| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 3,496,423 | G→T | 8.8% | F335L (TTC→TTA) | EO946_RS17995 ← | glucosaminidase domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 3,496,423 | 0 | G | T | 8.8% | 749.7 / 7.1 | 290 | F335L (TTC→TTA) | EO946_RS17995 | glucosaminidase domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (60/188); new base T (33/2); total (100/190) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.18e-16 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 298 total aligned reads displayed.
TTTTTTCTGAGAAAAGAAGGCTGCGGCTTTGTTTGCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCG‑TTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCTTGATTTGGCTGATGGCGTCCTTCACT > NZ_CP034943/3496285‑3496558 | ttttttCTGAGAAAAGAAGGCTGCGGCTGTGTTTGCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATTGGCTGTAGACATGGTCG‑TTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTACTGCCATTTTTTCTTTTTaaaga < 2:339897/140‑1 (MQ=255) cTGAGAATAGCAGGCTGCGGCTGTGTTTGCGTGCTGCTCGCCGAAAATGTGCGCGGTCGTTATGGGCTCGGCTGTAGACATGGTCG‑TTTTGTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAgtgt < 2:651103/140‑1 (MQ=255) cTGAGAAAAGAAGGCTGCGGCTTTGTTTGCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCG‑TTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAgtgt < 1:1081545/140‑1 (MQ=255) cTGAGAAAAGAAGGCTGCGGCTTTGTTTGCTTGCTGCTCGCCGAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCG‑TTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAgtgt < 1:4173637/140‑1 (MQ=255) 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tAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCG‑TTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCa < 1:1063336/140‑1 (MQ=255) tAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCG‑TTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCa < 1:4076845/140‑1 (MQ=255) tAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCG‑TTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCa < 2:4349126/140‑1 (MQ=255) cacaaTCTGCGCCGCCGTTATTGGATAGGATGTAGACATGGTCG‑TTTTTTTGATGCTGCATGACGTGTCATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTGAACCCCTTCATATTCa < 2:4380618/137‑1 (MQ=255) caaaTCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCG‑TTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCAc < 1:2390320/139‑1 (MQ=255) aaaaTCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCG‑TTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCAc < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |