1:2924833/148‑1 (MQ=255)
tCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCg > 2:1850354/1‑148 (MQ=255)
cATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCgg > 2:1603827/1‑148 (MQ=255)
atTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATa < 1:633298/148‑1 (MQ=255)
atTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATa > 1:1991127/1‑148 (MQ=255)
tCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTATTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAAc < 2:735544/148‑1 (MQ=255)
aGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTg > 1:2499884/1‑148 (MQ=255)
gCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGa < 1:1498911/148‑1 (MQ=255)
tctGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGatc > 1:1819670/1‑148 (MQ=255)
gTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGatcatc < 1:362424/148‑1 (MQ=255)
gTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGatcatc < 2:315510/148‑1 (MQ=255)
tttACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATcatcat > 2:2869699/1‑148 (MQ=255)
tttACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATcatcat > 1:2376806/1‑148 (MQ=255)
tttACATAACCAACCCGTTGATAATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATATAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTAGTTACTTTTCGTGGTTTTACCACGCGGCTAACACTGATcatcat > 2:2870273/1‑148 (MQ=255)
ttACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATa < 1:369539/148‑1 (MQ=255)
tACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAg < 1:1319240/148‑1 (MQ=255)
aTTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGa > 1:1858888/1‑148 (MQ=255)
ttACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGat > 1:2531316/1‑148 (MQ=255)
tACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGata < 2:2774135/148‑1 (MQ=255)
aaCCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTcc < 1:2235862/148‑1 (MQ=255)
aCCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCa > 2:2516468/1‑148 (MQ=255)
cccGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCAt < 1:564776/148‑1 (MQ=255)
ccGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATc < 2:3370437/148‑1 (MQ=255)
gTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTg < 1:2731463/148‑1 (MQ=255)
attattCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCAtt < 2:217615/148‑1 (MQ=255)
ttattCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCAttt < 1:3453523/148‑1 (MQ=255)
tattCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCAtttg > 2:2610766/1‑148 (MQ=255)
tattCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCAtttg < 2:1858871/148‑1 (MQ=255)
tattCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCAtttg < 1:3065535/148‑1 (MQ=255)
attCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCAtttgt > 2:2985820/1‑148 (MQ=255)
tCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCAtttgttt > 2:19212/1‑148 (MQ=255)
tCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCAtttgttt > 2:19048/1‑148 (MQ=255)
taaagtaaCCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGtt > 1:1210914/1‑91 (MQ=255)
taaagtaaCCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGtt < 2:1210914/91‑1 (MQ=255)
taaagtaaCCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCATTTGTTtgctg < 2:2093766/148‑1 (MQ=255)
aaagtaaCCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCATTTGTTtgctgc < 1:2232198/148‑1 (MQ=255)
aaagtaaCAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCATTTGTTtgctgc < 2:3070336/148‑1 (MQ=255)
gtaaCCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCATTTGTTTGCTGCTgg < 1:3082166/148‑1 (MQ=255)
taaCCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCATTTGTTTGCTGCTGGc < 1:1603827/148‑1 (MQ=255)
aaCCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCATTTGTTTGCTGCTGGCt > 1:941764/1‑148 (MQ=255)
|
CGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCATTTGTTTGCTGCTGGCTTT > CP009273/1651019‑1651312
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
