| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 2,991,245 | G→T | 22.9% | intergenic (+46/‑161) | gbsR → / → bslA | transcriptional regulator GbsR/biofilm‑surface layer protein BslA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,991,245 | 0 | G | T | 22.9% | 389.0 / 46.8 | 236 | intergenic (+46/‑161) | gbsR/bslA | transcriptional regulator GbsR/biofilm‑surface layer protein BslA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (67/108); new base T (58/3); total (125/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-16 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 237 total aligned reads displayed.
CTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTG‑AAAAATACGGGAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTA‑TTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTTATAA > NZ_CP034943/2991109‑2991384 | ctctAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTTGTTTTTTATTTaa > 2:1985030/1‑140 (MQ=255)ctctAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTGTTTTTTTTTTaa > 1:5616726/1‑140 (MQ=255) tctAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAAt < 2:1487617/140‑1 (MQ=255) tAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATta > 2:4510702/1‑140 (MQ=255) 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CTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTG‑AAAAATACGGGAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTA‑TTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTTATAA > NZ_CP034943/2991109‑2991384 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |