| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 177,029 | 0 | G | C | 13.3% | 759.4 / 24.3 | 325 | intergenic (+202/‑70) | EO946_RS01020/EO946_RS01025 | alcohol dehydrogenase/SulP family inorganic anion transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (141/135); new base C (46/3); total (187/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.91e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
CCATTATTTTCTTCATCATAGATCTTGCGTATTTGATCAAAATTTAATATGATACTCTTTGTATAATAACTCCTTGCCTCAAAACAACATACTCAACGTGTCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTCCTTTCATTTCTCCCGTAAAATAAAGAAAGCTCCCAATACAACAAATA‑CGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTC‑GTTATATTTGAATAATAGTTTTACATTAAAGCAGCAATGGTTCGGGAATATCCGAAAAGACATTCTTGCTGGCA > NZ_CP034943/176891‑177165 | ccATTATTTTCTTCATCATAGATCTTGCGTATTTGATCAAAATTTAATATGATACTCTTTGTATAATAACTCCTTGCCTCAAAACAACATACTCAACGTGTCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTCCTTTCATTTCTCCCGt < 2:5065312/140‑1 (MQ=255) tattTTCTTCATCATAGATCTTGCGTATTTGATCAAAATTTAATATGATACTCTTTGTATAATAACTCCTTGCCTCAAAACAACATACTCAACGTGTCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTTCTTTCATTTATACCGTaaaa > 1:6869006/1‑140 (MQ=255) tcttcATCATAGATCTTGCGTATTTGATCAAAATTTAATATGATACTCTTTGTATAATAACTCCTTGCCTCAAAACAACATACTCAACGTGTCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTACTTTAATTTATACCCTaaaaaaaaa > 2:3296163/1‑139 (MQ=255) cttcATCATAGATCTTGCGTATTTGATCAAAATTTAATATGATACTCTTTGTATAATAACTCCTTGCCTCAAAACAACATACTCAACGTGTCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTCCTTTCATTTCTCCCGTAAAATaaaga < 1:824228/140‑1 (MQ=255) 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2:3354215/140‑1 (MQ=255) | CCATTATTTTCTTCATCATAGATCTTGCGTATTTGATCAAAATTTAATATGATACTCTTTGTATAATAACTCCTTGCCTCAAAACAACATACTCAACGTGTCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTCCTTTCATTTCTCCCGTAAAATAAAGAAAGCTCCCAATACAACAAATA‑CGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTC‑GTTATATTTGAATAATAGTTTTACATTAAAGCAGCAATGGTTCGGGAATATCCGAAAAGACATTCTTGCTGGCA > NZ_CP034943/176891‑177165 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |