| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,991,245 | 0 | G | T | 25.1% | 284.4 / 44.7 | 171 | intergenic (+46/‑161) | gbsR/bslA | transcriptional regulator GbsR/biofilm‑surface layer protein BslA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (43/85); new base T (42/1); total (85/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.54e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
AGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTTATA > NZ_CP034943/2991107‑2991383 | ctctAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTGTTGTTTTTTTTTTaa > 1:3162423/1‑140 (MQ=255) tctAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAAt < 2:2883682/140‑1 (MQ=255) tAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTGTTTTGTTGTTTTTTATGTAATta > 2:2578132/1‑140 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAATCAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGGTTTTTTTCTTTTTTTTTTTATTTCTAa‑aaa > 1:487657/1‑140 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑aaa > 2:3330630/1‑140 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTttattaaaaaaaa > 1:3418899/1‑133 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTTTTGTTTTTTTTTTAAATAATAa‑aaa > 1:1296912/1‑140 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTTTTATTTTTTATGTAATTAATAC‑aaa > 1:799343/1‑140 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGAAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTGTTTTTTATGTAATTACTAC‑aaa > 2:2784330/1‑140 (MQ=255) aatATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAAt < 2:1220435/138‑1 (MQ=255) aCTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTATTAATAC‑AAAt > 1:1795115/1‑140 (MQ=255) tGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGAGTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTGTTTTGTTCTTTTTTATGTAAATACTAA‑AAAtttta > 2:2014000/1‑138 (MQ=255) aTTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTTTTTTTTATGTAATTAATAA‑AAAtttttaa > 2:2762871/1‑136 (MQ=255) aTTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTTTTATTTTTTATTTAATTAATAA‑AAATTTTaaa > 2:907121/1‑140 (MQ=255) aTTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTGTTTTTTTTTTTTTAATTAATAA‑AAAattttaa > 1:1222048/1‑136 (MQ=255) ttGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTAGTAG‑AAAtttttaaa > 1:3238179/1‑135 (MQ=255) ttGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTGTTTTTTATTTTATTAATAA‑AAAATTTaaaa > 1:1026484/1‑140 (MQ=255) gCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTGTTTTTTATGTAATTTATAC‑AAATTTTAAAAATa > 2:3039453/1‑140 (MQ=255) gCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTGTTTTGTTCTTTGTTTTTTATTTAATAA‑AAATTTTAAAAATa > 2:3007989/1‑140 (MQ=255) gCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTGTTTTTTTTTTTTTAATTAATAA‑AAAATTTTAAAATa > 1:262063/1‑140 (MQ=255) tGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTGTTATTTTTTTTGTAATTAATAC‑AAAATTTAAAAATTCg > 2:284129/1‑140 (MQ=255) aCGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTTGTGTTTTTTATGTAATTAATAC‑AAAATTGAAAAATAAGGGaa > 2:1936740/1‑140 (MQ=255) cTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAACACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAc < 1:1731530/140‑1 (MQ=255) cTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTGTTTTTTTTTTAATTAATAA‑AAAATTGAAAAATACGGGaaaaaa > 2:3259364/1‑139 (MQ=255) cTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTGTTTTTTATTTAATTACTAC‑AAAATTTAAAAATAAGGGaaaaaa > 2:1629202/1‑139 (MQ=255) cTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTGTTGTTTTTTATTTAATTTATAA‑AAATTTGAAAAATAAGGGAAAAAc > 2:560981/1‑140 (MQ=255) cTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTGTTGTTTTTTATTTAATTAATAC‑AAATTTGTAAAATACGGGaaaaaa > 2:2657783/1‑139 (MQ=255) cTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTGTTGTTTTTTATGTAATTAATAC‑AAATTTTAAAAATACGGGAAAAAc > 2:3291163/1‑140 (MQ=255) cTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTGTTATTTTTTATGTAATTAATAC‑AAAATTTTAAAATAAGGGgaaaaa > 2:2220473/1‑139 (MQ=255) ttccTGACTCGGTGCAGAGCGGTTAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAAAAAAGTAAAAAAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑a < 1:421816/137‑1 (MQ=255) tCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTTAAAAATAAGGGAAAAAA‑ATCACAtat > 2:2290991/1‑138 (MQ=255) gTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTGTTTTTTTTTTTGTAATTACTAC‑AAATTTTTAAAATAAGGGAGAAAA‑AAACCATTTACt > 2:1761885/1‑140 (MQ=255) gCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTGTTTTTTCTGTAATTACTAA‑AACATTGAAAAATAAGGGTCAAAC‑AACCCATGTAGTTc > 2:2947470/1‑140 (MQ=255) cGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGGTTTTTTTGTTTTTTTTGTAATTAATAC‑ACATTTGAAAAATTCTGGACAAAC‑ATACCAATTACTTCCAatat > 2:3404086/1‑140 (MQ=255) gggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTGTTGTTTTTTTTTTAATTAATAA‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAA‑ATACCAATTACATCCaaaaaag > 2:1406512/1‑137 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTTTTGTTTTTTATTTTATTACTAA‑AAAATTTTAAAATACGGGCAAAAA‑CTCCCAGTTACTTCCAACATAtt > 2:2822343/1‑140 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTGTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGGAAAATACGGGAAAAAC‑CTCCGATTTAGTTACAAAatagt > 2:674451/1‑138 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTGTTTATTATTTAAATAGGAC‑ACATTTGAAAAAAACGGGGAAAAA‑GTCCAATTTACTTGCAATATAtt > 2:2508327/1‑140 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTATTTTTAC‑AAAATTGTAAAAAAATGGGAAAAC‑AACACAATTAAGTACAAAataat > 1:2842540/1‑138 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTATTAATACAAAATTTTAAAAAAAGGGGAAAAAA‑ACCCAATTTATTGCAAAAaaat > 1:2441926/1‑140 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTTTTGTTTTTTTTGTAATTTCTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAA‑ATACCATTTTCTTGGAAAATAtt > 2:376497/1‑140 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTTTTGTTTTTTATTTAATTAATAA‑AAAATTTAAAAAAAATGGCAAAAA‑ATGCCATTTAATTACAAAataat > 1:1632242/1‑138 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTGTTGTTTTTTTTTTTATTTATAA‑AAAATTTAAAAAAAAGGGCAAAACAAACCCATTTAATGCAAAAaaat > 1:2931739/1‑140 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTGTTGTTTTTTTTGTAATTTCTAC‑AAATTTGTAAAATAAGGGAAAAAC‑ATCCCCGTTACTTCCCAAATAtt > 2:3343361/1‑140 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTGTTGTTTTTTTTGTAATTAATAC‑AAATTTTAAAAATAAGGGAAAAAA‑ATACCATTTAATTGCAAAAAAtt > 2:2170378/1‑140 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTGTTGTTTTTTATTTTATTAATAA‑AAATTTGAAAAAAACGGGAAAAAA‑ATCCCAATTAATTGCAAAAAAtt > 2:404691/1‑140 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTGTTGTTTTTTATTTAATTTATAC‑AAATTTTAAAAATAAGGGAAAAAA‑AACCAAATTAATTACAAAAAAtt > 2:1129672/1‑140 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGGTTTTGTTGTTTTTTTTGTTATTAATAC‑AAAATTTATAAATAAGGGGAAAAC‑AACCCAGTTAGTTACAAAATAtt > 1:354300/1‑140 (MQ=255) taaaTTTTTAAATTTATACCGATTCAAACAAAGAAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATAttt < 1:2704418/139‑1 (MQ=255) ttttAAATTTATACCGATTGAAACAACGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATgg < 1:746559/140‑1 (MQ=255) tttaAAAATTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACTCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATgg < 2:1447831/140‑1 (MQ=255) ataCCTTTTGAAACAACGTAACACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AATTTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATg < 1:716181/140‑1 (MQ=255) taTTCAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGt < 1:522411/139‑1 (MQ=255) taTTCAAAAAAAGAAAAACAAACACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGt < 1:1249872/139‑1 (MQ=255) gtttcaaaCAAAGAAAAACACACACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGt < 1:1771921/135‑1 (MQ=255) gATTGAAACAAAGTAAAACAAACACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGt < 1:3330630/140‑1 (MQ=255) aTTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTGTAATTAATAA‑AAAATTTAAAAAAAATGGAAAAAA‑AAACCATTTAATTACAAAATATTTTATTGTAATTTTATTTTGGTa > 2:2089489/1‑140 (MQ=255) aTTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTATTTTTTATGTAAATACTAA‑AAAATTGAAAAATAAGGGCAAAAA‑ATACCAATTACATGCCAAATATGTGATGGTAATTTTTTGTAGTTa > 2:890174/1‑140 (MQ=255) aTTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTTTTCTTTTTTTTTTAATTACTAC‑AAATTTTAAAAATAAGGGAAAAAC‑ATACCAATTAATTAAAAAATATTTTATGTTAATTTTATTTAGGTa > 2:2042962/1‑140 (MQ=255) aTTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACAAC‑AAATATGAAAAATAAGGGAAAAAC‑ATCACATTTAATTACAAAATATTTTATGGTAATTTTATGTAGGTa > 2:803007/1‑140 (MQ=255) aTTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTGTTATTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAAAATTTGATGGTAATTTTATGttgtga > 2:3419514/1‑135 (MQ=255) aaaCAATGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAAt < 2:1107780/140‑1 (MQ=255) aaaCAAATTAAAAAAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAAt < 1:907121/140‑1 (MQ=255) aaaCAAAGTAAAACAAAACCGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAAt < 2:2385541/140‑1 (MQ=255) aaaCAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAAt < 2:136325/140‑1 (MQ=255) aaaCAAAGAAAAACAAACACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAAt < 1:3039453/140‑1 (MQ=255) aGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTATTTTTTATTTAATTTATAC‑AAATTTTTAAAATACGGGAAAAAC‑AAACCATTTAAGTACAAAAAAGTTTTTGGTAATTTTATTTTGGTTAAATgtgttt > 2:2148689/1‑138 (MQ=255) aGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTTTTCTTTTTTATGTAAATAATAA‑AAAATTGAAAAAAAAGGGAAAAAA‑ATCCCAATTAAATCCAAAATATTTTATTGTAAATTTATTTATGTAAAAatttttt > 2:8099/1‑136 (MQ=255) gTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTAtt < 2:2308771/140‑1 (MQ=255) caaaaaaaaaaaCGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTAtt < 2:3238179/138‑1 (MQ=255) acacacAAACGCCTGCCCAACCGGGCGTTTTTTTGTACTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAACAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTgg < 1:2201820/138‑1 (MQ=255) aaccAAACACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATGTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTgg < 1:2814369/137‑1 (MQ=255) aaccAAACACGCCTGCGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTgg < 1:385875/137‑1 (MQ=255) aaccAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTGGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTgg < 2:487657/137‑1 (MQ=255) aaaCAACAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTgg < 1:1628848/140‑1 (MQ=255) aaaCAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTgg < 2:1249300/140‑1 (MQ=255) aaaCAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTgg < 1:1157811/140‑1 (MQ=255) aaaCAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTgg < 2:1296912/140‑1 (MQ=255) aaaCAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTgg < 1:2167446/140‑1 (MQ=255) aaaCAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTgg < 1:372203/140‑1 (MQ=255) aaaCAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTgg < 1:560981/140‑1 (MQ=255) cAAACACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCg < 1:2321727/140‑1 (MQ=255) aaacCGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAACAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGtt < 2:1549768/140‑1 (MQ=255) aaaaCGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGtt < 2:1799694/140‑1 (MQ=255) aCGCATGGTAAACCGGGAGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACGAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCag < 2:1805894/140‑1 (MQ=255) gacTGGTACACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGTGAAAAAC‑ATCCAATTTACCTCCAAAATATTTGATGTTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCAGTTCagag < 2:654395/138‑1 (MQ=255) gCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTTTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCagag < 2:1196238/140‑1 (MQ=255) ccTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAgagg < 1:296187/140‑1 (MQ=255) ggAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGt < 1:2970399/140‑1 (MQ=255) ccGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGaaaa < 1:1240484/140‑1 (MQ=255) cGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCggg < 1:2578132/140‑1 (MQ=255) cGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCggg < 2:3125876/140‑1 (MQ=255) cGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCggg < 1:2249374/140‑1 (MQ=255) cGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCggg < 1:1839774/140‑1 (MQ=255) cGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCggg < 1:1481051/140‑1 (MQ=255) tCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAat < 1:967518/140‑1 (MQ=255) tCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAat < 1:1406512/140‑1 (MQ=255) tCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAat < 1:1298629/140‑1 (MQ=255) aTGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTtat < 1:1129672/140‑1 (MQ=255) tGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTtata > 2:812879/1‑140 (MQ=255) | AGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTTATA > NZ_CP034943/2991107‑2991383 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |