| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,991,236 | 0 | C | G | 36.6% | 110.5 / 28.3 | 81 | intergenic (+37/‑170) | gbsR/bslA | transcriptional regulator GbsR/biofilm‑surface layer protein BslA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/37); new base G (26/0); total (42/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.03e-12 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAAT‑AC‑GGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATA > NZ_CP034943/2991098‑2991375 | caccTGCAAAGCGCTACAGCTTACTATGCTGGGCTGAAACGGCTGGCTGACTCGGTGCCGCGCGGGGAAATTTTAAAATTTATACCGATTGAAAAAAAGGAAAACA‑AACACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCt < 2:1186318/137‑1 (MQ=255) tGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTTGttttt > 2:1105066/1‑140 (MQ=255) ggAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTTCtttttt > 1:1315504/1‑140 (MQ=255) aGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTtttttttgttttttttgt > 2:1087146/1‑140 (MQ=255) aGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAAAGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTGCTTTTTTTTGt > 2:1087163/1‑140 (MQ=255) ctctAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTTCTTTTTTAttaaa > 2:963975/1‑136 (MQ=255) ctctAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTGTGTTGTTTTTTATGTaa > 2:396681/1‑140 (MQ=255) tAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTTGTTTTTTTTGTAAttt > 1:1728372/1‑139 (MQ=255) tAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTTGTTTTTTTTGTAATta > 2:1956620/1‑140 (MQ=255) ttACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTTTTGTTTTTTATTTAATTAAA‑ACaa > 1:1618257/1‑140 (MQ=255) ttACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTTGGTTTTTTTGTTATtact‑acca > 1:452308/1‑138 (MQ=255) ttACTATGAGTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCGGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTTTTGTTttattttatttataaaa > 1:1617676/1‑133 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACACAGTAATACA‑AAAACTCCTGGGAACCCGGGCGG‑GTGTTTGTTCTGTGTTATATAATtagt‑agcaa > 2:1211713/1‑136 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTTTTTTTTATGTTATTAAT‑Aaaaa > 1:920821/1‑140 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTTGGTTTTTATGTTATTAAT‑Aaaaa > 1:1140635/1‑140 (MQ=255) 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1:464573/1‑140 (MQ=255) cTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTGTTTGTTGTTTTTTTTGTTATTAAT‑AAAAAATTGTAAAAT‑Ac > 1:1956634/1‑140 (MQ=255) tGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTTGTTTTTTATTTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAAT‑aag > 2:132576/1‑138 (MQ=255) tGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTGGTTGTTGTTTTTTATGTAATTAAG‑ACAAAGATGcaaaaatgg > 2:675562/1‑136 (MQ=255) aaaCGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTTGTTTTTTTTGTAATTAAT‑AAACAATTTTAAAAT‑AC‑agg > 1:1883090/1‑140 (MQ=255) aaaCGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAAT‑AC‑ggg < 2:224314/140‑1 (MQ=255) aaaCGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAAT‑AC‑ggg < 2:1315504/140‑1 (MQ=255) aaCGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTTCTTTTTTATGTAAATAAT‑AAAAAATTTAAAAAT‑AA‑GGGa > 2:894106/1‑140 (MQ=255) cGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGTAAATTTTTAAATTTATACCTATTGAAACAAATTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTATT‑ACAAATTTGAAAAAT‑AC‑GGGaaa < 1:613136/140‑1 (MQ=255) cTTGCTGAATCGTTGCAGAGCGGGTAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAAT‑AC‑GGGAAAAAc < 2:1988655/140‑1 (MQ=255) cTTGCTGAATCGGTGCAGCGCGGGGAAATTTTTAAATTTATCCCGATTGAAACAACGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAAT‑AC‑GGGAAAAAc < 2:821844/140‑1 (MQ=255) 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ttttGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAAT‑AC‑GGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGc < 2:804410/140‑1 (MQ=255) cTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAAT‑AC‑GGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAata > 2:1953790/1‑140 (MQ=255) | CAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAAT‑AC‑GGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATA > NZ_CP034943/2991098‑2991375 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |