| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 2,991,247 | A→T | 10.4% | intergenic (+48/‑159) | gbsR → / → bslA | transcriptional regulator GbsR/biofilm‑surface layer protein BslA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,991,247 | 0 | A | T | 10.4% | 653.0 / 11.0 | 234 | intergenic (+48/‑159) | gbsR/bslA | transcriptional regulator GbsR/biofilm‑surface layer protein BslA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (95/111); new base T (26/2); total (121/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
CTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGG‑GAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTA‑TTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTTATAACT > NZ_CP034943/2991109‑2991386 | tctAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCGGAATCGGGGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAAt < 2:4787946/140‑1 (MQ=255) tAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATta > 2:4510702/1‑140 (MQ=255) aGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATtacta < 2:345075/140‑1 (MQ=255) aGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATtacta < 2:5405024/140‑1 (MQ=255) 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1:1572754/140‑1 (MQ=255) ccGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGG‑GAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTA‑TTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGaaaa < 1:5530620/140‑1 (MQ=255) cGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGG‑GAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTA‑TTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCggg < 2:6608529/140‑1 (MQ=255) cGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGG‑GAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTA‑TTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCggg < 1:6937126/140‑1 (MQ=255) ttttGTTATTTTTTATGTAATGACTAC‑AAATTTGAATAATACGG‑GAAAAACATCCCATTTACTTCCAAACTATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTA‑TTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGc < 2:4201936/140‑1 (MQ=255) ttGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGG‑GAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTA‑TTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCt < 2:1134402/140‑1 (MQ=255) 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1:2749957/1‑140 (MQ=255) aTGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGG‑GAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTA‑TTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTtat < 1:1912869/140‑1 (MQ=255) aaTTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGG‑GAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATAGTTGTTGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTA‑TTTGGGCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTTATAACt > 2:4759253/1‑140 (MQ=255) | CTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGG‑GAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTA‑TTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTTATAACT > NZ_CP034943/2991109‑2991386 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |