| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 1,936,618 | G→C | 6.4% | L3545V (CTG→GTG) | EO946_RS09735 ← | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 1,936,618 | 0 | G | C | 6.4% | 976.1 / 4.0 | 371 | L3545V (CTG→GTG) | EO946_RS09735 | non‑ribosomal peptide synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (125/207); new base C (24/2); total (159/212) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.02e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 371 total aligned reads displayed.
TGAACAGGGACGCATCGACACAAGTTTCGGTTGGTCCATATACATTTGTGATGGCAGGTGCTGCTCTATCCGCGCCAAATAAGTGTATGAACTTGGTTACCGTCGTTTTTGGAAGTGCCTCTCCT‑CCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTA‑CGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTATTGGCATAAGGCCTCGCCATCAGACACCGCCTCTTTAG > NZ_CP034943/1936483‑1936755 | tGAACAGGGACGCATCGACACAAGTTTCGGTTGGTCCATATACATTTGTGATGGCAGGTGCTGCTCTATCCGCGCCAAATAAGTGTATGAACTTGGTTACCGTCGTTTTTGGAAGTGCCTCTCCT‑CCAATTAACAGATGa < 1:912776/140‑1 (MQ=255)tGAACAGGGACGCATCGACACAAGTTTCGGTTGGTCCATATACATTTGTGAGGGCAGGTGCTGCTCTATCCGCGCCAAATAAGTGTATGACCTTGGTTACCGTCGTTTTTGGAAGTGCCTCGCCT‑CCAATTAACAGATGa < 1:1546390/140‑1 (MQ=255) aaCAGGGACGCATCGACACAAGTTTCGGTTGGTCCATATACATTTGTGATGGCAGGTGCTGCTCTATCCGCGCCAAATAAGTGTATGAACTTGGTTACCGTCGTTTTTGGAAGTGCCTCTCCT‑CCAATTAACAGATGACg < 1:3951984/140‑1 (MQ=255) aaCAGGGACGCATCGACACAAGTTTCGGTTGGTCCATATACATTTGTGATGGCAGGTGCTGCTCTATCCGCGCCAAATAAGTGTATGAACTTGGTTACCGTCGTTTTTGGAAGTGCCTCTCCT‑CCAATTAACAGATGACg < 2:4802376/140‑1 (MQ=255) 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ttACCGTCGTTTTTGGAAGTGCCTCTCCT‑CCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTA‑CGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTAt < 1:99708/140‑1 (MQ=255) ttACCGTCGTTTTTGGAAGTGCCTCTCCT‑CCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTA‑CGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTAt < 1:291811/140‑1 (MQ=255) ttACCGTCGTTTTTGGAAGTGCCTCTCCT‑CCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTA‑CGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTAt < 1:2296675/140‑1 (MQ=255) ccGTCGTTTTTGGAAGTGCCTCTCCG‑CCCATTAACACATGACGAAGCGGTACACCTTCCCCAAAATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATTGGCGGGCGTCCCGGCGGTTACCGCCAAT‑CGATGCTGTGGATAGTAtttg > 2:1720702/1‑138 (MQ=255) tttGGAAGTGCCTCTCCT‑CCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTA‑CGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTATTGGCATAAGGc < 2:535225/140‑1 (MQ=255) tGGAAGTGCCTCTCCT‑CCAATTCACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTA‑CGTCAATGCGATGCTGTCGAGAGTATTGGCATAAGGCCt < 1:410923/140‑1 (MQ=255) tGGAAGTGCCTCTCCT‑CCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTA‑CGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTATTGGCATAAGGCCt < 2:2310097/140‑1 (MQ=255) tGGAAGTGCCTCTCCT‑CCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTA‑CGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTATTGGCATAAGGCCt < 2:3535482/140‑1 (MQ=255) tGGAAGTGCCTCTCCT‑CCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTA‑CGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTATTGGCATAAGGCCt < 1:2255955/140‑1 (MQ=255) tGGAAGTGCCTCTCCT‑CCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTA‑CGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTATTGGCATAAGGCCt < 1:1497097/140‑1 (MQ=255) tGGAAGTGCCTCTCCT‑CCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTA‑CGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTATTGGCATAAGGCCt < 1:1453106/140‑1 (MQ=255) tGGAAGTGCCTCTCCT‑CCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTA‑CGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTATTGGCATAAGGCCt < 1:3851465/140‑1 (MQ=255) gAAGTGCCTCTCCT‑CCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTA‑CGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTATTGGCATAAGGCCTCg < 1:1854096/140‑1 (MQ=255) tGCCTCTCCT‑CCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTA‑CGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTATTGGCATAAGGCCTCGCCAt < 2:1858387/140‑1 (MQ=255) ccAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTA‑CGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTATTGGCATAAGGCCTCGCCATCAGACACCGc < 1:545887/140‑1 (MQ=255) ccAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATAATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTA‑CGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTATTGGCATAAGGCCTCGCCATCAGACACCGc < 2:4940595/140‑1 (MQ=255) cAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTA‑CGTCAATGCGATGCTGTCGAt > 1:4891682/1‑105 (MQ=255) cAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTA‑CGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTATTGGCATAAGGCCTCGCCATCAGACACCGCCTCTTTAg > 2:3574770/1‑140 (MQ=255) | TGAACAGGGACGCATCGACACAAGTTTCGGTTGGTCCATATACATTTGTGATGGCAGGTGCTGCTCTATCCGCGCCAAATAAGTGTATGAACTTGGTTACCGTCGTTTTTGGAAGTGCCTCTCCT‑CCAATTAACAGATGACGAAGCGGTACTCCTTCCCCATCATCTGCAGCTACCAGCAGCTTCAAATGGGCGGGCGTCCCGTCGGTTA‑CGTCAATGCGATGCTGTCGATAGTATTGGCATAAGGCCTCGCCATCAGACACCGCCTCTTTAG > NZ_CP034943/1936483‑1936755 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |