Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,689,180 |
T→G |
100% |
E383D (GAA→GAC) |
uidA ← |
beta‑D‑glucuronidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,689,180 | 0 | T | G | 97.0%
| 657.8
/ 1.3
| 166 | E383D (GAA→GAC) | uidA | beta‑D‑glucuronidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/1); new base G (93/68); total (97/69) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.03e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
TGCTTCCGCCAGTGGCGCGAAATATTCCCGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTTTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGCCATGTTCATCTGCCCAGTCGAGCATCT > CP009273/1689036‑1689322
|
tGCTTCCGCCAGTGGCGCGAAATATTCCCGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTcc > 1:59748/1‑148 (MQ=255)
gCTTCCGCCAGTGGCGCGAAATATTCCCGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTccc < 1:2961179/148‑1 (MQ=255)
gCTTCCGCCAGTGGCGCGAAATATTCCCGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTccc < 2:3356265/148‑1 (MQ=255)
cTTCCGCCAGTGGCGCGAAATATTCCCGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTcccc > 2:1468836/1‑148 (MQ=255)
tCCGCCAGTGGCGCGAAATATTCCCGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGt < 2:1433641/148‑1 (MQ=255)
tCCGCCAGTGGCGCGAAATATTCCCGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGt < 2:3206990/148‑1 (MQ=255)
tCCGCCAGTGGCGCGAAATATTCCCGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGt > 2:2065969/1‑148 (MQ=255)
tCCGCCAGTGGCGCGAAATAGTCCCGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGt < 2:3452686/148‑1 (MQ=255)
cGCCAGTGGCGCGAAATATTCCCGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTg < 2:281332/148‑1 (MQ=255)
gTGGCGCGAAATATTCCCGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGc < 1:1929423/148‑1 (MQ=255)
gTGGCGCGAAATATTCCCGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGc < 1:1929542/148‑1 (MQ=255)
cgcgAAATATTCCCGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCctct < 2:3271034/148‑1 (MQ=255)
gcgAAATATTCCCGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCtt < 1:787560/148‑1 (MQ=255)
atatTCCCGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTg > 2:3002865/1‑148 (MQ=255)
tatTCCCGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGt > 1:2052615/1‑148 (MQ=255)
tCCCGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACa > 2:1109452/1‑148 (MQ=255)
tCCCGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACa > 2:3282660/1‑148 (MQ=255)
tCCCGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACa > 2:2652821/1‑148 (MQ=255)
ccGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGt < 2:3566623/148‑1 (MQ=255)
cGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGtt < 2:1132470/148‑1 (MQ=255)
gTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTc < 2:3080699/148‑1 (MQ=255)
gTGCACCGTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTc < 1:2104389/148‑1 (MQ=255)
tGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCt < 2:2946340/148‑1 (MQ=255)
tGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCt < 2:2946365/148‑1 (MQ=255)
tGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCt > 2:3379911/1‑148 (MQ=255)
cACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCttt > 2:161175/1‑148 (MQ=255)
aCCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTc > 1:2436846/1‑148 (MQ=255)
ctggCGGACGGGGAGCCGCGTCGTGGGCACTACTCCACCGCACCCCGCGTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCgg < 1:1931918/145‑1 (MQ=255)
cTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCgg > 2:1542763/1‑148 (MQ=255)
ttGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGc > 1:2402497/1‑148 (MQ=255)
ttGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGc > 1:2402041/1‑148 (MQ=255)
aCGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCttgttg > 2:3031560/1‑148 (MQ=255)
ggTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGccc > 2:659872/1‑148 (MQ=255)
aTCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTTTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCt > 1:2739898/1‑148 (MQ=255)
aTCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTTTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCt > 1:2739872/1‑148 (MQ=255)
ggTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTAAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGa > 1:2321289/1‑148 (MQ=255)
ttCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGaaa > 2:249563/1‑148 (MQ=255)
ttGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCaa > 2:1349275/1‑148 (MQ=255)
ttGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCaa > 2:1349290/1‑148 (MQ=255)
ttGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCaa > 2:2200991/1‑148 (MQ=255)
ggCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATg < 1:2198773/148‑1 (MQ=255)
cAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTTCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGcc < 2:350292/148‑1 (MQ=255)
tACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTaa > 2:3100324/1‑148 (MQ=255)
tCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAaga < 2:3452754/148‑1 (MQ=255)
caTCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAgg > 2:2014851/1‑148 (MQ=255)
caTCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAgg > 2:213524/1‑148 (MQ=255)
caTCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAgg > 1:1045271/1‑148 (MQ=255)
caTCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAgg > 2:973849/1‑148 (MQ=255)
caTCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAgg < 1:1752107/148‑1 (MQ=255)
aTCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGt < 1:1265592/148‑1 (MQ=255)
caccacGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTa > 1:1351625/1‑148 (MQ=255)
caccacGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTa > 2:3024604/1‑148 (MQ=255)
caccacGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTa > 1:3125922/1‑148 (MQ=255)
accacGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTTTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTaa < 2:1184615/148‑1 (MQ=255)
accacGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCTCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTaa < 2:890201/148‑1 (MQ=255)
accacGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTaa < 2:1540669/148‑1 (MQ=255)
accacGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTaa < 1:2526861/148‑1 (MQ=255)
gCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCg < 2:954064/148‑1 (MQ=255)
gCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCg < 2:2078735/148‑1 (MQ=255)
cTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGc < 2:346721/145‑1 (MQ=255)
cTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGc > 1:346721/1‑145 (MQ=255)
cTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGa < 1:1129648/148‑1 (MQ=255)
cTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGa > 1:335376/1‑148 (MQ=255)
ttGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGAc < 2:735646/148‑1 (MQ=255)
tGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGAca > 1:2659941/1‑148 (MQ=255)
ggtggtTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGAcagc > 2:2046121/1‑148 (MQ=255)
gtggtTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGAcagca < 2:3047261/148‑1 (MQ=255)
ggtTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTTAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGAcagcaga > 2:1146935/1‑147 (MQ=255)
ttttGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTTTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGt > 1:836507/1‑148 (MQ=255)
ttttGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTTTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGt > 1:836338/1‑148 (MQ=255)
ttttGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGt > 2:2733230/1‑148 (MQ=255)
tCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTtcat > 1:3077997/1‑148 (MQ=255)
cACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTtcatc > 1:2024950/1‑148 (MQ=255)
aCGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTtcatca > 2:394814/1‑148 (MQ=255)
cgcTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCatcaatc < 1:374300/148‑1 (MQ=255)
tATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATcacc < 1:3525536/148‑1 (MQ=255)
tCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATcaccac > 2:2320379/1‑148 (MQ=255)
tCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATcaccac > 2:729527/1‑148 (MQ=255)
cAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACg < 1:1777621/148‑1 (MQ=255)
cAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACg > 2:456247/1‑148 (MQ=255)
tctTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGc < 2:765494/148‑1 (MQ=255)
ctTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGcc > 1:54195/1‑148 (MQ=255)
ctTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGcc > 2:56699/1‑148 (MQ=255)
ctTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGcc > 2:1203964/1‑148 (MQ=255)
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|
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ATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGCCATGTTCA > SRR19973066.1553494/1‑150 (MQ=60)
ATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGCCATGTTCA > SRR19973066.489381/1‑150 (MQ=60)
TCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGCCATGTTCAT < SRR19973066.2607523/150‑1 (MQ=60)
CGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGCCATGTTCATC < SRR19973066.2622106/150‑1 (MQ=60)
GCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCAGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGCCATGTTCATCT < SRR19973066.3332626/150‑1 (MQ=60)
GCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCAGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGCCATGTTCATCT < SRR19973066.1553798/150‑1 (MQ=60)
GTAAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGCCATGTTCATCTGCCC > SRR19973066.2700708/1‑150 (MQ=60)
AAGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGCCATGTTCATCTGCCCAG > SRR19973066.1686436/1‑150 (MQ=60)
AGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGCCATGTTCATCTGCCCAGT > SRR19973066.3202787/1‑150 (MQ=60)
AGTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGCCATGTTCATCTGCCCAGT < SRR19973066.2587435/150‑1 (MQ=60)
GTGCGCTTGCTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGCCATGTTCATCTGCCCAGTC < SRR19973066.2639309/150‑1 (MQ=60)
CTGAGTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGCCATGTTCATCTGCCCAGTCGAGCATCTC < SRR19973066.2080277/150‑1 (MQ=60)
GTGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGCCATGTTCATCTGCCCAGTCGAGCATCTCTTCA > SRR19973066.1479017/1‑150 (MQ=60)
TGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGCCATGTTCATCTGCCCAGTCGAGCATCTCTTCAG < SRR19973066.822690/150‑1 (MQ=60)
TGTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGCCATGTTCATCTGCCCAGTCGAGCATCTCTTCAG > SRR19973066.836480/1‑150 (MQ=60)
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CGCGTTGCTTCCGCCAGTGGCGCGAAATATTCCCGTGCACCTTGCGGACGGGTATCCGGTTCGTTGGCAATACTCCACATCACCACGCTTGGGTGGTTTTTGTCACGCGCTATCAGCTCTTTAATCGCCTGTAAGTGCGCTTGCTGAGTTTCCCCGTTGACTGCCTCTTCGCTGTACAGTTCTTTCGGCTTGTTGCCCGCTTCGAAACCAATGCCTAAAGAGAGGTTAAAGCCGACAGCAGCAGTTTCATCAATCACCACGATGCCATGTTCATCTGCCCAGTCGAGCATCTCTTCAG > CP009273/1689031‑1689328
|
| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
