| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 2,991,252 | C→A | 23.0% | intergenic (+53/‑154) | gbsR → / → bslA | transcriptional regulator GbsR/biofilm‑surface layer protein BslA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,991,252 | 0 | C | A | 23.0% | 124.0 / 12.1 | 77 | intergenic (+53/‑154) | gbsR/bslA | transcriptional regulator GbsR/biofilm‑surface layer protein BslA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/40); new base A (18/2); total (35/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑ACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTTATAACTTTTT > NZ_CP034943/2991119‑2991390 | tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑ACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTTGTTTTTTTTTTAATTAAA‑ACaaa > 2:1275285/1‑140 (MQ=255)tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑ACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTTCTTTTTTATGTAATTAAT‑ACaaa > 2:644757/1‑140 (MQ=255)tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑ACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTGTTTTTTATTTAATTACT‑Aaaaa > 2:1312218/1‑140 (MQ=255)tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑ACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATTTAATTACT‑ACaaa > 2:2153252/1‑140 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< 2:2143125/140‑1 (MQ=255) aTTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑ACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTTGTGTTTTTTTTTTTAATTA‑A‑ACAAAATTTAAAAATAAGGGAAAAAAAT‑AACAATTAATTAAAAAAAATTTTATTGTAATtttatttattta > 1:502952/1‑136 (MQ=255) aTTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑ACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTGTTTTTTTTTTAATTACT‑ACAAAATTGAAAAATAAGGGGAAAAAAA‑ACCCTTTTCTTACAAAATATTTGAGGGTGATTTTTTGtgtgta > 2:1539006/1‑135 (MQ=255) aTTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑ACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTGTTTTTTTTGTAATTACT‑ACAAATTTTTAAAATACGGGAAAAACAT‑ACCATTTAATTCCAAAATATTTGATTGTAATTTTATGTAGGtt > 2:564519/1‑139 (MQ=255) aTTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑ACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTGTTTTTTAATTAAATACT‑AAAAATTTGAAAAAATCGGGAAAAAAAA‑CCCAGTTACTTCCAGAATATATTTTTGTAATTTTAtttgagtt > 2:1406768/1‑133 (MQ=255) aTTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑ACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTTTTGTTTTTTATTTAATTACT‑ACAAATTTTAAAAATAAGGGAAAAAAAA‑ACCAATTACTTAAAAAATATTTTTTGGTTATTTTATGTAGGtt > 2:2138775/1‑139 (MQ=255) 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< 1:2153252/140‑1 (MQ=255) aaa‑aCGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGtt < 1:1275285/140‑1 (MQ=255) aaa‑aCGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGtt < 1:1666048/140‑1 (MQ=255) aaa‑aCGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGtt < 1:2152656/140‑1 (MQ=255) aaa‑aCGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGtt < 1:2145269/140‑1 (MQ=255) accaCGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACG‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGtt < 1:1312218/137‑1 (MQ=255) 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1:1558906/140‑1 (MQ=255) gCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCagag < 2:1494659/140‑1 (MQ=255) gCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCagag < 2:1755476/140‑1 (MQ=255) cGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCggg < 2:692087/140‑1 (MQ=255) t‑ttttttGTTCTTTTTTATGTAAGTAAT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTCTGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCa < 2:1012969/140‑1 (MQ=255) ttttGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGc < 2:862182/140‑1 (MQ=255) act‑acAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAATTTTGTATGTGGCCGTTCCGAGGCGGTGAAAAGCGGGCAGGCGTGAGTATTTTtatacgtttgt > 2:1952085/1‑133 (MQ=255) | TACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑ACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTTATAACTTTTT > NZ_CP034943/2991119‑2991390 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |