| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,991,227 | 0 | T | G | 38.8% | 92.1 / 37.6 | 85 | intergenic (+28/‑179) | gbsR/bslA | transcriptional regulator GbsR/biofilm‑surface layer protein BslA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/37); new base G (33/0); total (48/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.17e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATACGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAAT‑AC‑GGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCA > NZ_CP034943/2991091‑2991365 | ataCGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGt‑tttt < 2:198048/140‑1 (MQ=255)ataCGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGt‑tttt > 1:858242/1‑140 (MQ=255)ataCGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGt‑gttt > 1:1925055/1‑140 (MQ=255) cGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGt‑gtttttt > 2:200601/1‑139 (MQ=255) cGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTg > 2:663249/1‑140 (MQ=255) aGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGtt > 1:143386/1‑140 (MQ=255) gCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGTCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGttg > 2:292364/1‑139 (MQ=255) gCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGttg > 2:1351926/1‑139 (MQ=255) gCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAAAGCCTGGGAAACCGGGCGG‑TTTTTTGttg > 2:1354859/1‑139 (MQ=255) caccTGCAAAGCGCTACAGCTTACTATGCTGGGCTGAAACGGCTGGCTGACTCGGTGCCGCGCGGGGAAATTTTAAAATTTATACCGATTGAAAAAAAGGAAAACA‑AACACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCt < 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cTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTGGTTTTGTTTTTTTTTTCCTTAGT‑AACAAATTGTCAAAT‑AC‑GGGAGAAAc > 1:1676690/1‑140 (MQ=255) ctCGGTGCACAGCGGGGAAATTTTAAAATTTATACCGATTCAAACAAAGAAAAACA‑AAACCGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAAT‑AC‑GGGAAAAACAT‑CCCAtt < 1:1495499/139‑1 (MQ=255) aTCGTTGAAGACCGGAGAAATTTTTAAATTTATACCGTTCTAAAAAAAGTAAAGCAGAAAACGCCTGGGAAACTAGGCGT‑TTTTTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑ATCTAACTAAT‑ACAAATTTGAAAAAT‑AC‑GGGAAAAACAC‑CCCATTTACTTCCa < 1:1240368/140‑1 (MQ=255) aTCGGTGCAGAGGGGTGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAATTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAAT‑AC‑GGGAAAAACAT‑CCCAtt < 1:1938023/140‑1 (MQ=255) tCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACACATTTGAAAAAT‑AC‑GGGAAAAACAT‑CCCAttt > 2:1493773/1‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |