Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,650,532 |
G→T |
38.8% |
R31L (CGT→CTT) |
speG → |
spermidine N1‑acetyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,650,532 | 0 | G | T | 38.8%
| 278.2
/ 211.3
| 216 | R31L (CGT→CTT) | speG | spermidine N1‑acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/68); new base T (44/40); total (108/108) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.76e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
CTGGCCGCGTTATTACCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAATTAACCATGTT > CP009273/1650384‑1650680
|
tGGCCGCGTTATTACCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGt < 1:4046090/149‑1 (MQ=255)
gcgTTATTACCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTg < 2:198068/149‑1 (MQ=255)
gcgTTATTACCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTg > 2:3749397/1‑149 (MQ=255)
ttattaCCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGtt > 2:2442265/1‑149 (MQ=255)
ttattaCCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGtt < 1:1857477/149‑1 (MQ=255)
ttattaCCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGtt > 2:544483/1‑149 (MQ=255)
attaCCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTg > 1:3908753/1‑149 (MQ=255)
cccccTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTAGGCCACGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGa < 1:1070336/149‑1 (MQ=255)
cccTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAAc < 2:276159/149‑1 (MQ=255)
cTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAAccc < 2:2390519/149‑1 (MQ=255)
cccTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTAc < 1:1132622/148‑1 (MQ=255)
aCCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTAc < 1:243786/149‑1 (MQ=255)
gTTATTGATTTAAGGAATTTAATTACACGTTATGCAAATAGCCCAAAGTGTTAAGCTACGCCAGCTGGAGAGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCATTGAGATTAGTTACTGTTTTTAGCAAACCTAAGaat > 2:3380890/1‑148 (MQ=255)
gTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAg < 2:184290/149‑1 (MQ=255)
ttATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGc < 1:2117622/149‑1 (MQ=255)
tATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGcc < 2:3831095/149‑1 (MQ=255)
tATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGcc > 1:2523275/1‑149 (MQ=255)
aTTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCt > 1:5532/1‑149 (MQ=255)
aTTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCt > 1:1179623/1‑149 (MQ=255)
tGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCttt < 1:332731/149‑1 (MQ=255)
gATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTttg < 2:1149639/149‑1 (MQ=255)
aGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAAc > 1:769121/1‑149 (MQ=255)
gAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTTTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAActc > 2:2216136/1‑149 (MQ=255)
gAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTTTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTCAActc > 2:4042272/1‑149 (MQ=255)
gAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAActc < 1:2351156/149‑1 (MQ=255)
gAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAActc < 1:3506795/149‑1 (MQ=255)
gTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTg < 1:2048190/149‑1 (MQ=255)
gTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTg > 1:1379387/1‑149 (MQ=255)
tAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGa < 2:2168922/149‑1 (MQ=255)
tAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGa < 2:2142324/149‑1 (MQ=255)
aGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATc < 2:599659/149‑1 (MQ=255)
ggACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCt > 2:3881214/1‑149 (MQ=255)
cacGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTTTGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTa < 2:1931125/149‑1 (MQ=255)
acGTAATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTAt < 1:2761919/149‑1 (MQ=255)
gTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGa < 1:3153739/149‑1 (MQ=255)
gTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGa > 1:2291304/1‑149 (MQ=255)
gTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGa < 1:871727/149‑1 (MQ=255)
ttATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGAt > 2:2048439/1‑149 (MQ=255)
tATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATa < 2:4026307/149‑1 (MQ=255)
tATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATa > 1:3074029/1‑149 (MQ=255)
aTGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATaa < 1:3856784/149‑1 (MQ=255)
gCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGc < 2:718397/149‑1 (MQ=255)
gCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGc < 2:2144521/149‑1 (MQ=255)
ccAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCa < 2:1231805/149‑1 (MQ=255)
ccAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCa > 2:3707004/1‑149 (MQ=255)
aGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAATATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCatat < 2:3978355/149‑1 (MQ=255)
aGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCatat < 1:1108675/149‑1 (MQ=255)
gcgcCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATAtt < 1:633694/149‑1 (MQ=255)
gcCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCa > 2:2093123/1‑149 (MQ=255)
cccACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCAc > 1:425871/1‑149 (MQ=255)
cacaGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGa > 2:2739976/1‑149 (MQ=255)
aGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATAGTCACGATCa < 2:2916033/149‑1 (MQ=255)
gtgtTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCag < 2:2689605/149‑1 (MQ=255)
gtgtTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCag > 1:1982311/1‑149 (MQ=255)
gtgtTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCag > 2:968463/1‑149 (MQ=255)
gtgtTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCag < 1:1676468/149‑1 (MQ=255)
gtgtTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCag > 1:3138505/1‑149 (MQ=255)
tgtTAAGCGACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATCTTCACGATCaga < 2:859028/149‑1 (MQ=255)
aGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGaa < 2:2523275/149‑1 (MQ=255)
gCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAAc < 2:2810776/149‑1 (MQ=255)
gCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAAc < 2:1680158/149‑1 (MQ=255)
tACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACgg < 1:1818082/149‑1 (MQ=255)
cGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGgcg > 1:3714462/1‑149 (MQ=255)
gCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGgcgc > 1:2299791/1‑149 (MQ=255)
ccGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCtt < 1:577260/149‑1 (MQ=255)
cGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCttt < 2:3528745/149‑1 (MQ=255)
ggAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTGTgtgg > 2:3669612/1‑149 (MQ=255)
gTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGaa < 2:2465232/149‑1 (MQ=255)
tGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAAt < 2:3327480/149‑1 (MQ=255)
gATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGa > 1:2432055/1‑149 (MQ=255)
aTTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGAc > 1:3774951/1‑149 (MQ=255)
aTTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGAc > 2:1154300/1‑149 (MQ=255)
aCGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCg > 2:3130360/1‑149 (MQ=255)
aTGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGaaaaa < 2:1277317/149‑1 (MQ=255)
aTGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGaaaaa > 2:2636085/1‑149 (MQ=255)
tGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAg > 1:1050263/1‑149 (MQ=255)
aTCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGt < 2:596888/149‑1 (MQ=255)
aaCTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAACAAGCCGGTCtg > 1:3176659/1‑149 (MQ=255)
aaCTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCtg > 2:3064022/1‑149 (MQ=255)
aCTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCtgg > 1:1038972/1‑149 (MQ=255)
aCTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCtgg > 1:3096077/1‑149 (MQ=255)
cTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCtggt > 1:490322/1‑149 (MQ=255)
tctaCAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCtggtg < 2:13500/146‑1 (MQ=255)
cGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCtggtgg > 2:3089543/1‑149 (MQ=255)
gACAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGa < 2:769121/149‑1 (MQ=255)
gACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGa > 2:2187208/1‑149 (MQ=255)
aCAATAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAg > 1:2441992/1‑149 (MQ=255)
aCAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAg > 2:1531547/1‑149 (MQ=255)
cAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGc < 2:1769850/149‑1 (MQ=255)
aTAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCtg > 2:1870116/1‑149 (MQ=255)
tAACGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCtgg > 1:509406/1‑149 (MQ=255)
tAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCtgg > 2:318664/1‑149 (MQ=255)
ccGCCAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCtggtg < 2:3231319/148‑1 (MQ=255)
ccAGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGaa > 1:2354634/1‑149 (MQ=255)
ccAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGaa > 2:1405186/1‑149 (MQ=255)
cAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGaaa < 1:2739970/149‑1 (MQ=255)
aGTGTGATGCTTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAAt > 2:1504587/1‑149 (MQ=255)
aTGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAATTAACCa < 1:2682403/149‑1 (MQ=255)
gCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAATTAACCATg > 1:3410291/1‑149 (MQ=255)
gTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAATTAACCATGtt > 1:996897/1‑149 (MQ=255)
|
CTGGCCGCGTTATTACCCCCTAACCTGTTATTGATTTAAGGAATGTAAGGACACGTTATGCCAAGCGCCCACAGTGTTAAGCTACGCCCGCTGGAGCGTGAAGATTTACGCTATGTACATCAACTCGACAATAACGCCAGTGTGATGCGTTACTGGTTTGAGGAACCCTACGAAGCCTTTGTTGAACTCTCTGATCTGTATGATAAGCATATTCACGATCAGAGCGAACGGCGCTTTGTGGTGGAATGTGACGGCGAAAAAGCCGGTCTGGTGGAGCTGGTGGAAATTAACCATGTT > CP009273/1650384‑1650680
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
