| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451_phaM1 | 5,199,657 | 0 | C | T | 30.1% | 88.3 / 12.9 | 110 | intergenic (+32/+41) | PP_4579 CDS (Transcriptional regulator_ LysR family)/PP_4580 CDS (conserved protein of unknown function) | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/33); new base T (12/19); total (52/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
TGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAGCA > AE015451_phaM1/5199521‑5199789 | tggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTcgc < 1:12055448/137‑1 (MQ=255)tggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTcgc < 2:10704911/137‑1 (MQ=255) ggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGGGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTcgcg < 2:15025811/137‑1 (MQ=255) ggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGGTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTcgcg < 2:11903583/137‑1 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTTTCgggt > 2:8772463/1‑136 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTTTCgggg > 1:11684452/1‑136 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGTgggg > 1:14990546/1‑136 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTCTCAGGc > 2:4814994/1‑137 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTCCCgggg > 1:14990545/1‑136 (MQ=255) gACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGTGGTATGTGGGGGGTGTGGGTGGGCAGTGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGTgggtg > 2:10620754/1‑135 (MQ=255) gACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTTGCGGGCa > 2:12407628/1‑137 (MQ=255) gACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCTAGGGCa > 2:294367/1‑137 (MQ=255) gACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGACCTTTTGCggggg > 1:7393052/1‑135 (MQ=255) aCCGGGGTGGCGTTGGTCGATGATGTGGTTGGGGTTTGCCGGTAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGTCTGTAGCGGCCCCTTCGTGGGCAt < 2:13943834/137‑1 (MQ=255) ccGGGGTGGCGTTGGTCGATGGGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTTGGACCAACA‑GTCTCCGTTTGGGGTGGCCCTTTCGTGGGCATg < 2:500192/137‑1 (MQ=255) gggTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTTTCGGGTACGccc > 2:7847258/1‑137 (MQ=255) gggTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTTTCGGGAACGccc > 2:6196906/1‑137 (MQ=255) ggTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTCCCTGGGACGcccc > 1:1718138/1‑136 (MQ=255) ggCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTCTCCGGCACGcccccca > 1:555716/1‑133 (MQ=255) gCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTCTTGGGGACGCCCCCGaa > 2:67163/1‑137 (MQ=255) tGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTCCCTGGGATGGCCATGAAAggg > 1:6481872/1‑137 (MQ=255) gTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTTGCGGGAACGCCCCCGAAAaggac > 2:8685267/1‑135 (MQ=255) tggtGAGGTGTTTGGGTTTTGCTGACAGTTGTTGGCGTGGTGTGCGCGGGATGTGGGTGGACAGCGGATCGTGCTGGTTTGACAAACA‑TTCTCCGCTTGGGGCGGCCTTTTCGTGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCgg < 2:14551779/134‑1 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGGCCTTTTTTGGGGATGCCCTCAAAAaggaaagg > 1:3085059/1‑132 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTTTTGGGTACGCCCCCGAAAaggacagt > 2:4057591/1‑132 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCTCGGGGACGCCCACGAAAggggcagg > 2:5738909/1‑132 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCTCAGGGCCGCCCACCAAAAGGCCggt > 2:4914827/1‑137 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGTAGGGATGCCCGCGAAAAGGGCggt > 2:15405733/1‑137 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCgg > 1:11762412/1‑115 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCgg < 2:11762412/115‑1 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCTGGGACTCCCGCGAAAGGGGCggt > 2:4166825/1‑137 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGAATGCCCATGGAAGGGCCagt > 2:7749493/1‑137 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCCTTTCCCGGTATGCCCCCAAAAAGGACggt > 2:2505173/1‑137 (MQ=255) tggggtggtTTGGGTTTATCGGAGGGTGTTGGAGTGGGATGCGCGGAAGGTGGGTGGGCGGTAGATCTTGCTGTTCTGA‑CAACAGGTTTCCGCCTGGGGGGGCCTTTTTGAGGGTAGGCCCGCGAAAGGGCCggtac < 2:3433860/134‑1 (MQ=255) 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ccAACA‑GCCCCCGCTTGTAGTGGCCCTTTCTCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCa < 2:5536728/137‑1 (MQ=39) aaCA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGTCCTTTCTCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAAc > 2:1565810/1‑137 (MQ=255) tctcCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGAATGGCCACGAAAGGGACGGTACAGGGACAACAAAACCTAACAACAAAACT‑CTTTCCCCACCCCGTGCCTCCCAACCAGAATCCACCAGACAATCCCCAGCAAAAgggt > 2:2331798/1‑135 (MQ=255) tctgcttgtgGCGTCCTTTTCGTGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 1:14827809/131‑1 (MQ=255) tcctcttGTAGCTTCCCTTTTGCGGGCGTACCCGAGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 1:14827808/131‑1 (MQ=255) tcCGCTTGTAGCGGCCTTTTCGTGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 2:8223959/137‑1 (MQ=255) tcCGCCTGTAACGGCCCTTTCTCGGGCATACCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 2:10661479/137‑1 (MQ=255) ccctcttGTAGCGCCCCTTTCGTGGGCGTACCCAAGAAAGGTCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 1:14827767/131‑1 (MQ=255) cccGCCTGTAGCGTCCCTTTCGTGTGCATACCCTCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 2:5291987/136‑1 (MQ=255) gCCTGTAGCAGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAAGCTTTCGa > 1:9064953/1‑137 (MQ=255) ttgtgGCGTCCTTTTCGCGGAAATACCCAGAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 1:926285/136‑1 (MQ=255) ttggggcgcCCTTTTCTCGGTCATTCCCGCAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 1:16702391/132‑1 (MQ=255) ttggggCGGCTTTTTCGGGGGCGTCCCCGAGAAGGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 1:14076673/132‑1 (MQ=255) ttggaGCGCCCCTTTCGCGGGCACACCCGAAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 1:16772544/133‑1 (MQ=255) ctttAGCGGCCCTTTTGCGGTCATGCCCGCGAAGGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 2:4073313/134‑1 (MQ=255) cTGTAGTGTCCCTTTCTCGGGCATTCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 1:16702427/137‑1 (MQ=255) cTGTAGCGTCCCTTTCGCGGGCATGCCCACGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 2:7721818/137‑1 (MQ=255) cTGTAGCGTCCCTTTCGCGGGCATCCCCTCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 1:12454185/137‑1 (MQ=255) ttgtctcTTTCGTGGGCGTGCCAGGGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAACCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACaaa < 2:389323/131‑1 (MQ=255) ttgtcccTTTCGCGGGCATCCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACaaa < 1:16613841/133‑1 (MQ=255) gcgcCCCTTTCGCGGGAATGCCCGAAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑NTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACaaa < 1:14545870/137‑1 (MQ=255) gCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACaaa < 2:16631525/137‑1 (MQ=255) ccgccccTTCCGTGGCCATCCCCCCAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGNAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACaaa < 1:13626046/133‑1 (MQ=255) ttttCGCGGACACCCCCAAAAAAGGCCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAg < 1:10760862/136‑1 (MQ=255) ttCGCGGCCATTCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAGca < 2:13889347/137‑1 (MQ=255) | TGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACA‑GTCTCCGCCTGTAGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCT‑CTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAGCA > AE015451_phaM1/5199521‑5199789 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |