Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F434 I0 R1
|
1130 |
215.9 |
7031662 |
97.1% |
6827743 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,692,573 |
C→A |
100% |
D289Y (GAT→TAT) |
malI ← |
transcriptional repressor of Mal regulon |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,692,573 | 0 | C | A | 98.7%
| 499.7
/ ‑5.1
| 183 | D289Y (GAT→TAT) | malI | transcriptional repressor of Mal regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/7); new base A (89/86); total (89/94) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.40e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
GGCGGGAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGT > CP009273/1692430‑1692716
|
ggcgggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTa > 1:2699157/1‑148 (MQ=255)
gcgggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTaa < 2:2611898/148‑1 (MQ=255)
gcgggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTaa < 1:3437514/148‑1 (MQ=255)
cgggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTaaa > 1:1082682/1‑148 (MQ=255)
gggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAAt < 1:347711/148‑1 (MQ=255)
ggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATg > 1:572077/1‑148 (MQ=255)
gAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATgc > 2:1305478/1‑148 (MQ=255)
aataatAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATgcc > 1:541467/1‑148 (MQ=255)
taataaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATgccgc > 2:501588/1‑148 (MQ=255)
taataaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATgccgc > 1:2132328/1‑148 (MQ=255)
aataaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATgccgcc > 2:2667563/1‑148 (MQ=255)
ataaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCa > 2:85569/1‑148 (MQ=255)
aaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGc > 2:1595194/1‑148 (MQ=255)
gATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGa > 2:2947124/1‑148 (MQ=255)
ttGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGaaa > 2:3008020/1‑148 (MQ=255)
ttGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGaaa > 1:2481593/1‑148 (MQ=255)
ttGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGaaa > 2:939688/1‑148 (MQ=255)
tGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAAc > 2:836551/1‑148 (MQ=255)
tGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAAc < 2:3474598/148‑1 (MQ=255)
aaTGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTg > 2:3207696/1‑148 (MQ=255)
tGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCt > 1:1133751/1‑148 (MQ=255)
gCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTc > 2:2534439/1‑148 (MQ=255)
tctcTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTCTATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCaat > 2:3433854/1‑147 (MQ=255)
tctcTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCaaa < 2:1388566/148‑1 (MQ=255)
ctctTCCTGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAg < 2:391079/148‑1 (MQ=255)
ctctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAg < 2:391036/148‑1 (MQ=255)
ctctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAg < 2:2920365/148‑1 (MQ=255)
ctctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAg > 1:2934281/1‑148 (MQ=255)
tctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGt < 1:2403672/148‑1 (MQ=255)
ctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTa < 2:1105656/148‑1 (MQ=255)
ctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTa < 2:239977/148‑1 (MQ=255)
ctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTa < 2:453289/148‑1 (MQ=255)
ttCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAACGAAACCTGTTGCTCAAAGTaa < 1:2609285/148‑1 (MQ=255)
tCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑c < 2:1849042/148‑1 (MQ=255)
cATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑Cg > 1:351756/1‑148 (MQ=255)
aTGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGa < 1:2546149/148‑1 (MQ=255)
gTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGa < 2:3098985/148‑1 (MQ=255)
tGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGAc > 1:3047362/1‑148 (MQ=255)
gATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACt > 2:1825141/1‑148 (MQ=255)
tttttGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCg > 2:1530969/1‑148 (MQ=255)
ttttGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGc > 2:899958/1‑148 (MQ=255)
tttGCATCATGCGATCCGCAAGTGTTATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCt < 2:2488726/148‑1 (MQ=255)
catcatGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTcc > 1:3502601/1‑148 (MQ=255)
catcatGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTATcc > 2:2561283/1‑148 (MQ=255)
tcatGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTcccc > 1:106368/1‑148 (MQ=255)
tcatGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTcccc > 2:2357963/1‑148 (MQ=255)
tCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTgcc > 2:2185147/1‑148 (MQ=255)
gCATGTGTGATACCAAGGTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCTGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTgccgcc < 2:2873336/148‑1 (MQ=255)
gCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCTCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTgccgcc < 2:1831360/148‑1 (MQ=255)
gCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGGGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGTTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCACAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTgccgcc < 1:3458890/148‑1 (MQ=255)
gtgtGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGc > 1:1484091/1‑148 (MQ=255)
gtgtGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGAATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGc < 2:1205284/148‑1 (MQ=255)
tgtgATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCt > 1:72437/1‑148 (MQ=255)
tgtgATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCt < 2:2266147/148‑1 (MQ=255)
tACCAAGTTCCCGCGCGGGCGTGCGGCCCCAGGTAACTGGTATATCATCATGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGAAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAg < 1:3022450/148‑1 (MQ=255)
aCCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGc > 1:1553068/1‑148 (MQ=255)
cAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaa > 1:1622422/1‑148 (MQ=255)
cAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaa < 1:1926101/148‑1 (MQ=255)
aaGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaaa < 1:260179/148‑1 (MQ=255)
aaGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaaa > 1:2861984/1‑148 (MQ=255)
aaGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaaa > 1:1864190/1‑148 (MQ=255)
aaGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaaa > 1:1110800/1‑148 (MQ=255)
aGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaaac > 1:1443196/1‑148 (MQ=255)
gTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaaacc > 1:2341721/1‑148 (MQ=255)
ttCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaaacca > 1:1719461/1‑148 (MQ=255)
cccGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaaaccaaa < 2:2118641/148‑1 (MQ=255)
cccGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaaaccaaa < 2:2166998/148‑1 (MQ=255)
cccGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaaaccaaa > 1:215304/1‑148 (MQ=255)
cgcgCTGGCGTGCTGGCCCAGTTAACAGGTATATCATCACGTGGGGTTGGTGTCGCATCGTTAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCaaaccaaacc < 1:1280529/148‑1 (MQ=255)
cgcgCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGTTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGTTAAATGCCGCCAGCGAAACGTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCaaaccaaacc < 1:1280517/148‑1 (MQ=255)
cTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGCTCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGc < 2:197472/148‑1 (MQ=255)
gCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGcccc > 2:3295091/1‑148 (MQ=255)
gTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCa < 2:386644/148‑1 (MQ=255)
gTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCa < 2:2155684/148‑1 (MQ=255)
ggCCCTGGTAACTGTTTTATAATCATGTGTGTTTGGTGTCGATTAGTTAAAGGCCGCCAGCTAACCCTTTTGATCAAATTAC‑CGCTCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCa < 1:1200355/148‑1 (MQ=255)
ggCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCa < 2:3070503/148‑1 (MQ=255)
aGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGt < 1:2033744/148‑1 (MQ=255)
ggTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGtt > 1:776666/1‑148 (MQ=255)
gTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGttt < 2:706445/148‑1 (MQ=255)
aaCAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCg > 2:3003434/1‑148 (MQ=255)
ctggTATATCATCATGTGGGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGtt < 1:3322818/146‑1 (MQ=255)
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cAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAA‑CGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGtt > 2:1753886/1‑148 (MQ=255)
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AGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCA > SRR19973065.1730886/1‑150 (MQ=60)
AGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCA > SRR19973065.3477998/1‑150 (MQ=60)
TTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAA > SRR19973065.216924/1‑150 (MQ=60)
CGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGTTAACAGGTATATCATCACGTGGGGTTGGTGTCGCATCGTTAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCAT < SRR19973065.1288984/150‑1 (MQ=60)
CGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGTTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGTTAAATGCCGCCAGCGAAACGTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCAT < SRR19973065.1288972/150‑1 (MQ=60)
GGCGTGCTGGCCCTGGTAACAGTTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGCTCAAAGTACCGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCC < SRR19973065.839476/150‑1 (MQ=60)
GCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATA < SRR19973065.2657393/150‑1 (MQ=60)
CCAGTTAACAGGTATATCATCATGTGTGTTTGGTGTGGCTTAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCGGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGT < SRR19973065.2108761/150‑1 (MQ=60)
CAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTT > SRR19973065.781829/1‑150 (MQ=60)
AGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTT < SRR19973065.2046789/150‑1 (MQ=60)
TAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGT > SRR19973065.1303584/1‑150 (MQ=60)
CTGGTATATCATCATGTGGGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTAT < SRR19973065.3343091/150‑1 (MQ=60)
CTGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTAT < SRR19973065.3343075/150‑1 (MQ=60)
AGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATA > SRR19973065.3378249/1‑150 (MQ=60)
GTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGC > SRR19973065.3330004/1‑150 (MQ=60)
ATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAAC > SRR19973065.2263105/1‑150 (MQ=60)
CATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTagatcggaagagcaca > SRR19973065.936564/1‑134 (MQ=60)
ATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAAGGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGCTCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCAC < SRR19973065.170562/150‑1 (MQ=60)
TCCAGTTTGGTTGGTGTCGCATAGTTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTAAAAGTAACGCTCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACG < SRR19973065.915091/150‑1 (MQ=60)
TCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGTTAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACG < SRR19973065.2775605/150‑1 (MQ=60)
GTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCAC > SRR19973065.3135154/1‑150 (MQ=60)
GGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGAT > SRR19973065.766427/1‑150 (MQ=60)
GGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTGGCCCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGAT < SRR19973065.3454807/150‑1 (MQ=60)
GGTGTCCCATAGGTAATTCCCCCCAGCGAAACCTGTGGCACAAATTAACCATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTC < SRR19973065.3422991/150‑1 (MQ=60)
TGTCGCATTGTTAATTGCCCCCAGCTAAACCTTTTGCTCAAAGAAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGG < SRR19973065.914052/150‑1 (MQ=60)
TCGCATAGGAAAATGCCGCCAGCGAACCCTTTTCCTCAAAGTACCGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGT < SRR19973065.2127991/150‑1 (MQ=60)
GCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGTTA > SRR19973065.3121710/1‑150 (MQ=60)
GCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGTTA > SRR19973065.2181163/1‑150 (MQ=60)
GCATAGGTAAAGGCCGCCACCGAAACCTGTTGCACAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGTTA < SRR19973065.675090/150‑1 (MQ=60)
ATAGGTAAATGCCGCCAGCGAACCCTGTTGCACAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGTTATG < SRR19973065.504946/150‑1 (MQ=60)
ATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGTTATG > SRR19973065.1326698/1‑150 (MQ=60)
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AGCCGGGCGGGAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGTTATG > CP009273/1692425‑1692720
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
