Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,692,573 |
C→A |
100% |
D289Y (GAT→TAT) |
malI ← |
transcriptional repressor of Mal regulon |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,692,573 | 0 | C | A | 99.0%
| 799.9
/ ‑4.4
| 289 | D289Y (GAT→TAT) | malI | transcriptional repressor of Mal regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/6); major base A (139/128); minor base T (0/14); total (140/149) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.79e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
GCCGGGCGGGAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGTTAT > CP009273/1692426‑1692719
|
cgggcgggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTa > 1:3870695/1‑150 (MQ=255)
cgggcgggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTa < 2:4692506/150‑1 (MQ=255)
ggcgggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTaaa > 2:5318913/1‑150 (MQ=255)
gcgggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAAt < 1:1747865/150‑1 (MQ=255)
gcgggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCACATAGGTAAAt < 2:1140263/150‑1 (MQ=255)
gggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATgc > 2:2912922/1‑150 (MQ=255)
ggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATgcc < 2:4747825/150‑1 (MQ=255)
gAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATgccg < 1:2151888/150‑1 (MQ=255)
ataataAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATgccgcc > 1:2394711/1‑150 (MQ=255)
ataataAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATgccgcc < 2:5095722/150‑1 (MQ=255)
taataaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCa < 2:1817869/150‑1 (MQ=255)
aataaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAg > 2:1044110/1‑150 (MQ=255)
aataaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATACGCAATTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGACGCCAg > 2:2277589/1‑150 (MQ=255)
aaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGa > 1:5065764/1‑150 (MQ=255)
aaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGa > 1:977580/1‑150 (MQ=255)
gATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGaaa < 1:4388938/150‑1 (MQ=255)
aTTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAAc > 1:4462839/1‑150 (MQ=255)
tGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCt < 2:3816064/150‑1 (MQ=255)
gCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTg > 2:1669137/1‑150 (MQ=255)
cGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGt > 1:4530308/1‑150 (MQ=255)
gTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGtt > 1:5314118/1‑150 (MQ=255)
gTGAATGCGTCTCTTCAGGGGTGATTTTTTGCATCAAGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCCTAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGtt > 2:313723/1‑150 (MQ=255)
tGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTg > 2:3241390/1‑150 (MQ=255)
tGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTg > 2:1911031/1‑150 (MQ=255)
tGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTg < 2:2404695/150‑1 (MQ=255)
gAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGc > 2:4459413/1‑150 (MQ=255)
gAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGc > 2:3121523/1‑150 (MQ=255)
cGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCaaa > 1:4394057/1‑150 (MQ=255)
gTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAg < 1:25591/150‑1 (MQ=255)
gTCTCTTCATGGGTGAATTTTTGCATCAAGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGAGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGTTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAg > 2:4833144/1‑150 (MQ=255)
tctcTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGt > 1:1032156/1‑150 (MQ=255)
ctctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTa > 1:3256539/1‑150 (MQ=255)
tctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTaa < 2:2043880/150‑1 (MQ=255)
tctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTaa < 1:2176748/150‑1 (MQ=255)
ttCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACg < 2:347109/150‑1 (MQ=255)
tGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCg < 2:4187414/150‑1 (MQ=255)
ggTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGAc > 2:3512559/1‑150 (MQ=255)
gTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACt < 2:1190654/150‑1 (MQ=255)
gTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACt > 2:2445452/1‑150 (MQ=255)
gtttttttGCATCATGCGATCCGAAAGTGTGATACCACGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAATTGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTcc < 2:3534850/148‑1 (MQ=255)
gATTTTTTGCTTCATGGGATCCGCATGTGTGTTACCAAGTTCCCGGGCTGGCGTGCTGGCCATGGTAAATGTTATATCATCATGTGTGGTTGGTTTGGCATGGGTAATTGCCGCCAGCGAAACCTTTTGCTCAAAGTAACGATCGACTcc < 2:5194815/150‑1 (MQ=255)
tttGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCATGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACTGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCTGCTAAACCTGTTGCTAAAAGTAACGATCGACTCCGCttt < 1:3422426/150‑1 (MQ=255)
tGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTcc > 2:189336/1‑150 (MQ=255)
tGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTcc > 1:2884759/1‑150 (MQ=255)
catcatGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTcccc > 2:1955120/1‑150 (MQ=255)
tcatGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGc > 2:2110007/1‑150 (MQ=255)
catGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCt > 1:2755655/1‑150 (MQ=255)
catGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCt > 1:3855960/1‑150 (MQ=255)
atGCGATCCGCAAGTGTGAAACCAAGTTCCCGCGCTGTCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTAAATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCTCTTACCCCGCtt > 1:3752531/1‑150 (MQ=255)
tGCGATCCGCATGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCTGTTAACTGGTATATCATCATGTGTGGTTGGTGTCGAATTGTTAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGCTAAAAGAAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCttt < 1:504929/150‑1 (MQ=255)
tGCGATCCGCATGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCttt < 1:3076725/150‑1 (MQ=255)
tGCGATCCGCAAGTGTGATACCATGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGTTAACTGGTATATAATCATGTGTGGTTGGTGTCGAATTGTTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCttt < 1:4135214/150‑1 (MQ=255)
gATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGTCGTGCTGCCCCATCAAACAGGTATATCAACAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGAAAATGCCGCCAGCGAAACCTGATGCTCAAAGAAACGATCGACTCCTCTTACCCCGCtaagcc > 1:4641574/1‑145 (MQ=255)
gATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTgcc > 2:2942898/1‑150 (MQ=255)
gATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTgcc > 2:3097019/1‑150 (MQ=255)
aTCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGTTAACAGGTATATCATCATGTGTGGTTGGTGTCGAATAGGTAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGCACAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTgccg < 1:1429576/150‑1 (MQ=255)
gCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCt < 2:1525190/150‑1 (MQ=255)
aGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCt < 2:2644546/150‑1 (MQ=255)
gtgtGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCtt > 2:750422/1‑150 (MQ=255)
tgtgATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCttt > 2:3430193/1‑150 (MQ=255)
gtgATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTg > 1:697909/1‑150 (MQ=255)
gATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAg > 1:1692821/1‑150 (MQ=255)
gATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAg < 1:789299/150‑1 (MQ=255)
aTACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGc > 1:4922205/1‑150 (MQ=255)
catgTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATAAAGTGTGTTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGCTAAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaaac < 1:4354520/147‑1 (MQ=255)
tCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCACGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAAGGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAACGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaaaccaaac < 1:3173115/150‑1 (MQ=255)
cgcTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGc < 2:1623351/150‑1 (MQ=255)
cgcTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCAGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGc < 1:2513357/150‑1 (MQ=255)
tGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGcccc > 1:1987824/1‑150 (MQ=255)
tGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCACGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCaa < 1:1176049/150‑1 (MQ=255)
gCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATa < 2:870826/150‑1 (MQ=255)
aGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTATCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGttt > 2:4345406/1‑150 (MQ=255)
ggTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTc < 2:3021395/150‑1 (MQ=255)
tAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGt > 2:2758166/1‑150 (MQ=255)
ctggTATATCATCATGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCTGCTAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTtat < 2:2315215/148‑1 (MQ=255)
ctggTATAACAACATGTGTGGTTGGTGTGGCTTTGTTAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGATCAAATTACCTATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTtat < 1:1818908/148‑1 (MQ=255)
cAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTtat > 2:2204539/1‑150 (MQ=255)
aGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTtata > 1:1568573/1‑150 (MQ=255)
aGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTtata < 1:5176299/150‑1 (MQ=255)
aGGAATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGGtata > 1:4613842/1‑150 (MQ=255)
ggTATATCATCTAGTGTGTTTGGTGTCGCATTGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACTATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAATCCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAg < 2:1311436/150‑1 (MQ=255)
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ggTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGAAACGATCGACACCGATTTCCCCGCTATGCCGCACTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCACCCATCGCAATAGTTTCGTTATAg > 2:1424618/1‑150 (MQ=255)
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ggcgatccgattgtgtgatacaacgtcCCCGCGCTGGGGTGCTGGCCCTGCTAACTGTTATATCATCATGTGTGGTTGGTGTCGATTAGGTAATTGCCGCCAGCTAAACTTGTTGCTCAAATTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTT < SRR19973062.507481/123‑1 (MQ=58)
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TGCGATCCGCATGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTT < SRR19973062.3092646/150‑1 (MQ=60)
TGCGATCCGCAAGTGTGATACCATGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGTTAACTGGTATATAATCATGTGTGGTTGGTGTCGAATTGTTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTT < SRR19973062.4156634/150‑1 (MQ=60)
TGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTT > SRR19973062.5240564/1‑150 (MQ=60)
TGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCACAGGTAACAGGTATATCATCAAGTTTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGATTT > SRR19973062.2582914/1‑150 (MQ=60)
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GATCCGCACGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCACGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCC < SRR19973062.1326505/150‑1 (MQ=60)
GATCCGCAAGTGTTATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGGTGGCCCAGGTAACTGGTATATCATCATGTGTGGTTGGTGTCGCATTGTTAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCC < SRR19973062.3814955/150‑1 (MQ=60)
GATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGTCGTGCTGCCCCATCAAACAGGTATATCAACAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGAAAATGCCGCCAGCGAAACCTGATGCTCAAAGAAACGATCGACTCCTCTTACCCCGCTaagcc > SRR19973062.4665859/1‑145 (MQ=60)
ATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGTTAACAGGTATATCATCATGTGTGGTTGGTGTCGAATAGGTAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGCACAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCG < SRR19973062.1436505/150‑1 (MQ=60)
ATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCG > SRR19973062.4333616/1‑150 (MQ=60)
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GCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCGGGCGTGCTGGCCCTGGTAACAGGTATATCATAAAGTGTGGTTGGTGTCGCATTGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCT < SRR19973062.1770097/150‑1 (MQ=60)
ttttttatacaaatTTCCCGCGCGGGCGTGCTGGCCACGGTACCTGGTATATCAACATGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAATTGCCGCCAGCTAAACATGTTGCTCAACTTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCT < SRR19973062.4236596/136‑1 (MQ=60)
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GATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAG > SRR19973062.1701120/1‑150 (MQ=60)
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CATGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATAAAGTGTGTTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGCTAAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAAC < SRR19973062.4376895/150‑1 (MQ=60)
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TCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCACGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAAGGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAACGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAAC < SRR19973062.3189564/150‑1 (MQ=60)
CCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCA > SRR19973062.5033003/1‑150 (MQ=60)
cgcgggggggtgcgggccctgttaccagtTATATCATCATGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGCTCAAATTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCAT < SRR19973062.1091256/121‑1 (MQ=60)
CGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGTTAACTGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGTTAAATGCCGCCAGCGAAACATGTTGCTAAATGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCAT < SRR19973062.2915354/150‑1 (MQ=60)
CGCGCGGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGAATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGAAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCAT < SRR19973062.2040941/150‑1 (MQ=60)
CGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACTGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCAGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGC < SRR19973062.2526788/150‑1 (MQ=60)
TGGCGTGCTGGCCCAGGTAACTGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGTTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCC < SRR19973062.217934/150‑1 (MQ=60)
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CGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCATGTGTGGTTGGTGTCGCTTAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGATCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCAT < SRR19973062.89919/150‑1 (MQ=60)
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GTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGG > SRR19973062.3504066/1‑150 (MQ=60)
CGCATAGGAAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGATAATCGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAACCCACGGCACTGATGGTCGGGTT < SRR19973062.2212615/150‑1 (MQ=60)
AGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCAGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTAATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGTTATGAC > SRR19973062.3052313/1‑150 (MQ=60)
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AGCCGGGCGGGAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGTTATGAC > CP009273/1692425‑1692722
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
