Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,651,166 |
C→A |
14.0% |
A183A (GCG→GCT) |
ynfC ← |
UPF0257 family lipoprotein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,651,166 | 0 | C | A | 14.0%
| 765.4
/ 67.5
| 243 | A183A (GCG→GCT) | ynfC | UPF0257 family lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (72/137); new base A (12/22); total (84/159) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
GTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCATTTGTTTGCTGCTGGCTT > CP009273/1651020‑1651311
|
gTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCg < 2:1581292/148‑1 (MQ=255)
ttttttGATGGTGTAAACCGGTTCGAGGGCGGGTTTTACTCGTTCATCAAAAATGATTATCTGTCAGTCCACCGGATTAGCGTTACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTAATTTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCt < 1:3406894/147‑1 (MQ=255)
aTTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCt > 2:3589335/1‑148 (MQ=255)
tttttGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCtg < 1:213596/148‑1 (MQ=255)
ttttGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCtgt > 1:3071487/1‑148 (MQ=255)
ttGATGGTTTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTAATCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTTTCTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACTTTACCAACCCGTTGATTTTTCAGTAAAGTAACCGCTgtgt < 1:477670/148‑1 (MQ=255)
gATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTaa < 1:371578/148‑1 (MQ=255)
ggTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCt > 2:196728/1‑148 (MQ=255)
gtgtAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTa < 1:284793/148‑1 (MQ=255)
gtgtAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTa < 2:2666011/148‑1 (MQ=255)
tgtAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTaa < 1:1864435/148‑1 (MQ=255)
tgtAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTaa < 2:3253637/148‑1 (MQ=255)
gtAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAAt > 2:2046285/1‑148 (MQ=255)
tAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAAtt < 1:1868583/148‑1 (MQ=255)
tAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAAtt < 1:725022/148‑1 (MQ=255)
aCCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAATTAACCGCTGTGTAATCTAAttttt > 2:3522698/1‑148 (MQ=255)
aCCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAAttttt > 2:3287370/1‑148 (MQ=255)
aCCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAAttttt > 1:68271/1‑148 (MQ=255)
cccGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAAtttttt > 2:2777901/1‑148 (MQ=255)
cGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGa < 2:3017837/148‑1 (MQ=255)
tCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCg > 1:2648427/1‑148 (MQ=255)
gACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAATGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGa < 1:827943/148‑1 (MQ=255)
gACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGa < 1:1170375/148‑1 (MQ=255)
gcggGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCg < 2:789180/148‑1 (MQ=255)
cggGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGt < 2:2948613/148‑1 (MQ=255)
gggTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGtt < 1:809073/148‑1 (MQ=255)
aCTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGAtggcg > 1:3392528/1‑148 (MQ=255)
aCTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGAtggcg > 2:849785/1‑148 (MQ=255)
tCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGAtggcgtg > 1:403095/1‑148 (MQ=255)
tCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGAtggcgtg > 2:121561/1‑148 (MQ=255)
atcaACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTg > 1:2925778/1‑148 (MQ=255)
atcaACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTg > 1:2050606/1‑148 (MQ=255)
caaTGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGa < 1:3260576/148‑1 (MQ=255)
aaTGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGAt < 2:1078207/148‑1 (MQ=255)
aTGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATa < 2:1935532/148‑1 (MQ=255)
aTGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATa > 1:1957366/1‑148 (MQ=255)
aTGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATa < 1:1003035/148‑1 (MQ=255)
tGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATaa > 1:2970818/1‑148 (MQ=255)
aGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGttt < 2:2419863/148‑1 (MQ=255)
aGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGttt < 2:3546122/148‑1 (MQ=255)
aGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGttt < 2:332453/148‑1 (MQ=255)
gCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGtttt < 1:1760622/148‑1 (MQ=255)
gCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGtttt < 2:1666608/148‑1 (MQ=255)
tGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGt < 1:2287289/148‑1 (MQ=255)
tGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGAGGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGt < 2:2108780/148‑1 (MQ=255)
aCAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCg > 2:3112201/1‑148 (MQ=255)
aCAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCg < 1:1417833/148‑1 (MQ=255)
aGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTAGAATACCAACCCGAACAAAATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGtt > 1:3746603/1‑148 (MQ=255)
tCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTAc > 1:3798349/1‑148 (MQ=255)
ccACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACt > 1:2195329/1‑148 (MQ=255)
ccGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACtttt > 1:2768519/1‑148 (MQ=255)
aTTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTg < 2:2863635/148‑1 (MQ=255)
ttAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTgg < 2:403095/148‑1 (MQ=255)
tAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGt > 1:180039/1‑148 (MQ=255)
gTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTa < 2:2313613/148‑1 (MQ=255)
gACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTAcc < 2:3079713/148‑1 (MQ=255)
aCTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTAccc > 1:75248/1‑148 (MQ=255)
tatTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGAt < 1:548567/148‑1 (MQ=255)
tatTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGAt > 1:2331322/1‑148 (MQ=255)
atTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATa > 2:1562149/1‑148 (MQ=255)
atTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATa > 2:2203815/1‑148 (MQ=255)
tCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAAc > 2:869687/1‑148 (MQ=255)
caGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCt > 2:3248837/1‑148 (MQ=255)
aGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTg < 1:3309781/148‑1 (MQ=255)
aGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTg < 1:3166126/148‑1 (MQ=255)
ctctGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGat > 1:388816/1‑148 (MQ=255)
ctctGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGat > 2:488906/1‑148 (MQ=255)
gTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGatcatc < 1:1021083/148‑1 (MQ=255)
gTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGatcatc < 2:1794446/148‑1 (MQ=255)
gTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGatcatc < 1:1713957/148‑1 (MQ=255)
gTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGatcatc > 1:2833882/1‑148 (MQ=255)
tttACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATcatcat > 2:1495998/1‑148 (MQ=255)
tttACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATcatcat < 2:3690837/148‑1 (MQ=255)
tACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAg < 1:426965/148‑1 (MQ=255)
aTTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGa > 1:2395326/1‑148 (MQ=255)
tACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGata < 1:1565228/148‑1 (MQ=255)
aCCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTGATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGatat > 2:2609/1‑148 (MQ=255)
aCCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGatat > 2:1020130/1‑148 (MQ=255)
aaCCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTcc > 1:2484102/1‑148 (MQ=255)
aaCCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTcc < 2:1817713/148‑1 (MQ=255)
aaCCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTcc < 1:2535344/148‑1 (MQ=255)
ccGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATc < 2:3404928/148‑1 (MQ=255)
tGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCa > 1:1382984/1‑148 (MQ=255)
tGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCa < 1:3589335/148‑1 (MQ=255)
tGATTATTCAGTAAAGTAACAGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCa > 2:3540480/1‑148 (MQ=255)
attattCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCAtt > 2:3768982/1‑148 (MQ=255)
tattCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTAACCAGCGGATAAACCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCAtttg > 1:2639396/1‑148 (MQ=255)
attCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCAtttgt < 2:2824332/148‑1 (MQ=255)
tCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCAtttgttt > 2:934625/1‑148 (MQ=255)
cAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCAtttgtttg < 2:1423758/148‑1 (MQ=255)
agtaaagtaaCCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCATTTGTTtgc > 1:2574568/1‑148 (MQ=255)
gtaaagtaaCCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCATTTGTTtgct > 1:1099561/1‑148 (MQ=255)
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aagtaaCCGCTTTTTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCATTTGTTTgctgct < 1:1318017/148‑1 (MQ=255)
taaCCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCATTTGTTTGCTGCTGGc < 2:68271/148‑1 (MQ=255)
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aaCCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCATTTGTTTGCTGCTGGCt < 2:2497308/148‑1 (MQ=255)
aaCCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCATTTGTTTGCTGCTGGCt < 1:3492886/148‑1 (MQ=255)
aCCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCATTTGTTTGCTGCTGGCtt < 2:1562416/148‑1 (MQ=255)
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GTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTACCAACCCGTTGATTATTCAGTAAAGTAACCGCTGTGTAATCTAATTTTTTGATCGGATCCGTTGATGGCGTGGCGCTGACAGATAATGTTTTGTCGTTACTTTTCGTGGTTTTACCCAGCGGATAACCCTGATCATCATAGCGATATTCCATCTGCATTTGTTTGCTGCTGGCTT > CP009273/1651020‑1651311
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
