Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F204 I0 R1
|
1155 |
255.8 |
8356456 |
95.7% |
7997128 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,798,234 |
G→T |
47.5% |
pseudogene (460/1476 nt) |
arpB → |
pseudogene, ankyrin repeats |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,798,234 | 0 | G | T | 47.5%
| 126.3
/ 293.5
| 208 | pseudogene (460/1476 nt) | arpB | pseudogene, ankyrin repeats |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/60); new base T (46/53); total (95/113) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.89e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
TGGCAAACAATGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTATTTT > CP009273/1798085‑1798382
|
aCAATGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACAccc > 2:2949221/1‑150 (MQ=255)
cAATGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCca > 1:1179699/1‑150 (MQ=255)
aaTGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCcac < 1:1128145/150‑1 (MQ=255)
aaTGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCcac < 2:4055466/150‑1 (MQ=255)
aTGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCcaca < 2:2996614/150‑1 (MQ=255)
aTGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCcaca < 2:2721864/150‑1 (MQ=255)
gtcagtcaTATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAgg > 1:1720768/1‑150 (MQ=255)
gtcagtcaTATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAgg < 1:3167518/150‑1 (MQ=255)
agtcaTATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACa < 2:1653222/150‑1 (MQ=255)
tcaTATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGc < 1:176703/150‑1 (MQ=255)
tatGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACg < 2:4163901/150‑1 (MQ=255)
atGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACgg > 2:117283/1‑150 (MQ=255)
atGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACgg < 1:1895023/150‑1 (MQ=255)
tGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACggg < 2:1740254/150‑1 (MQ=255)
ccGCGATTTTATATATAGACTATCATACTTTGTAAGTTAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGTCAATTTAATTATGTTGTGTCCGTTTTCGACACGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGct < 1:472682/150‑1 (MQ=255)
ccGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGct > 2:3456957/1‑150 (MQ=255)
ccGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGct > 1:1054479/1‑150 (MQ=255)
gcgATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGcttt < 1:2478602/150‑1 (MQ=255)
cgATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGctttc < 2:2662257/150‑1 (MQ=255)
ttttATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGctttcttt < 2:675050/150‑1 (MQ=255)
atatataGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCt < 1:3085529/150‑1 (MQ=255)
atatagaGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCt < 1:813567/150‑1 (MQ=255)
tatataGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCtt < 1:229094/150‑1 (MQ=255)
atataGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTg < 2:1892949/150‑1 (MQ=255)
tataGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGa > 1:1561036/1‑150 (MQ=255)
aGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATaa > 1:395625/1‑150 (MQ=255)
gACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAg < 1:41058/150‑1 (MQ=255)
cAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGtt > 1:2682117/1‑150 (MQ=255)
aTCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTtca < 1:2237773/150‑1 (MQ=255)
taattcTTTGTCAGTATGTCTTCGTATAAAGGAGTCAGTGTTTGGACAATTAAATTATGTTGTGTCAGTTTACTACCCGATCGATACCAAAGTTGACTTCTGAGACACACACAGGACAGCACGTGGCTTTCTTTCGCTTGTTATGTtcat < 2:1759230/145‑1 (MQ=255)
tGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAg > 2:1366165/1‑150 (MQ=255)
tCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGt > 1:1267301/1‑150 (MQ=255)
cAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTc > 1:1075441/1‑150 (MQ=255)
gTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTccc < 1:981315/150‑1 (MQ=255)
gTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTccc > 1:982034/1‑150 (MQ=255)
gTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTccc < 1:3419275/150‑1 (MQ=255)
gTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTccc > 1:1418733/1‑150 (MQ=255)
gTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTccc < 1:647272/150‑1 (MQ=255)
gTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTccc < 1:1132472/150‑1 (MQ=255)
tAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCg < 1:690738/150‑1 (MQ=255)
aGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGAt < 2:4134802/150‑1 (MQ=255)
ggCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATg > 2:2606441/1‑150 (MQ=255)
cTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCt < 1:2183878/150‑1 (MQ=255)
cGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAg > 1:3289536/1‑150 (MQ=255)
aaTAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGAc < 2:3369841/150‑1 (MQ=255)
aaTAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGAc > 2:1050204/1‑150 (MQ=255)
tAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCt < 1:3950459/150‑1 (MQ=255)
tAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCt < 2:429040/150‑1 (MQ=255)
aaGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTgg < 2:1408558/150‑1 (MQ=255)
cagtcagtGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTAGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCt > 2:3648508/1‑150 (MQ=255)
agtcagtGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTg > 1:2066235/1‑150 (MQ=255)
tcagtGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTgat < 2:302755/150‑1 (MQ=255)
cagtGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTgata > 2:2231316/1‑150 (MQ=255)
agtGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTgatag < 1:552170/150‑1 (MQ=255)
gtATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTgatagata > 1:432291/1‑150 (MQ=255)
aTGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATg < 2:1993293/150‑1 (MQ=255)
tGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGt < 2:441714/150‑1 (MQ=255)
ggACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGtt > 2:2278780/1‑150 (MQ=255)
gACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTc > 1:3142899/1‑150 (MQ=255)
gACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTc > 1:2555959/1‑150 (MQ=255)
aCAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCg < 1:1632662/150‑1 (MQ=255)
ttaaattaTGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAAc < 1:3599123/150‑1 (MQ=255)
ttaaattaTGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAAc > 1:1890353/1‑150 (MQ=255)
taaattaTGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACt < 1:2930165/150‑1 (MQ=255)
taaattaTGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACt < 2:3940452/150‑1 (MQ=255)
aaattaTGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACtg < 2:3972846/150‑1 (MQ=255)
aattaTGTTGTGTCAGTTTACGACCAGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGTCCTGGGCTGTTAGATATGTTCGCAACtgt < 2:238017/150‑1 (MQ=255)
aTGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCaa < 1:155802/150‑1 (MQ=255)
gttgtGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCTTCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAAtt < 1:3847984/150‑1 (MQ=255)
gttgtGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAAtt > 1:137967/1‑150 (MQ=255)
gttgtGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAAtt > 2:485905/1‑150 (MQ=255)
ttgtGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTg < 1:701695/150‑1 (MQ=255)
gtgtCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAACACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCt < 1:3188387/150‑1 (MQ=255)
tgtCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTa > 2:2524918/1‑150 (MQ=255)
tCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTAtt < 2:1792696/150‑1 (MQ=255)
tCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTAtt < 2:3891151/150‑1 (MQ=255)
cGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCt < 1:2870188/150‑1 (MQ=255)
tttACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGc > 2:3155430/1‑150 (MQ=255)
gACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTa > 2:2780203/1‑150 (MQ=255)
gACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTa > 1:4013593/1‑150 (MQ=255)
aCCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTAt > 1:2201766/1‑150 (MQ=255)
aCCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTAt > 1:568589/1‑150 (MQ=255)
aCCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTAt > 1:3266797/1‑150 (MQ=255)
cccGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTAtt < 1:3671992/150‑1 (MQ=255)
cccGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTAtt < 1:3672125/150‑1 (MQ=255)
agAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCATGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATAAGTTCGCAACTGTTCAATTGATATTCTGACCCTATTAc > 2:2070406/2‑150 (MQ=255)
gAACGATACCAACGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTAcc > 2:169342/1‑150 (MQ=255)
aCGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACNGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCtg < 1:3856051/150‑1 (MQ=255)
tACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTggg > 2:738193/1‑150 (MQ=255)
aCCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGa < 2:4018168/150‑1 (MQ=255)
aCCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGa < 1:2767687/150‑1 (MQ=255)
aaCGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGtt > 2:1860533/1‑150 (MQ=255)
aCGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTc < 2:3707842/150‑1 (MQ=255)
cGTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTcc < 2:1067514/150‑1 (MQ=255)
gTTGCCGTCAGATACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCa < 1:3835770/150‑1 (MQ=255)
agagACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTAtt > 1:2100082/1‑150 (MQ=255)
gagaCACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTAttt > 2:2130508/1‑150 (MQ=255)
agaCACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTAtttt < 1:2017547/150‑1 (MQ=255)
agaCACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTAtttt < 2:790035/150‑1 (MQ=255)
agaCACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTAtttt < 2:790379/150‑1 (MQ=255)
|
TGGCAAACAATGTCAGTCATATGTCCGCGATTTTATATATAGACAATCATACTTTGTCAGTAAGGCTACGAATAAAGCAGTCAGTGTATGGACAATTAAATTATGTTGTGTCCGTTTACGACCCGAACGATACCAACGTTGCCGTCAGAGACACCCACAGGACAGCACGGGGCTTTCTTTCGCTTGATAAGTTCATCAGTTCAGGTCCCGATGCTCAGACCTGGGCTGATAGATATGTTCGCAACTGTGCAATTGCTATTCTGCCCCTATTACCTGTGGGAGTTCCAGGGGCTATTTT > CP009273/1798085‑1798382
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
