| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AE015451_phaM1 | 5,199,657 | 0 | C | T | 26.6% | 82.0 / 29.9 | 127 | intergenic (+32/+41) | PP_4579 CDS (Transcriptional regulator_ LysR family)/PP_4580 CDS (conserved protein of unknown function) | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (38/45); new base T (11/19); total (51/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
TGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTG‑TTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCT‑GA‑CCAACAG‑TCTCCGCCTGT‑AGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGC‑GAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAGCACA > AE015451_phaM1/5199521‑5199791 | gggcAGACCGGGGGGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTG‑TTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCT‑GA‑CCAACAG‑TCTCCGCCTGT‑AGCGGCCCTTTcgc < 1:17329472/136‑1 (MQ=255) ggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTT‑TTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGTGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCT‑GA‑CCAACAG‑TCTCCGCCTGT‑AGCGGCCCTTTcgcg < 2:11169241/137‑1 (MQ=255) ggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTG‑TTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCT‑GA‑CCAACAG‑TCTCCGCCTGT‑AGCGGCCCTTTcgcg < 2:16191803/137‑1 (MQ=255) ggcAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTG‑TTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCT‑GA‑CCAACAG‑TCTCCGCCTGT‑AGCGGCCCTTTcgcg < 2:502513/137‑1 (MQ=255) 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ccAACAT‑TCTCCGCCTGT‑AGCGGCCCTTTCTCGGGCATCCCCAC‑AAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCa < 2:16662852/137‑1 (MQ=255) ccAACAT‑CCTCCTCTTGT‑AGCGTCCCTTTCGTGGGCATCCCCGC‑GAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCa < 2:16662851/137‑1 (MQ=255) ccAACAGTTCCCCTCCTGT‑AGATTCCTTTTCGGGGGCGTCCCCGA‑GAAGGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGc < 1:15155697/137‑1 (MQ=255) cAG‑TCTCCGCCTGT‑AGCGTCCTTTTTGTGGGCATGCCCGA‑GAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAg < 2:8006577/137‑1 (MQ=255) tctcCGCTTGG‑GGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGC‑GAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCt < 2:3801054/137‑1 (MQ=255) tctcCGCCTGT‑AGCGGCCCTTTCGTGGGGACGCCCGA‑GAAAGGGGCGATGAAAGTAAAGGAGAAATTCGCGACAACTCTTTTTTACCACCCTGCGCCGCCCGCCCCGGGTCCACCAGCCCAGCCCCCGCAACAgggt > 2:11871926/1‑135 (MQ=255) cctcCGCCTGT‑GGTGGCCTTTTCTGGGGCGTTCTAGG‑GAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCt < 2:7167653/136‑1 (MQ=255) tcCGCCTGG‑AGCGGCCTTTTCGTGGGCATGCCCGC‑GAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 2:634264/137‑1 (MQ=255) cccgccgGT‑AGCGTCCCTTTCGCGGCCATGCCCGC‑GAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCttt < 2:4061113/136‑1 (MQ=255) ttGT‑AGTGTCCCTTTCGCGGGCATGCCCGC‑GAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 2:1606248/136‑1 (MQ=255) cTGT‑ATCGGCCCTTTCGTGGGCGTGCCCAC‑GAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 2:25056/137‑1 (MQ=255) cTGT‑AGCGTCCCTTTCGCGGGCATTCCCGC‑GAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 2:14075069/137‑1 (MQ=255) cTGT‑AGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGC‑GAAAGGGCCGGTACATGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCACAGCAACAGGCTTTCGAcc < 2:11463213/137‑1 (MQ=255) cgggaacGGCCCTTTCGCGGCCATGCCCGC‑GAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGAcc < 2:25096/131‑1 (MQ=255) gCGGCCTTTTCGGGGGCATACCCGC‑AAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACaaa < 2:12717763/137‑1 (MQ=255) gCGGCCTTTCCGGGGCCACACCCGA‑AAAGGGTCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACaaa < 1:4055351/137‑1 (MQ=255) acGGCCCTTTCGCGGGCATTCCCGC‑GAAGGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACaaa < 1:11726807/136‑1 (MQ=255) tccttttCGCGGCCATCCCCGC‑AAAGGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGc < 1:11378116/133‑1 (MQ=255) ccTTCCGCGGGCATTCCCGC‑AAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCa < 1:9820287/137‑1 (MQ=255) cgcgGGCGTGCCCGT‑GAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAGcaca < 2:15477009/137‑1 (MQ=255) | TGGCAGACCGGGGTGGCGTTGGTCGATGAGGTGGTTGGGGTTTGCCGGCAGGTG‑TTGGCGCGGTATGCGCGGGATGTGGGTGGGCAGCGGATCGTGCTGGTCT‑GA‑CCAACAG‑TCTCCGCCTGT‑AGCGGCCCTTTCGCGGGCATGCCCGC‑GAAAGGGCCGGTACAGGTACAGCAGAACTTAGCGCCAGCTCTCTTTCACCACCCTGCGCCGCCCGCCCAGGATCAGCCAGCCAATCCCCAGCAACAGGCTTTCGACCACAAAGGCCAGCACA > AE015451_phaM1/5199521‑5199791 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |