Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F218 I0 R1
|
1506 |
278.7 |
9275112 |
94.5% |
8764980 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,646,993 |
C→T |
47.3% |
intergenic (+28/+19) |
intQ → / ← ydfJ |
pseudogene, Qin prophage; phage integrase family;Phage or Prophage Related/pseudogene, MFS transporter family; interrupted by Qin prophage;Phage or Prophage Related; putative transport protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,646,993 | 0 | C | T | 47.3%
| 74.5
/ inf
| 241 | intergenic (+28/+19) | intQ/ydfJ | pseudogene, Qin prophage; phage integrase family;Phage or Prophage Related/pseudogene, MFS transporter family; interrupted by Qin prophage;Phage or Prophage Related; putative transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (67/60); new base T (62/52); total (129/112) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.97e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
GGTATTTCAGGTATACGGAAAATGGATGTCTGAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCGTACTACTTACTCGCC > CP009273/1646845‑1647142
|
gTATTTCAGGTATACGGAAAATGGATGTCTGAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTAt < 1:3696124/150‑1 (MQ=255)
gTATTTCAGGTATACGGAAAATGGATGTCTGAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCAt < 1:2507773/150‑1 (MQ=255)
aTTTCAGGTATACGGAAAATGGATGTCTGAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGa > 2:3610720/1‑150 (MQ=255)
ttCAGGTATACGGAAAATGGATGTCTGAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGAct < 1:2253263/150‑1 (MQ=255)
ttCAGGTATACGGAAAATGGATGTCTGAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGAct > 2:4402731/1‑150 (MQ=255)
aGGTATACGGAAAATGGATGTCTGAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGACGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCtt < 2:4615370/150‑1 (MQ=255)
aGGTATACGGAAAATGGATGTCTGAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCtt < 1:4635962/150‑1 (MQ=255)
aGGTATACGGAAAATGGATGTCTGAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCtt > 1:3082879/1‑150 (MQ=255)
ggTATACGGAAAATGGATGTCTGAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTg < 2:1841489/150‑1 (MQ=255)
gTATACGGAAAATGGATGTCTGAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTGACACGTATGACTCTTGa > 2:4335816/1‑150 (MQ=255)
gTATACGGAAAATGGATGTCTGAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGa > 2:4367334/1‑150 (MQ=255)
taCGGAAAATGGATGTCTGAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAAt > 1:4300490/1‑150 (MQ=255)
taCGGAAAATGGATGTCTGAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAAt > 1:2875701/1‑150 (MQ=255)
taCGGAAAATGGATGTCTGAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAAt > 1:2875803/1‑150 (MQ=255)
aCGGAAAATGGATGTCTGAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATc < 1:1899543/150‑1 (MQ=255)
aCGGAAAATGGATGTCTGAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATc < 1:1899541/150‑1 (MQ=255)
aaTGGATGTCTGAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATaaa > 1:2386257/1‑150 (MQ=255)
aTGTCTGAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCaa > 2:2251378/1‑150 (MQ=255)
gAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGATAAATACAAAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGACGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAg < 2:2224111/150‑1 (MQ=255)
aaaCAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTg < 2:3014300/150‑1 (MQ=255)
aCAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGcc > 1:2579303/1‑150 (MQ=255)
cAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGccc < 2:3860207/150‑1 (MQ=255)
aataatGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCa > 2:2383924/1‑150 (MQ=255)
ataatGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGTCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAg < 1:1515797/150‑1 (MQ=255)
ataatGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAg < 1:4069443/150‑1 (MQ=255)
tGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCAt < 2:1209064/150‑1 (MQ=255)
tGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCAt > 2:2007718/1‑150 (MQ=255)
ggTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGAt > 2:3567398/1‑150 (MQ=255)
ggTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGAt < 1:58438/150‑1 (MQ=255)
ggTAGCTTTGTAAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGAt > 2:2097964/1‑150 (MQ=255)
aGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATAct < 2:3412603/150‑1 (MQ=255)
aGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATAct < 1:457682/150‑1 (MQ=255)
aGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTGTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATAct < 2:497867/150‑1 (MQ=255)
gCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATActg > 1:4605178/1‑150 (MQ=255)
gTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTgctgct < 1:3556024/150‑1 (MQ=255)
tAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCttt > 2:3084396/1‑150 (MQ=255)
aaTACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCa > 2:4473552/1‑150 (MQ=255)
aaTACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCa > 1:4531162/1‑150 (MQ=255)
tACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCAcc > 2:4075439/1‑150 (MQ=255)
cacaGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCaa > 1:4261059/1‑150 (MQ=255)
cacaGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCaa > 1:4261120/1‑150 (MQ=255)
caGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAAt < 2:1333941/150‑1 (MQ=255)
ttAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCt < 2:3896676/150‑1 (MQ=255)
ttAAGCGAGATTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCTAATAGTTAACACGTATGACTCTTTAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCt < 2:3229848/150‑1 (MQ=255)
aGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAg < 1:4038960/150‑1 (MQ=255)
gCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGt < 1:3595106/150‑1 (MQ=255)
gTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATATAATATTTATCAAATAGTTAACAAGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAACAGCAGAGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCAAACACCAAATCCTTataacat > 2:4561231/1‑144 (MQ=255)
ttGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGcttct > 2:352510/1‑150 (MQ=255)
ttGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGcttct > 2:845628/1‑150 (MQ=255)
gCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCttt < 2:1026319/150‑1 (MQ=255)
gCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCttt > 2:3707241/1‑150 (MQ=255)
gCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCttt < 1:694743/150‑1 (MQ=255)
gCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCttt > 1:3314351/1‑150 (MQ=255)
cccATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTAt > 2:542228/1‑150 (MQ=255)
cATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTg > 2:587362/1‑150 (MQ=255)
aTAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGt < 1:2590405/150‑1 (MQ=255)
tAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTc > 1:1099436/1‑150 (MQ=255)
aaCGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCa > 2:1928200/1‑150 (MQ=255)
aaCGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCa < 2:765315/150‑1 (MQ=255)
gAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATaa < 1:1719533/150‑1 (MQ=255)
gAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATaa > 1:2824704/1‑150 (MQ=255)
aTGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTa > 2:255138/1‑150 (MQ=255)
aTGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACAAAATCATTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTa > 1:4514402/1‑150 (MQ=255)
tGAAAAATTAATTTAATATTTATCACATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTAt < 1:3581740/150‑1 (MQ=255)
tGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTAt < 1:3339911/150‑1 (MQ=255)
attaattTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTaa < 2:4013613/150‑1 (MQ=255)
aatttaatATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTaaaaa > 2:565315/1‑150 (MQ=255)
aatttaatATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTaaaaa < 2:2652002/150‑1 (MQ=255)
aatttaatATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTaaaaa < 2:1735067/150‑1 (MQ=255)
tttaatATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAag > 1:197787/1‑150 (MQ=255)
tttaatATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAag < 2:3223311/150‑1 (MQ=255)
tttaatATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAag > 1:102806/1‑150 (MQ=255)
taatATTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAagag < 1:3191679/150‑1 (MQ=255)
atTTATCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTaa > 2:4096676/1‑150 (MQ=255)
tttATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCATGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAg < 2:2904138/150‑1 (MQ=255)
aTCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATg > 2:4527633/1‑150 (MQ=255)
tCAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGc < 1:874264/150‑1 (MQ=255)
tCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGc > 1:3390806/1‑150 (MQ=255)
cAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCg > 2:1003826/1‑150 (MQ=255)
cAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCg > 1:2623467/1‑150 (MQ=255)
cAAATAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCg < 1:781738/150‑1 (MQ=255)
cAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCg > 2:2645736/1‑150 (MQ=255)
cAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCg > 1:392966/1‑150 (MQ=255)
cAAATAGTTAACACGCAAGACTCTTTAAATCCATAAAATCAAGCGCAGTGCCAAGCCATACCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCATATTGCTTCTTTCGAGAATTTCTATAGTCATAATGGTAAACTCTAAAAAACAGGAAAGATGCg > 1:3758504/1‑150 (MQ=255)
aTAGTTAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCGtac < 1:2955104/150‑1 (MQ=255)
tAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCGtact > 2:924923/1‑150 (MQ=255)
aGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCGtacta < 1:1107294/150‑1 (MQ=255)
aGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCGtacta > 1:1313880/1‑150 (MQ=255)
ttAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCGTactact < 2:4295894/150‑1 (MQ=255)
ttAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCGTactact < 2:2769155/150‑1 (MQ=255)
ttAACACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCGTactact < 1:4437000/150‑1 (MQ=255)
tAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCGTACtactt < 2:1192452/150‑1 (MQ=255)
aaCACGTATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCGTACtactta < 1:1495744/150‑1 (MQ=255)
aaCACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCGTACtactta > 2:4384529/1‑150 (MQ=255)
aaCACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCGTACtactta > 1:665561/1‑150 (MQ=255)
aaCACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCGTACtactta < 1:1252066/150‑1 (MQ=255)
acacGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCGTACtacttac > 1:1999168/1‑150 (MQ=255)
acGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCGTACTACTTACTc < 1:3680033/150‑1 (MQ=255)
cGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCGTACTACTTACTCg < 2:15146/150‑1 (MQ=255)
cATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCGTACTACTTACTCGcc > 2:2102274/1‑150 (MQ=255)
|
GGTATTTCAGGTATACGGAAAATGGATGTCTGAAAACAATAATGCACAGGTAGCTTTGTTAAATACACAGTTAAGCGAGTTTGCCCCAACCATGCCCCATAACGAAGCAATGAAAAATTAATTTAATATTTATCAAATAGTTAACACGCATGACTCTTGAAATCCATAAATTCAAGCGCAGTGCCCAGCCATCCCGATACTGCTGCTTTCACCAAATCCTTAGTGCTTCTTTCGTGTTTTTCTATTGTCATAATGGTTATCTCTAAAAAAGAGGTAAGATGCGTACTACTTACTCGCC > CP009273/1646845‑1647142
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
