| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP034943 | 3,394,378 | 0 | C | G | 25.0% | 330.5 / 19.0 | 166 | G174G (GGG→GGC) | ppaX | pyrophosphatase PpaX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/85); new base G (36/0); total (81/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.28e-18 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
TTCTCACAGATTACTTCACTCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAG‑CACATCGTGGTAATTATCTCCGACCATAATGGCTTCCGCCGGCTCGCTTCCTAGCTGTTTCAGCGCTAAAAGCACAGGCTCGGGATCAGGCTTTGCCATCGTCACATCATCAAGGGTAACGA > NZ_CP034943/3394239‑3394508 | ttCTCACAGATTACTTCACTCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTc < 2:1197772/140‑1 (MQ=255)ttCTCACAGATTACTTCACTCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTc < 1:2233691/140‑1 (MQ=255)ttCTCACAGATTACTTCACTCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTc < 2:2066774/140‑1 (MQ=255) ctgcACTCCAACGAGTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAG‑CACAt < 1:2567658/137‑1 (MQ=255) cTTCACTCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAG‑CACAt < 2:1694321/140‑1 (MQ=255) cTTCACTCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAG‑CACAt < 1:641530/140‑1 (MQ=255) cTTCACTCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAG‑CACAt < 2:2388512/140‑1 (MQ=255) aCTCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTGTTTTTTACCGCGTTTTTACCTTCCAG‑CACATCGtt > 1:2992203/1‑139 (MQ=255) tCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTGCGGCGTTTTTACCTGGCAG‑CACATggtggt > 2:2616049/1‑140 (MQ=255) tCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTGCGGCGTGTTTGCCTGCCCG‑CCCAACGTGGt > 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aCGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTTTTGCGGCGTTTTTCCCTGCCAG‑CACATCGTGGTaaat > 1:2545465/1‑138 (MQ=255) aCGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTACGGCGTTTTTACCGTCCAC‑CACAACGGTGTAAtt > 1:210735/1‑140 (MQ=255) cGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTCACTGCCAG‑CACATAGTGGTAATTa > 2:401653/1‑140 (MQ=255) tttGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATACTCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAG‑CACATCGTGGTAATTAtct < 2:1272982/140‑1 (MQ=255) tGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAG‑CACATCGTGGTAATTATCTcc < 1:1564969/140‑1 (MQ=255) tGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAG‑CACATCGTGGTAATTATCTcc < 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1:362372/140‑1 (MQ=255) tttttGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAG‑CACATCGTGGTAATTATCTCCGACCATAATGGCTTCCGCCGGCTCGCTTCCTAGCTGTTTCAGCGCTAAAAGCACAGGCTCGGGATCAGGCTTTGCCATCGTCACAtcatca < 2:210735/140‑1 (MQ=255) tttttGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAG‑CACATCGTGGTAATTATCTCCGACCATAATGGCTTCCGCCGGCTCGCTTCCTAGCTGTTTCAGCGCTAAAAGCACAGGCTCGGGATCAGGCTTTGCCATCGTCACAtcatca < 2:2920048/140‑1 (MQ=255) tttttGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAG‑CACATCGTGGTAATTATCTCCGACCATAATGGCTTCCGCCGGCTCGCTTCCTAGCTGTTTCAGCGCTAAAAGCACAGGCTCGGGATCAGGCTTTGCCATCGTCACAtcatca < 2:2545465/140‑1 (MQ=255) tttttGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAG‑CACATCGTGGTAATTATCTCCGACCATAAGGGCTTCCGCCGGCTCGCTTCCTAGCTGTTTCAGCGCTAAAAGCACAGGCTCGGGATCAGGCTTTGCCATCGTCACAtcatca < 1:2442153/140‑1 (MQ=255) ggCGTTTTTCCCTGCCAG‑CACATCGTGTTAATTATCTCCGACCATAATGGCTTCCGCCGGCTCGCTTCCTCGCTGTTTCAGCGCTAAAAGCACAGGCTCGGGATCAGGCTTTGCCATCGTCACATCATCAAGGGTAACGa < 2:1992335/140‑1 (MQ=255) ggCGTTTTTCCCTGCCAG‑CACATCGTGGTAATTATCTCCGACCATAATGGCTTCCGCCGGCTCGCTTCCTAGCTGTTTCAGCGCTAAAAGCACAGGCTCGGGATCAGGCTTTGCCATCGTCACATCATCAAGGGTAACGa < 2:629807/140‑1 (MQ=255) gCGTTTTTCCCTGCCAG‑CACATCGTGGTAATTATCTCCGACCATAATGGCTTCCGCCGGCTCGCTTCCTAGCTGTTTCAGCGCTAAAAGCACAGGCt > 1:1198803/1‑97 (MQ=255) | TTCTCACAGATTACTTCACTCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAG‑CACATCGTGGTAATTATCTCCGACCATAATGGCTTCCGCCGGCTCGCTTCCTAGCTGTTTCAGCGCTAAAAGCACAGGCTCGGGATCAGGCTTTGCCATCGTCACATCATCAAGGGTAACGA > NZ_CP034943/3394239‑3394508 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |