| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 2,502,278 | C→G | 14.8% | E262Q (GAA→CAA) | hrcA ← | heat‑inducible transcriptional repressor HrcA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,502,278 | 0 | C | G | 14.8% | 299.0 / 5.7 | 146 | E262Q (GAA→CAA) | hrcA | heat‑inducible transcriptional repressor HrcA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (62/54); new base G (21/2); total (87/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.83e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
ATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTT‑TTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGTGATTTGTGGAATGAAAGGTTGAACGAAGCGCGTCAAG > NZ_CP034943/2502145‑2502416 | aTCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTGCCGATTTTAATAGAAAAACCCGGGTGTGGGGATTGAAAGCGCTTTAAAAAATCCTGTTGtt‑ttta > 1:1287276/1‑139 (MQ=255)aTCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGGGTGTGGGGATTGAACGCGCTTTAAAACATCCTGTTCTT‑TTTc > 2:1910983/1‑140 (MQ=255)aTCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGGGGGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAAAATCCTGTTCTT‑TTTc > 2:283116/1‑140 (MQ=255) gCTTCTGATCAACGTAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTT‑TTTCAAtt < 2:232596/140‑1 (MQ=255) gCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCTATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTT‑TTTCaagt < 2:359855/140‑3 (MQ=255) gCTTATGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTT‑TTTCAAtt < 2:3021268/140‑1 (MQ=255) cTTCTGATCAACGGAATAAGAATCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTTTTTCCAGAGTTTAATCGAAAACCCCGGGGGTGGTGGTTTCAAGTGCTTTAAAAAAACCTGTTGTT‑TTTCAAATa > 1:1846314/1‑140 (MQ=255) cTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATACCCGGGTGGGGGGCTTGTACGAGCTTTAAAAAATCCTGTTCTT‑TTTAAAATa > 2:321768/1‑140 (MQ=255) cTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCGTCATAGTCGTTTTGTTTCGCGATTTTAATCGAAATCGCCGTGGGTGGGGATTGAAGGCGGGTGTAAAAAGCCGGTTGTT‑TTTCAATTa > 1:2193404/1‑140 (MQ=255) cTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACAGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATATTAATCGAAATCCCCCTGTGTGGGGAGTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTTATTGCAAtt > 2:2388714/1‑140 (MQ=255) cTGATCATCGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTT‑TTTCAATTAATg < 2:1801934/140‑1 (MQ=255) cTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTT‑TTTCAATTAATg < 2:120563/140‑1 (MQ=255) cTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTT‑TTTCAATTAATg < 2:434069/140‑1 (MQ=255) aTCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCGATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTACCCATTTTAAAAGAAAACACCGGGTGTGGGGCGTGGAGCAGCGTTAAAACAAACGGTTATT‑TTTCAATTAAttgtg > 1:555738/1‑136 (MQ=255) cAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTT‑TTTCAATTAATgagaga < 1:2041498/140‑1 (MQ=255) actcaaTAAGAAGCCGTAATAAGACTGCTTTTTTCCATATCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGTATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTT‑TTTAAATTAATGAGAGAAg < 2:555738/136‑1 (MQ=255) aCGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGGGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCGGGTTCTT‑TTTCAATTAATGAGAGTAg > 2:2381485/1‑140 (MQ=255) aCGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATTGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTT‑TTTCAATTAATGAGAGAAg < 2:1039347/140‑1 (MQ=255) aCGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCACCGTGTGTGGGGATTTAACGAGCTTTAAAACATCCTGGTCTT‑TTTCAATTAATGAGAGAAg > 2:2840373/1‑140 (MQ=255) aCGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTGTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGTACGAGCTTTAAAACAACCGGTTCTT‑TTTCAATTAATGCGAGAAg > 2:104718/1‑140 (MQ=255) aTAAGAAGCCGTAATCAGACTGCATTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTT‑TTTCAATTAATGAGACAAGCGAcc < 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tAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAAAATCCTGTTCTT‑TTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCg > 2:509720/1‑140 (MQ=255) tAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATAGAAAACCCCGGGTGGGGGGATTTAACGAGCTTTTAAAAATCCTGTTGTT‑TTTGAATTAATGAGAGAAGCGACCg > 1:3032218/1‑140 (MQ=255) tAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCCATTTTAATCGAAATCCCCGTGGGTGGGGATTGAACAAGCTTTAAAACATCCTGTTCTT‑TTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCg > 2:913457/1‑140 (MQ=255) tAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTATTTACCCATTTTAATCGAAAAACCCGGGTGTGGGGATTGTACGTGCTTTAAAAAATACTGTTGAT‑TTTGAAATAATGAGAGAAGCgcacg > 1:2533541/1‑136 (MQ=255) tAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTAGTTACCGATTTTAATCGAAAAACCCGGGGGTTGGGATTTTACGAGCTTTAAAACATACTGTTGTG‑TTTAAATTAATTAGAGAAACGAccc > 2:337388/1‑139 (MQ=255) tAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTGTTTGCCGATTTTAATCGAAATACCCGGGGGTGGGGATTTAACGAGCGTTAAAAAAAACTTGTGTT‑TTTGAATTAATGAGAGAAGCGACCg > 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cGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTCCCGATTTTAATAGAAATCCCCGGGTGTGGGGATTTAACGAGCGTTAAAAAATCCGGTTGTT‑TTTGAATTAATGAGAGAAGCGACCCAACACTgg > 1:378345/1‑140 (MQ=255) cGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTTATCGAAATCCCCGGGTGGGGGGATTGTACGAGCGTTTAAACATCCTGTTGTT‑TTTGAAATAATTTGAGAAGCGACCGCActaggg > 1:2548323/1‑136 (MQ=255) cGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGGGTGGGGGTTGAACGGGCGTTAAAACATCCTGTTCTT‑TTTAAATTAATTGGAGAAGCGACCGACCTCggg > 1:3093953/1‑140 (MQ=255) cGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTATTTGCCCATTTTAATAGAAAAACCCGTGGGTGGGGGTTGAACGACCTTTAAAAAATACAGTTGTT‑TTTAAATTAATGAGAGAATCGACCGAACTCTgg > 1:1885851/1‑140 (MQ=255) gTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTT‑TTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGt < 2:1661212/140‑1 (MQ=255) gTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTT‑TTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGt < 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1:104718/140‑1 (MQ=255) aCATCCTTTTGTT‑TTTCAATTATTGTTAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTTCTACTAATTACTATTTTTCAAAGTGATTTGTGGATTGTAATGTTGatgtttt < 1:337658/140‑7 (MQ=255) tCCTGTTCTT‑TTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGTGATTTGTGGAATGAAAGGTTGAACGAAgcgc > 1:1647011/1‑140 (MQ=255) tCCTGTTCTT‑TTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGTGATTTGTGGAATGAAAGGTTGAACGAAgcgc < 2:575282/140‑1 (MQ=255) ccTGTTCTT‑TTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGTGATTTGTGGAATg > 1:1050150/1‑121 (MQ=255) ccTGTTCTT‑TTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGTGATTTGTGGAATg < 2:1050150/121‑1 (MQ=255) ccTGTTCTT‑TTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGTGATTTGTGGAATGAAAGGTTGAACGAAGcgcg > 2:2898085/1‑140 (MQ=255) 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2:2022846/140‑1 (MQ=255) | ATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGCTTTAAAACATCCTGTTCTT‑TTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGTGATTTGTGGAATGAAAGGTTGAACGAAGCGCGTCAAG > NZ_CP034943/2502145‑2502416 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |