| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | = 1201875 | 94 (1.040) | 3 (0.030) | 3/250 | NT | 3.3% | coding (210/309 nt) | ymfJ | e14 prophage; uncharacterized protein |
| ? | NC_000913 | = 1201898 | 85 (0.980) | coding (187/309 nt) | ymfJ | e14 prophage; uncharacterized protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
TTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCT > NC_000913/1201728‑1202023 | tttGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCt > 8:285546/1‑149 (MQ=255) tCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTtctc < 1:351204/149‑1 (MQ=255) tGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTtctctc > 4:73717/1‑149 (MQ=255) tGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTATGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTtctctc > 1:111303/1‑149 (MQ=255) tAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTAGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCa > 7:403460/1‑149 (MQ=255) aTTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTg > 1:222881/1‑149 (MQ=255) tGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCa < 3:378645/148‑1 (MQ=255) tGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCa < 7:299045/148‑1 (MQ=255) cAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATgg > 3:149008/1‑147 (MQ=255) cAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATgg > 4:205553/1‑147 (MQ=255) aaaGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCa < 4:317520/143‑1 (MQ=255) aaGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCaga < 7:182656/149‑1 (MQ=255) aaGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCa > 2:392905/1‑147 (MQ=255) aaGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCa > 1:282372/1‑147 (MQ=255) aaGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCa > 1:134840/1‑147 (MQ=255) cgcAGGCTTACCTCCGTCTGCGGCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTACATTACGATCTTACGCCTACGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTCACCATTGTGTCGTGATAACCACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGg > 4:274068‑M2/1‑148 (MQ=255) cATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGggt > 1:29620‑M2/1‑146 (MQ=255) cATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGggt > 3:205553‑M2/1‑146 (MQ=255) 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ccGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTa < 2:169784/148‑1 (MQ=255) cTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGaa < 7:285546/149‑1 (MQ=255) ttCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGaaa > 3:21249/1‑149 (MQ=255) ttCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGaaa > 3:32147/1‑149 (MQ=255) tCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCcctctgccatgcaatggagagaaggtgagcc < 3:7718‑M1/134‑32 (MQ=255) tCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCcctctgccatgcaatggagagaaggtgagcc > 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aTTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCAt < 1:408098/68‑1 (MQ=255) tGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTg > 5:357689/1‑148 (MQ=255) aTAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCAt > 6:390264/1‑149 (MQ=255) aaaCACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCGTTAATGCCTGTGTTGCTAGCAAAATGCGGGCCTCAGTGGCTGCAttt > 4:205944/1‑149 (MQ=255) aaCACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCAttt < 4:32147/148‑1 (MQ=255) acacGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGGAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTgg < 2:282372/149‑1 (MQ=255) acacGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTgg < 1:392905/149‑1 (MQ=255) cacGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGggtgagccgtgtttatcacgccacaatggttaaggctttaagaatcgagcttgatgggcttaggcgtaagatcgtaatgaacgaaatcgttaccaactaaggaagcagacggaag < 7:56829‑M2/149‑116 (MQ=255) acGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGc > 5:302329/1‑148 (MQ=255) ggCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGggtgagccgtgtttatcacgacacaatggttaaggctttaagaatcgagcttgatgggcttaggcgtaagatcgtaatgaacgaaatcgttaccaactaagga < 3:7718‑M2/134‑104 (MQ=255) ggCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGggtgagccgtgtttatcacgacacaatggttaaggctttaagaatcgagcttgatgggcttaggcgtaagatcgtaatgaacgaaatcgttaccaactaagga > 4:7718‑M2/1‑31 (MQ=255) cTCACAcctctgcattgctattgagagtagttgagccttttttatcacgacacaatgtttaaggctttaataatctagcttgatgggcttaggcgtaagatcgtaatgaacgaaatcgttaccatctaaggaagcagaaggaagtaagc < 5:225914‑M1/149‑144 (MQ=255) tCACCcctctgccatgcaatggagagaaggtgagccgtgtttatcacgacacaatggttaaggctttaagaatcgagcttgatgggcttaggcgtaagatcgtaatgaacgaaatcgttaccaactaaggaagcagacggaagtaagca > 2:138479‑M1/1‑5 (MQ=255) tCACCcctctgccatgcaatggagagaaggtgagccgtgtttatcacgacacaatggttaaggctttaagaatcgagcttgatgggcttaggcgtaagatcgtaatgaacgaaatcgttaccaactaaggaagcagacggaagtaagca > 2:363650‑M1/1‑5 (MQ=255) aCCcctctgccatgcaatggagagaaggtgagccgtgtttatcacgacacaatggttaaggctttaagaatcgagcttgatgggcttaggcgtaagatcgtaatgaacgaaatcgttaccaactaaggaagcagacggaagtaagcatg > 5:224504‑M1/1‑3 (MQ=255) aCCcctctgccatgcaatggagagaaggtgagccgtgtttatcacgacacaatggttaaggctttaagaatcgagcttgatgggcttaggcgtaagatcgtaatgaacgaaatcgttaccaactaaggaagcagacggaagtaagcatg > 3:205553‑M1/1‑3 (MQ=255) aCCcctctgccatgcaatggagagaaggtgagccgtgtttatcacgacacaatggttaaggctttaagaatcgagcttgatgggcttaggcgtaagatcgtaatgaacgaaatcgttaccaactaaggaagcagacggaagtaagcatg > 1:29620‑M1/1‑3 (MQ=255) aCCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATctg > 3:79363/1‑149 (MQ=255) ccTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAg < 6:273090/126‑1 (MQ=255) ccTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAg > 5:273090/1‑126 (MQ=255) ccctctgccatgcaatggagagaaggtgagccgtggttatcacgacacaatggtgaaggctttaagaatcgagcttgatgggcgtaggcgtaagatcgtaatgtacgaaatcgttaccaactaaggccgcagacggaggtaagcctgcg > 4:274068‑M1/1‑1 (MQ=255) cTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATctgct > 3:142142/1‑149 (MQ=255) cTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATctgct < 3:205944/149‑1 (MQ=255) | TTTGTCTGTAAATTTGAACAAAGCGCATGCTTACTTCCGTCTGCTTCCTTAGTTGGTAACGATTTCGTTCATTACGATCTTACGCCTAAGCCCATCAAGCTCGATTCTTAAAGCCTTAACCATTGTGTCGTGATAAACACGGCTCACCTTCTCTCCATTGCATGGCAGAGGGGTGAGTGTGTTAGCCATGAAATTCATGAACTCGGTTCGACCAGGGGCTTGCGCCCCGCAAGTCTTTAATGCCTGTTTTGCTAACAAAATGCGGGCCTCAGTGCCTGCATTTGGCTCTATCTGCT > NC_000913/1201728‑1202023 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |