| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451_phaM1 | 5,199,655 | 0 | C | T | 29.2% | 84.6 / 28.0 | 110 | intergenic (+30/+43) | PP_4579 CDS (Transcriptional regulator_ LysR family)/PP_4580 CDS (conserved protein of unknown function) | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/55); new base T (21/10); total (41/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.43e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
TGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAGC > AE015451_phaM1/5199521‑5199788 | tggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGTGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCCTTcac > 2:12337635/1‑135 (MQ=255) ggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTcttt > 1:8390013/1‑134 (MQ=255) ggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTcgcg < 1:1127343/137‑1 (MQ=255) ggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTcgcg < 1:7407377/137‑1 (MQ=255) ggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTcgcg < 2:1384142/137‑1 (MQ=255) ggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTcgcg < 2:3634835/137‑1 (MQ=255) ggcAGACCGGGGTGGCGTTGGGCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTcgcg < 2:2100955/137‑1 (MQ=255) gcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTCGCgg < 2:1611112/137‑1 (MQ=255) gcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTCGCgg < 2:5777486/137‑1 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGTTCGATGAGGTGGTTGGGGTTGGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTCGCGGGc < 1:17177489/137‑1 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑GCCTTTcttgggg > 1:3733985/1‑131 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑GCCTTTcttggga > 2:5868516/1‑131 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTCTCgggg > 2:8154983/1‑136 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTCGCGGGc < 2:3242572/137‑1 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTCGCGGGc < 2:10271180/137‑1 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCCTTCCCgggg > 2:3090859/1‑136 (MQ=255) aGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGGTTGCCGGCGGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTCGCGGGc < 1:17177488/137‑1 (MQ=255) gACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGCGGG‑CCCTTTctggggg > 1:8025449/1‑131 (MQ=255) gACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTTGCGGGCa > 2:9014778/1‑137 (MQ=255) gACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTCGCgggaa > 2:16755862/1‑135 (MQ=255) aCCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTCGAGGGCAt > 2:1520/1‑137 (MQ=255) ccGGGGTGGCGTTGGTAGAGGAGGGGGTTGGGGTGTGCCGGCAGGTGTTGGAGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGGGCTGGTCTGACAAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTCGCGGGCATg < 2:5192937/137‑1 (MQ=255) cGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑GCCCTTTGTGGGAATGGCCACGaaa > 1:16008643/1‑137 (MQ=255) tGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGTCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑ACCTTTTGTGGGAATGTCCTCGAAAggg > 2:7129448/1‑137 (MQ=255) tGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTTGCGGGCCTTTCCGCGAAAggg > 2:17370819/1‑137 (MQ=255) tGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCCTTCGGAGGGATGGCCGCGAAAggg > 2:3538040/1‑137 (MQ=255) tGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCAGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCATGTAGC‑GG‑ACCTTTCGTAGGCATGCCCACAAAAagg > 2:11985796/1‑137 (MQ=255) gTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTTTCGGGCATGCCCACAAAAaggac > 1:12156354/1‑135 (MQ=255) cGATGAGGTGGTTGGGGTTTTCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGTGGGGTGTGGGTGGGAAGCGGGTTGGTCTGGTTTGACAAAAGTTTTCCGCTTGTAGT‑GG‑CCTTTTCGTGGACGTACCCGAGAAGGGGCCgg < 2:13453105/137‑1 (MQ=255) cGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTCTCGGGCCTTCCCACAAAAAGGGCgg > 1:13533522/1‑137 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GGACCCCTTTTTGGG‑ATGCCCACGAAAgggggggg > 1:14729207/1‑132 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTTTCGGGGATGCCCACGAAAAGGCCggt > 2:14950574/1‑137 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTCGTGGGGATGTCCGCAAAAgggatggg > 2:678598/1‑132 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCCTTTTCCGGCATTCCCCCCAAAagggcagg > 2:2339097/1‑132 (MQ=255) gATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAACGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCCTTCCCGTGCACGCCCACGAAAAGGccagg > 1:13968430/1‑134 (MQ=255) tggggtgttTGGGGTTTGCTTGCGGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGCTGGGGGTGGTCAGGGAGTCGGGCTGTTCGGCCCAAAAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTCGCGGGCATTCCCGCGAAAGGGCCggtac < 2:3638937/134‑1 (MQ=255) ggggggggtTGGGTTTTGCTGGGAGGTTTGGGTGTGGGATGCGCGGGGTGTGGGTGGGCGGGGGATTGTGTGGGTCTGACAAAAGTTCTCCGCTTGGAGC‑GC‑CCTTTTCGTGGGCGTTCCCGCGAAAGGGCCggtac < 2:7558157/131‑1 (MQ=255) agttggtggGGGTTTATTGGGGGGTGTTGGCGCGGGGGACGTGGGATGTGGGTGGGCAGCGGGTTTTGCTGGCCGGACCAACGTTCTCCGCCTGGAGC‑GG‑CCCTTTCGTGGGCATGCCCGAAAAAGGGCCggtacag < 2:6334761/134‑1 (MQ=255) aGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑ACCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGACagtacaa > 2:11073742/1‑136 (MQ=255) tgtGGGGTTGGCGGGAGGGTTTTGGCGAGGGGTGCGGGGGATGTGGGTGTGCAAGGGATCGTGTGGGTCGAACAAACGTTCCCCGCCTGCAGT‑GG‑CCTTTTGGCGGGCATACCAGGGAAAGGGCCggtacaggtaca < 2:2889968/135‑1 (MQ=255) gtTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCCTTTTCTGGCACTCCCCCGAAAAGGACagtgcaggtaca > 2:14774455/1‑137 (MQ=255) ttGGGGTTTGCCGGCAGTTGTTGTTGTGTTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCGGCGGGTCGTGCTGTTCTGACCAACATTCTCCGCTTGCAGC‑GT‑CCCTTTTGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCGgtacaggtacag < 2:16113394/137‑1 (MQ=255) tgggggTTTGCTGCTAGGGTTGGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGTGGAGCGTGTTGTTTTGACCAACATTCTCTGCCTTTAGC‑GG‑CCTTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGgtacaggtacag < 2:10829613/135‑1 (MQ=25) tGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTTACGGGCACTCCCACGAAAAGGCCAGTACAAGTACCACAGAACtt > 2:7219350/1‑137 (MQ=255) gCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑ACCTTTTGCGGGGCTTTCCGCGAAAAGGCCAGTACAAATACAGCAAAAcctc > 2:3968328/1‑134 (MQ=255) ccGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGAATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCGGGCCTAACCAACAGCCTCCGCCTGGAGC‑GA‑CCCTTTCGCGGGCATTCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAg < 2:2003253/137‑1 (MQ=255) cGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCCTTCTCAGGGACGCCCACGAAAAGGGCAGTACAAGGAAAGAAGAAcctcac > 2:557835/1‑132 (MQ=255) ggCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTTCCGGGGACGCCCGCGGAAAGGACGGTACAAGTACAAAAAAACttcacg > 2:37943/1‑133 (MQ=255) gcggttgttgtCGCGGGATGTGTGGGATGTGGGTGGGCAGAGGATCGTTCTGGTTGGACCAACAGTCTCCGCCTGGAGC‑GG‑CCTTTTCGGGGGCAGGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAgcgc < 2:2951204/132‑1 (MQ=37) gCAGGTTTTGGCCCGGGAGGCGTGGGGTGGGGGTGGGCGGCGGATTGTGTTGGTCTGACCAACGGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTCTCGGGCAGGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAgcgc < 2:16649553/137‑1 (MQ=255) 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tgggAAGGGGATTGTGTTGGTCGGACAAACGTTTTCCTCTTGGAGC‑GT‑CCTTTTTGTGGGCGTTCCCGCGAAGGGTCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑gcccgccc < 1:8579341/137‑1 (MQ=255) aGCGGATCGTGCTGTTCTGACAAACAGTCTCCGCTTGTAGT‑GT‑CCCTTTCGCGGGCGTGCCCGTGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGAt < 2:8173235/137‑1 (MQ=255) aGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACGGTCTCCGCTTGTAGC‑GC‑CCCTTTCTCGGGCATGCCTGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGAt < 2:3240188/137‑1 (MQ=255) aGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTTTGGGGGATTTCCCCCAAAAGGACGATACAAATACCACAAAACTTCACGCCCACTCTCCTTCCCCCCCCCACACC‑CCCCCCCCacaaa > 1:7258114/1‑133 (MQ=255) aGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCCTTCGCAGGGATGCCCGCAAAAAGGGCGGGGCAAGGAAAGAAGGAAGTCGAGCCAGACCTCTTTCCACAACACGCGCC‑GCCCGACCaaggg > 2:17025240/1‑133 (MQ=255) cGGATCGTGTTGGCCTGACCAACAGTCTCCGCCTTTAGC‑GT‑CCCTTTCTCGGGCATACCCGCGAAGGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATca < 2:11277498/137‑1 (MQ=255) cGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑GCCTTTCGCGGGCATTCCCGCGAAAAGGAAAGTACAAGTGCCACAAAACCTCGCTTCCGATTTCTTTCCCCACCCCTCGCCGGCCCCCCCAgggca > 2:3765032/1‑134 (MQ=255) gttgttcTGTTCTGACAAACATCCTCCGCTGGTGGT‑GC‑CCTTTTCGGGGGCATCCCTGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATcagcc < 2:4939646/131‑1 (MQ=255) attgTGCTGTTCTGACCAACGGTCTCCTCTGGTGGC‑GT‑CCTTTTTGCGGGCATTCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATcagcc < 1:17339343/134‑1 (MQ=255) cttGCTGGTCTGACCAACATTCTCCGCCTGTGGC‑GG‑CCCTTCCGCGGGCATTCCCGCGAAAGGTCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGTTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATcagccag < 2:16237063/135‑1 (MQ=255) gTGCGGTTCTAACCAACATTCTCTTCCTGTGGT‑GG‑CCCTTTCGCGGACATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATcagccagc < 2:16301206/137‑1 (MQ=38) aCCAACATTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTCGCGGGCATGCCCACGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGc < 2:4832772/137‑1 (MQ=255) ccagcggTCTCAGCTGGTAGT‑GG‑CCCTTTCGGGGGCGGACCCCCAAAAGGTCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCa < 2:11248308/131‑1 (MQ=255) ccaccaGCCTCCACATGTAGC‑GT‑CCCTTTAGCGGGCATTCCCGCGAAGGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCa < 2:3927727/137‑1 (MQ=255) ccAACGTTCTCCTCTTGGAGC‑GT‑CCTTTTTGGGGGCGTTCCCGCAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCa < 1:11258457/137‑1 (MQ=255) ccAACGTTCTCCGCCTGTAGT‑GC‑CCCTTTGGCGGGCATCCCCACGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCa < 1:11258427/137‑1 (MQ=255) ccAACATTCTCCTCTTGGAGT‑GT‑CCCTTTCGGGGACGTGCCAGAGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCa < 2:11530936/137‑1 (MQ=255) ccAACATTCTCCTCCTGTAGT‑GC‑CCCTTTCGCGGGCATGCCAGAAAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCAACCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCa < 2:4479463/137‑1 (MQ=255) aaCAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTTGCGGGTACGTCCCAAAAAAGGGCGGTACCGGGACAGAAAAAATTCGGAGCAAATCTCTTTTCCCCCCCCGTGGC‑ACCCGCCCAGGAGCCGCCCGACAAGcccccaaaaa > 2:17631707/1‑131 (MQ=255) aaCAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑ACCCTTCGAGGGGAGGGCCACGAAAAGGGCAGTAAAAGGACAGGAGAACCTCGTTCCAGATCTCTTTCCCCAACCTGTGCC‑ATCCGAACCAGATCAGCCAGGCAACcccccacaaa > 2:4190532/1‑131 (MQ=255) ttctcCTCTTGGAGT‑GC‑CCTTTTTGCGGGCATCCCAGAGAGAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGc < 1:2906754/136‑1 (MQ=255) tctcCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGACGAGGCCGGTACAGGTCCAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCACGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCt > 2:17636850/1‑137 (MQ=255) tcCGCCTGTAGT‑GG‑CCCTTTCGTGGGCATTCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 2:4261544/137‑1 (MQ=255) tcCGCCTGGAGC‑GG‑CCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 2:2790443/137‑1 (MQ=255) ttGTAGT‑GT‑CCTTTTCGCGGTCGGCCCCACGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 2:5455954/136‑1 (MQ=255) ttGTAGC‑GC‑CCCTTTCTCGGGCATACCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 2:11625379/136‑1 (MQ=255) ttGTAGC‑GC‑CCCTTCCGCGGGCATTCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 2:9204303/136‑1 (MQ=255) cggTATC‑GG‑CCCTTCCGGGGGCATTCCCGTGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 2:10120390/135‑1 (MQ=255) cTGTAGT‑GC‑CCTTTTCGTGGACGTCCCCCAGAAAGGTCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 1:6335334/137‑1 (MQ=255) cTGTAGC‑GG‑CCCTTTCGCGGGCATACCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 2:15621682/137‑1 (MQ=255) gC‑GG‑CCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACGGGCTTTCGACCACaaa < 2:6876422/137‑1 (MQ=255) cgtcttttttGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAg < 2:13391907/131‑1 (MQ=255) tttCGCGGACATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAGc < 2:13674430/137‑1 (MQ=255) | TGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTGTTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCTGACCAACAGTCTCCGCCTGTAGC‑GG‑CCCTTTCGCGGGCATGCCCGCGAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCC‑GCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAGC > AE015451_phaM1/5199521‑5199788 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |