Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,650,532 |
G→T |
19.4% |
R31L (CGT→CTT) |
speG → |
spermidine N1‑acetyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,650,532 | 0 | G | T | 19.4%
| 729.4
/ 111.1
| 268 | R31L (CGT→CTT) | speG | spermidine N1‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (102/114); new base T (24/28); total (126/142) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.16e-01 |
Only 100 of 268 total aligned reads displayed.
GGCCGCGTTATTACCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAATTAACCATG > CP009273/1650386‑1650678
|
ggCCGCGTTTTTACCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGt < 1:800253/148‑1 (MQ=255)
ccGCGTTATTACCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTa < 2:1436869/148‑1 (MQ=255)
cgTTATTACCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTg > 1:3277043/1‑148 (MQ=255)
ttattaCCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGt < 2:2776464/148‑1 (MQ=255)
tattaCCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGtt < 2:1241520/148‑1 (MQ=255)
aCCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAg < 2:142292/148‑1 (MQ=255)
cccccTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAgg < 1:2025774/148‑1 (MQ=255)
ccccTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGa < 1:1096239/148‑1 (MQ=255)
ccTACCCTGATATTGATTTAAGGATTGTAAGGACACTTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTAGGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAAc < 1:3657649/148‑1 (MQ=255)
ccTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAAc > 2:2245578/1‑148 (MQ=255)
taccgtGTTATTGATTTTAGTTTTGTAAGGCCACGTTATGCCACGCGCCCACTTTGTTATGCTACGCCCGCTGGTGGGTGATGTTTTTCGCTATGTAAATAACATCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAAccc < 1:3698045/143‑1 (MQ=255)
tAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAAccc < 2:1356436/148‑1 (MQ=255)
aaCCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCt < 2:1574436/148‑1 (MQ=255)
aCCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAAACCTa > 2:2891900/1‑148 (MQ=255)
aCCTGTGATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTa < 2:781014/148‑1 (MQ=255)
tGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGa > 2:3436309/1‑148 (MQ=255)
tGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGa < 1:3311787/148‑1 (MQ=255)
gTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGaa > 1:2718004/1‑148 (MQ=255)
ttATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAg < 1:465878/148‑1 (MQ=255)
ttGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCGCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCGAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCt < 2:2059337/148‑1 (MQ=255)
ttGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCt < 1:1667087/148‑1 (MQ=255)
gATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCttt > 2:1731298/1‑148 (MQ=255)
agtaaTGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGGGTGAATATTTACGCTNTGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGaa < 1:1934860/145‑1 (MQ=255)
aGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGaa > 2:1674048/1‑148 (MQ=255)
ggAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAAc > 1:1468827/1‑148 (MQ=255)
aTGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAActct > 1:1717311/1‑148 (MQ=255)
aTGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAActct > 1:1146493/1‑148 (MQ=255)
aTGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAActct < 2:1232888/148‑1 (MQ=255)
aTGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAActct < 1:3479786/148‑1 (MQ=255)
tGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAActctc > 1:1402399/1‑148 (MQ=255)
tGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAActctc > 1:3302875/1‑148 (MQ=255)
gTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAActctct < 2:1159394/148‑1 (MQ=255)
ggACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATc < 1:1597572/148‑1 (MQ=255)
cGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTAt > 1:901755/1‑148 (MQ=255)
ttATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTa < 2:3327643/145‑1 (MQ=255)
ttATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGa > 2:1390490/1‑148 (MQ=255)
tATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGAt > 2:1599108/1‑148 (MQ=255)
aTGCCAAGCGCCCACAGTGTTAATCTACGCCCGCTGGAGCTTGAAGATTTAGGCTATGTACATAAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATa < 1:52161/148‑1 (MQ=255)
gCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAg > 2:121981/1‑148 (MQ=255)
ccAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGc < 1:21394/148‑1 (MQ=255)
ccAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGc < 1:3338398/148‑1 (MQ=255)
aaGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCat < 1:2487116/148‑1 (MQ=255)
aGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCata > 1:828458/1‑148 (MQ=255)
gcgcCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTGTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCatat < 1:1274233/148‑1 (MQ=255)
gcgcCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCatat > 2:114263/1‑148 (MQ=255)
cgcCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATAtt > 2:314368/1‑148 (MQ=255)
gcCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTc < 1:233012/148‑1 (MQ=255)
acaGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGa < 1:3374965/148‑1 (MQ=255)
caGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGAt < 2:49268/148‑1 (MQ=255)
aGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATc < 2:3582716/148‑1 (MQ=255)
gtgtTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCa < 2:2639451/148‑1 (MQ=255)
tgtTAAGCTTCGCCCGCTGGATCTTTAAGATTTACTATATGTACATGTACTCGACAATAACGCCAGTTTGATGCTTTACTGGTTTGATGAACCCTAAGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATATTTATGATAAGCATATTCACGATCag < 2:449998/148‑1 (MQ=255)
tgtTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCag > 1:990102/1‑148 (MQ=255)
gtTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCaga < 2:2470088/148‑1 (MQ=255)
tAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGc < 1:1246201/148‑1 (MQ=255)
aGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGa < 1:885988/148‑1 (MQ=255)
aGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGa > 1:2794255/1‑148 (MQ=255)
cTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAAc > 1:3555323/1‑148 (MQ=255)
ccGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCt < 2:2948509/148‑1 (MQ=255)
gAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTgtgg > 2:2167430/1‑148 (MQ=255)
tgCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTgtggt < 2:1850337/147‑1 (MQ=255)
aGCGTGAAGTTTTACGATATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTgtggt < 1:645096/148‑1 (MQ=255)
aGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTgtggt < 2:1200461/148‑1 (MQ=255)
aGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTgtggt < 2:3740141/148‑1 (MQ=255)
aGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTgtggt < 2:2279198/148‑1 (MQ=255)
gAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAAt > 2:2474030/1‑148 (MQ=255)
aGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAAtgt > 1:3817127/1‑148 (MQ=255)
gATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAAtgtg > 1:528666/1‑148 (MQ=255)
gATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAAtgtg < 2:2517146/148‑1 (MQ=255)
aTTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGa < 2:3797266/148‑1 (MQ=255)
aTTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGa > 2:616024/1‑148 (MQ=255)
aTTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGa < 2:3388065/148‑1 (MQ=255)
tttACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGAc < 2:2859212/148‑1 (MQ=255)
ttACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACg > 1:3074888/1‑148 (MQ=255)
aCGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGc < 2:2697222/148‑1 (MQ=255)
tGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGaaaaa > 1:1618387/1‑148 (MQ=255)
tGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGaaaaa > 1:2363120/1‑148 (MQ=255)
tCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGt < 2:68721/148‑1 (MQ=255)
cAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTc > 2:2808401/1‑148 (MQ=255)
cAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTc < 2:1702394/148‑1 (MQ=255)
cAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTc > 1:2826819/1‑148 (MQ=255)
aCTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCtg < 2:845822/148‑1 (MQ=255)
cTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCtgg < 1:2245578/148‑1 (MQ=255)
cTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCtgg < 1:2418478/148‑1 (MQ=255)
cGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCtggtg < 1:709134/148‑1 (MQ=255)
cAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAg < 2:2082920/148‑1 (MQ=255)
cAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAg > 1:3451877/1‑148 (MQ=255)
aaTAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGc < 1:2936504/148‑1 (MQ=255)
aTAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAGTGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCt > 1:1018523/1‑148 (MQ=255)
tAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCtg > 2:438506/1‑148 (MQ=255)
aaCGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCtgg < 1:3107225/148‑1 (MQ=255)
cGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCtggtg > 1:216421/1‑148 (MQ=255)
cAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGaa < 2:2417149/148‑1 (MQ=255)
gtgtGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAAt > 1:2016000/1‑148 (MQ=255)
gtgtGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAAt > 1:3427671/1‑148 (MQ=255)
gtgtGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAAt < 1:1226140/148‑1 (MQ=255)
tgtgATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAAtt > 2:2663722/1‑148 (MQ=255)
tgATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAATTaa < 1:1390184/148‑1 (MQ=255)
tgATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAATTaa < 1:1738584/148‑1 (MQ=255)
tgATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAATTaa < 2:1541825/148‑1 (MQ=255)
|
GGCCGCGTTATTACCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAATTAACCATG > CP009273/1650386‑1650678
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
