Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F159 I0 R1
|
879 |
305.9 |
9588012 |
96.6% |
9262019 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,692,573 |
C→A |
46.2% |
D289Y (GAT→TAT) |
malI ← |
transcriptional repressor of Mal regulon |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,692,573 | 0 | C | A | 46.2%
| 141.4
/ inf
| 292 | D289Y (GAT→TAT) | malI | transcriptional repressor of Mal regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (80/73); new base A (78/50); total (158/134) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.50e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.42e-01 |
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
AGCCGGGCGGGAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGTTATG > CP009273/1692425‑1692720
|
gCCGGGCGGGAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAgg < 2:2229507/150‑1 (MQ=255)
cgggcgggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTCACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTa > 1:3835437/1‑150 (MQ=255)
gggcgggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTaa > 1:4421938/1‑150 (MQ=255)
gcgggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAAt < 1:3152305/150‑1 (MQ=255)
ggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATgcc > 2:3707948/1‑150 (MQ=255)
ggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGGTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATgcc < 2:274993/150‑1 (MQ=255)
taataaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCa > 2:136262/1‑150 (MQ=255)
ataaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGc > 2:4734634/1‑150 (MQ=255)
aTTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAAc < 1:3117100/150‑1 (MQ=255)
ttGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAAcc < 2:1703576/150‑1 (MQ=255)
tGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCt < 2:3211368/150‑1 (MQ=255)
gTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGtt < 2:4763993/150‑1 (MQ=255)
gTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGtt < 2:839565/150‑1 (MQ=255)
tGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTg < 1:852920/150‑1 (MQ=255)
aaTGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCt > 1:1830481/1‑150 (MQ=255)
gTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAg < 2:142633/150‑1 (MQ=255)
tctcTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGt > 1:1180612/1‑150 (MQ=255)
ctctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTa > 1:4516690/1‑150 (MQ=255)
ctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATTAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAAc < 1:988685/150‑1 (MQ=255)
ctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAAc < 1:556277/150‑1 (MQ=255)
ttCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACg > 2:2641945/1‑150 (MQ=255)
cATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCATGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGAt < 2:3119787/150‑1 (MQ=255)
tGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCg > 2:1626803/1‑150 (MQ=255)
gTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACt < 1:1748175/150‑1 (MQ=255)
gTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACt < 2:2790194/150‑1 (MQ=255)
gATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTcc > 2:80822/1‑150 (MQ=255)
tGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTcc > 2:2049675/1‑150 (MQ=255)
tGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTcc > 2:579980/1‑150 (MQ=255)
catcatGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTcccc > 1:1254096/1‑150 (MQ=255)
catGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTACCCGCt > 2:3421381/1‑150 (MQ=255)
tGCTATCCGCTTGTGTGATACCATGTTCCCGGGGGGGGGTGCTGGCCCAGTTAACAGTTATATCATAATGTGTGTTTGGTGTCGCATCGGTAATTGCCGCCCGCGAAACCTGTTGCTAAAATTACCGATCGACTCCGCTTTCCCCGCttt < 1:4077619/150‑1 (MQ=255)
tGCGAGCCGCAAGTGTGATACCATGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGTTAACTGGTATATCATCATGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAAGGCCGCCCGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCttt < 1:4697096/150‑1 (MQ=255)
gATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTgcc < 2:1775251/150‑1 (MQ=255)
aTCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTgccg > 2:340792/1‑150 (MQ=255)
cGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGccc < 2:1897587/150‑1 (MQ=255)
cGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGccc > 2:4614124/1‑150 (MQ=255)
gCATGTGTGATACCACGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGTTAAAAGGTATATCATAAAGTGTGGTTGGTGTCGAATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCt < 1:4361981/150‑1 (MQ=255)
aTACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGc > 2:4026458/1‑150 (MQ=255)
tACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCt > 1:2040054/1‑140 (MQ=255)
tACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCt < 2:2621928/140‑1 (MQ=255)
tACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCt > 1:2621928/1‑140 (MQ=255)
tACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCt < 2:2040054/140‑1 (MQ=255)
cAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCGTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCGGTGAGcaaac > 1:2822437/1‑150 (MQ=255)
aGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaaacca > 1:1124085/1‑150 (MQ=255)
gTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaaaccaa > 2:4446987/1‑150 (MQ=255)
ttCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaaaccaaa > 2:96538/1‑150 (MQ=255)
tCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaaaccaaac > 1:956841/1‑150 (MQ=255)
cccGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGTTAACAGTTATATCATCATGTGTGGTTGGTGTCGAATTGGTAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGCTCAAATTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCaaaccaaacc < 1:626824/150‑1 (MQ=255)
ccGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAaaccaaacca > 2:870438/1‑150 (MQ=255)
cgcgCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCAt > 2:2981333/1‑150 (MQ=255)
gcgcTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATg < 2:4345139/150‑1 (MQ=255)
cgcTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGc > 1:1549628/1‑150 (MQ=255)
cgcTGGCGTGCGGGCCCCGGTAACAGGTATATCATCACGGGTGGTTGGTGTCGAATCGTTAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGATCAACGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGc < 1:3776562/150‑1 (MQ=255)
cTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCACACCAAACCATGccc > 1:1303443/1‑150 (MQ=255)
ggCGTGCTGGCCCAGGTAACTGTTATATCATCATGTGTGGTTGGTGTCGCTTCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGccccc < 1:697790/150‑1 (MQ=255)
ggCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGccccc > 2:133009/1‑150 (MQ=255)
gggTGCGGGCCCTGGTAAGAGGTATATATTCATGTTTGGTTGGTGTCGCTTTGGTAAATGCCGCAAGCGAAACCTGTTGCTCAATTTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCa < 1:2183703/148‑1 (MQ=255)
cTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCAACGCa > 1:1885931/1‑150 (MQ=255)
cccTGGTAACTGTTATATCATCATGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCTAAACGTGTTGCTCAAATTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAg < 1:502499/150‑1 (MQ=255)
ccAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGt < 1:3504604/150‑1 (MQ=255)
ccAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGGTGCTCAAAGTAACGATCGACTCAGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGt < 2:3752462/150‑1 (MQ=255)
ggTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTc > 2:704242/1‑150 (MQ=255)
gTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCg < 2:3544219/150‑1 (MQ=255)
tAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGt > 1:2381020/1‑150 (MQ=255)
aaCAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGtt > 1:4670008/1‑150 (MQ=255)
aaCAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGtt > 1:4585429/1‑150 (MQ=255)
cAGTTATATCATCATGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTtat < 1:1003766/150‑1 (MQ=255)
aGGGATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTtata > 1:3640105/1‑150 (MQ=255)
gTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGc < 2:2179119/150‑1 (MQ=255)
gTAAATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGc > 1:2362947/1‑150 (MQ=255)
tataTCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCa > 2:4585125/1‑150 (MQ=255)
tataTCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCa > 2:1511022/1‑150 (MQ=255)
catcaAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCa < 1:3385435/150‑1 (MQ=255)
atcaAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGTTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCAc < 2:3833262/150‑1 (MQ=255)
atcaAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCAc < 2:4514703/150‑1 (MQ=255)
tcaAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACg > 2:2961202/1‑150 (MQ=255)
aGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCa > 2:1675954/1‑150 (MQ=255)
aGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCa > 2:1177955/1‑150 (MQ=255)
tgtgGTTGGTGTCGATTAGGTAAATGCCGCCTGCGAAACCTGTTGCTCAATGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACt < 1:4761291/150‑1 (MQ=255)
gtgGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTg > 2:3273464/1‑150 (MQ=255)
tggttggtGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGCTCAAAGTACCGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGa < 2:2022653/150‑1 (MQ=255)
ggttggtGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGAt > 2:3955378/1‑150 (MQ=255)
ggttggtGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGAt > 1:1357133/1‑150 (MQ=255)
ggttggtGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGAt > 1:4239044/1‑150 (MQ=255)
gttggtGTGGCTTTGTTAATTGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAATTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATg < 1:4245998/150‑1 (MQ=255)
gttggtGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATg > 1:2012641/1‑150 (MQ=255)
gttggtGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATg < 2:774191/150‑1 (MQ=255)
gttggtGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATg > 1:1750728/1‑150 (MQ=255)
ttggtGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATgg > 1:28573/1‑150 (MQ=255)
tggtGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGt < 1:2477447/150‑1 (MQ=255)
tgtCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTAAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCgg < 2:2517009/150‑1 (MQ=255)
gtCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCAAAAAGTACCGATCGACTCCGCTGTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCACCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCggg < 2:519797/150‑1 (MQ=255)
tCGCATGGTTAATTGCCGCCAGCTAAACCTGTTGAAAAAATTAACTATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGt < 1:4003599/150‑1 (MQ=255)
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tCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGt > 1:3565064/1‑150 (MQ=255)
cGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGtt > 2:4225725/1‑150 (MQ=255)
gCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGTTa > 1:3025403/1‑150 (MQ=255)
cATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGTTAt > 1:1631220/1‑150 (MQ=255)
aTCGTTAAATGCCGCAAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACTATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGTTATg < 2:966476/150‑1 (MQ=255)
aTCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGTTATg > 1:373848/1‑150 (MQ=255)
|
AGCCGGGCGGGAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGTTATG > CP009273/1692425‑1692720
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
