Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F204 I0 R1
|
1155 |
255.8 |
8356456 |
95.7% |
7997128 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,692,573 |
C→A |
56.1% |
D289Y (GAT→TAT) |
malI ← |
transcriptional repressor of Mal regulon |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,692,573 | 0 | C | A | 56.1%
| 8.9
/ inf
| 224 | D289Y (GAT→TAT) | malI | transcriptional repressor of Mal regulon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (57/41); new base A (60/66); total (117/107) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.38e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.85e-02 |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
GCCGGGCGGGAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGTTAT > CP009273/1692426‑1692719
|
cgggcgggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTa > 1:2718109/1‑150 (MQ=255)
ggcgggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTaaa > 2:3261026/1‑150 (MQ=255)
gcgggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAAt < 2:3498725/150‑1 (MQ=255)
cgggAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATg < 1:1947120/150‑1 (MQ=255)
gAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATgccg < 1:2721929/150‑1 (MQ=255)
gAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTATTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATgccg < 2:1939810/150‑1 (MQ=255)
aataaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAg > 2:676597/1‑150 (MQ=255)
aataaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGGGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAg > 1:341421/1‑150 (MQ=255)
aaGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGa < 2:920640/150‑1 (MQ=255)
gATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGaaa > 2:2204747/1‑150 (MQ=255)
gATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGaaa < 2:2205752/150‑1 (MQ=255)
gATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGaaa > 1:348060/1‑150 (MQ=255)
tGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCt > 1:1897475/1‑150 (MQ=255)
tGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCt > 1:1260037/1‑150 (MQ=255)
tGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCt > 1:3593169/1‑150 (MQ=255)
gTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGtt > 1:2489631/1‑150 (MQ=255)
tGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTg < 1:2852969/150‑1 (MQ=255)
gAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGc > 1:755331/1‑150 (MQ=255)
aaTGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCt > 1:681379/1‑150 (MQ=255)
aaTGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCt < 2:2100589/150‑1 (MQ=255)
aTGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTc > 1:696311/1‑150 (MQ=255)
aTGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTc > 2:3346213/1‑150 (MQ=255)
gTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAg < 2:1904748/150‑1 (MQ=255)
gTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAg < 1:1015939/150‑1 (MQ=255)
gTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGCGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAg > 1:516385/1‑150 (MQ=255)
ctctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTa > 1:1723957/1‑150 (MQ=255)
tctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTaa > 2:584501/1‑150 (MQ=255)
ctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAAc > 2:385993/1‑150 (MQ=255)
ctTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAAc < 1:224655/150‑1 (MQ=255)
ttCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACg < 1:2154566/150‑1 (MQ=255)
tCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGa > 1:784880/1‑150 (MQ=255)
tCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGa < 2:1203758/150‑1 (MQ=255)
cATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGAt > 2:1533584/1‑150 (MQ=255)
aTGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATc < 1:1175688/150‑1 (MQ=255)
aTGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATc > 1:1921817/1‑150 (MQ=255)
aTGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATc < 2:3904875/150‑1 (MQ=255)
gggTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGa > 1:3008819/1‑150 (MQ=255)
gggTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGa < 2:3974321/150‑1 (MQ=255)
ggTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGAc > 1:379624/1‑150 (MQ=255)
gTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACt > 2:1627329/1‑150 (MQ=255)
gTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACt < 1:1841265/150‑1 (MQ=255)
aTTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCg > 1:2409847/1‑150 (MQ=255)
ttttGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCtt > 1:812655/1‑150 (MQ=255)
ttttGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATAATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCtt < 2:1777935/150‑1 (MQ=255)
ttGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTc > 1:227582/1‑150 (MQ=255)
tGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTcc > 1:479234/1‑150 (MQ=255)
gCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTccc > 2:172256/1‑150 (MQ=255)
catcatGCTATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTTCTGGCCCAGGTAACAGTTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTcccc < 2:1427504/150‑1 (MQ=255)
catcatGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTcccc > 2:3686072/1‑150 (MQ=255)
cGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTgc > 2:2424737/1‑150 (MQ=255)
cGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTgc > 2:863000/1‑150 (MQ=255)
cGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTgc > 2:1480130/1‑150 (MQ=255)
cGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTgc < 2:389776/150‑1 (MQ=255)
cGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGccc < 2:1215101/150‑1 (MQ=255)
gCAAGTTTTATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGTTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCTAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCt < 1:112739/150‑1 (MQ=255)
gCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCt < 1:1231426/150‑1 (MQ=255)
gCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCt > 1:2801840/1‑150 (MQ=255)
tgtgATACCAAGGTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCttt < 2:2236453/150‑1 (MQ=255)
gATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTATGAg > 1:1057311/1‑150 (MQ=255)
aggtCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaaacca < 2:3744642/147‑1 (MQ=255)
aGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaaacca < 2:539571/150‑1 (MQ=255)
ttCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGcaaaccaaa < 2:1267615/150‑1 (MQ=255)
cgcgCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCAt < 1:1796638/150‑1 (MQ=255)
gcgcTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGGGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATg < 2:2640500/150‑1 (MQ=255)
cgcTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGc < 2:831339/150‑1 (MQ=255)
cGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTTTATCATCATGTGTGGTTGGTGTCGAATAGGTAAATGCCGCCAGCGAATCCTTTTGCTAAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCAt < 1:3144782/150‑1 (MQ=255)
cGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCAt < 1:3145200/150‑1 (MQ=255)
cGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCAt < 2:2873260/150‑1 (MQ=255)
tGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCg > 1:1334111/1‑150 (MQ=255)
ggCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAAt < 1:1460889/150‑1 (MQ=255)
ggCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAAt < 2:2392886/150‑1 (MQ=255)
gCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATa < 2:1359034/150‑1 (MQ=255)
ccAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGt < 2:3593635/150‑1 (MQ=255)
cAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGtt < 1:3953522/150‑1 (MQ=255)
ggTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTc < 2:2419122/150‑1 (MQ=255)
tAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGt > 1:3923500/1‑150 (MQ=255)
cAGGTATATCATCACGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTtat < 2:2003289/150‑1 (MQ=255)
cAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTtat > 2:4082623/1‑150 (MQ=255)
cAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTtat < 2:4034572/150‑1 (MQ=255)
cAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTtat > 1:3459369/1‑150 (MQ=255)
aGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTtata > 2:3075036/1‑150 (MQ=255)
ggTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAg > 2:626858/1‑150 (MQ=255)
ggTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAg > 2:1078251/1‑150 (MQ=255)
ttataTCATCATGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGc < 1:1120271/149‑1 (MQ=255)
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gTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGc > 1:3986545/1‑150 (MQ=255)
tataTCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCa > 2:2484734/1‑150 (MQ=255)
tcatcaAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAAcc < 1:1826591/150‑1 (MQ=255)
catcaAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCa > 2:1509967/1‑150 (MQ=255)
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atcaAGTGTGGTTGGTGTCGCATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCAc > 2:3723538/1‑150 (MQ=255)
aaGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGc < 2:2740465/150‑1 (MQ=255)
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gCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGTTa > 1:23535/1‑150 (MQ=255)
cATAGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGTTAt > 1:261809/1‑150 (MQ=255)
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GCCGGGCGGGAATAATAAGATTGCGTGAATGCGTCTCTTCATGGGTGATTTTTTGCATCATGCGATCCGCAAGTGTGATACCAAGTTCCCGCGCTGGCGTGCTGGCCCAGGTAACAGGTATATCATCAAGTGTGGTTGGTGTCGCATCGGTAAATGCCGCCAGCGAAACCTGTTGCTCAAAGTAACGATCGACTCCGCTTTCCCCGCTTTGCCGCCCTGCTTTGAGCAAACCAAACCATGCCCCCATCGCAATAGTTTCGTTATAGCAAACCACGGCACTGATGGTCGGGTTAT > CP009273/1692426‑1692719
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
