| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | pS4413_qbsFH | 1 = | 0 (0.000) | 16271 (0.910) | 189/270 | 7.1 | 100% | intergenic (–/‑1952) | –/aadA CDS | –/– |
| ? | pS4413_qbsFH | = 5211 | 0 (0.000) | intergenic (‑521/–) | rep CDS/– | –/– | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 16271 total aligned reads displayed.
CCTGGTACCGAGCTCGAATTCGCGCGGC‑‑‑‑‑CGCGGCCTAGGGGTTTA‑GTTCCTCACCTTGTCGTATTATACTATGCCGATATACTATGCCGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < pS4413_qbsFH/115‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGACAAATCCGCCGCCCTAGACAGCTGGGCGCGCCCCTCTCAGGCGCCGCT < pS4413_qbsFH/5211‑5076 TACCGAGCTCGAATTCGCGCGGCCGCGGCGCGGCCTAGGGGTTTA‑GTTCCTCACCTTGTCGTATTATACTATGCCGATATACTATGCCGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGG < 1:6538343/137‑1 TACCGAGCTCGAATTCGCGCGGCCGCGGCGCGGCCTAGGGGTTTA‑GTTCCTCACCTTGTCGTATTATACTATGCCGATATACTATGCCGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGG < 2:16033836/137‑1 ACCGAGCTCGAATTCGCGCGGCCGCGGCGCGGCCTAGGGGTTTAGGTTCCTCACCTTGTCGTATTATACTATGCCGATATACTATGCCGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGG < 1:13082745/137‑1 GCTCGAATTCGCGCGGCCGCGGCGCGGCCTAGGGGTTTA‑GTTCCTCACCTTGTCGTATTATACTATGCCGATATACTATGCCGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGT < 1:17648432/137‑1 GGCCTAGGGGTTTA‑GTTCCTCACCTTGTCGTATTATACTATGCCGATATACTATGCCGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTAT < 2:10538780/137‑1 CCTAGGGGTTTA‑GTTCCTCACCTTGTCGTATTATACTCTGCCGCTATACTATTCCGATGATTAATTGTCGACAATTAATTACAGTCATCACATACAAAGAAAGGATCAACCGAAAGACTGGGCCCTTCGTTTTATCT > 1:3006357/1‑137 tagtGGTTTA‑GTTCCTCACCTTGTCGTATTATACTATGCCGATATACTATGCCGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGAATGGGCCTTTCGTTTTATCTGT > 1:8688804/5‑137 TAGGGGTTTA‑GTTCCTCACCTTGTCGTATTATACTATGCCGATATACTATGCCGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGT > 2:6677008/1‑137 TAGGGGTTTA‑GTTCCTCACCTTGTCGTATTATACTATGCCGATATACTATGCCGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGT > 1:2694831/1‑137 TAGGGGTTTA‑GTTCCTCACCTTGTCGTATTATACTATGCCGATATACTATGCCGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGT > 1:6873380/1‑137 TA‑GTTCCTCACCTTGTCGTATTATACTATGCCGATATACTATGCCGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTC < 1:16788011/137‑1 TTCCTCACCTTGTCGTATTATACTATGCCGATATACTATGCCGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGT > 1:746738/1‑137 TTCCTCACCTTGTCGTATTATACTATGCCGATATACTATGCCGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGT > 1:12248255/1‑137 TTCCTCACCTTGTCGTATTATACTATGCCGATATACTATGCCGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGT > 1:1822753/1‑137 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CCTTGTCGTATTATACTATGCCGATATACTATGCCGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCT < 1:15315276/137‑1 TTGTCGTATTATACTATGCCGATATACTATGCCGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCT < 2:9263910/137‑1 TCGTATTATACTATGCCGATATACTATGCCGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCT < 1:14072708/137‑1 TCGTATTATACTATGCCGATATACTATGCCGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCT < 1:11927840/137‑1 ACTATGCCGATATACTATGCCGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGAC > 1:9569733/1‑137 TGCCGATATACTATGCTGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATTAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGACAAAT < 2:4846200/137‑1 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TTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGACAAATCCGCCGCCCTAGACAGCTGGGC < 1:10002442/137‑1 TTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGACAAATCCGCCGCCCTAGACAGCTGGGC < 2:9653730/137‑1 TTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGACAAATCCGCCGCCCTAGACAGCTGGGC < 1:1252391/137‑1 TTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGACAAATCCGCCGCCCTAGACAGCTGGGC < 2:3007041/137‑1 TTAATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGACAAATCCGCCGCCCTAGACAGCTGGGC < 1:15633698/137‑1 AATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGACAACTCCGCCGCCCTAGACAGCTGGGCGC > 2:14266188/1‑137 ATTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGACAAATCCGCCGCCCTAGACAGCTGGGCGCG < 1:11228029/137‑1 TTGTCAACAATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGACAAATCCGCCGCCCTAGACAGCTGGGCGCGC > 1:4558728/1‑137 AATTAATTAAAGGCATCAAATAACACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCATTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGACAAATCCGCCGCCCTCGACAGCTGGGCGCGCCCCTCTCc > 1:15925909/1‑136 AATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGACAAATCCGCCGCCCTAGACAGCTGGGCGCGCCCCTCTCA > 2:2223756/1‑137 AATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGACAAATCCGCCGCCCTAGACAGCTGGGCGCGCCCCTCTCA > 1:3310375/1‑137 ATTAATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGACAAATCCGCCGCCCTAGACAGCTGGGCGCGCCCCTCTCAG > 1:13720095/1‑137 ATTAAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGACAAATCCGCCGCCCTAGACAGCTGGGCGCGCCCCTCTCAGGCGC < 1:1062478/137‑1 AAAGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGAATGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGACAAATCCGCCGCCCTAGACAGCTGGGCGCGCCCCTCTCAGGCGCCGC > 1:4867110/1‑137 CCTGGTACCGAGCTCGAATTCGCGCGGC‑‑‑‑‑CGCGGCCTAGGGGTTTA‑GTTCCTCACCTTGTCGTATTATACTATGCCGATATACTATGCCGATGATTAATTGTCAACAATTAATTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < pS4413_qbsFH/115‑1‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AGGCATCAAATAAAACGAAAGGCTCAGTCGAAAGACTGGGCCTTTCGTTTTATCTGTTGTTTGTCGGTGAACGCTCTCCTGAGTAGGACAAATCCGCCGCCCTAGACAGCTGGGCGCGCCCCTCTCAGGCGCCGCT < pS4413_qbsFH/5211‑5076 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |