| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 2,991,252 | C→A | 29.5% | intergenic (+53/‑154) | gbsR → / → bslA | transcriptional regulator GbsR/biofilm‑surface layer protein BslA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,991,252 | 0 | C | A | 29.5% | 326.9 / 58.6 | 234 | intergenic (+53/‑154) | gbsR/bslA | transcriptional regulator GbsR/biofilm‑surface layer protein BslA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (46/107); new base A (72/2); total (125/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.33e-24 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
AGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTT‑TTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTA‑TTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTTATAACTTTTT > NZ_CP034943/2991115‑2991390 | aGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTT‑TTTTATGTAATtacta < 2:345075/140‑1 (MQ=255)aGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTT‑TTTTATGTAATtacta < 2:5405024/140‑1 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACACAGTAAAACAAAATCGCCTGGGAACCCGGGCGT‑TTTTTTGGTGTT‑TTTTATTTAATTACAAC‑aaa > 2:1372476/1‑140 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTTATT‑TTTTTTTTAATTAAAAC‑aaa > 2:6110633/1‑140 (MQ=255) 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2:2291933/1‑140 (MQ=255) aTTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTA‑TTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTTATAACtt > 1:3705258/1‑140 (MQ=255) ttACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTA‑TTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTTATAACttt > 1:2485413/1‑140 (MQ=255) ttACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTA‑TTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTTATAACttt > 1:939500/1‑140 (MQ=255) actac‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTA‑TTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTTATAACttttt > 2:5815013/1‑140 (MQ=255) | AGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTTCTT‑TTTTATGTAATTACTAC‑AAATTTGAAAAATACGGGAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTA‑TTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTTATAACTTTTT > NZ_CP034943/2991115‑2991390 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |