| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 2,179,638 | G→T | 7.2% | L212F (TTG→TTT) | EO946_RS11020 → | queuosine precursor transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,179,638 | 0 | G | T | 7.2% | 416.0 / 5.7 | 170 | L212F (TTG→TTT) | EO946_RS11020 | queuosine precursor transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (104/47); new base T (16/2); total (121/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 170 total aligned reads displayed.
GTACAGCAGTCAGCCAGCTGTTTGATACATTTATATTTACTGGTGTCGCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTGGCTTCATATTTTTATTTCTACATATTTGATTAAGTTTGCGGTATCTTTGATTTCATTGCCTTATGCCTATGCAGC‑AAAAAAAATGATACCGAATGATGAAAGGAGTTCATAATGCCTACAGAAATATATGTAGACGGCGCAAGCGCCGGTAATCCCGGACTATCCGGGATCGGCATTTTTATCAAACATGAAGGAA > NZ_CP034943/2179502‑2179776 | gTACATCAGTCAGCCAGCTGTTTGATACATTTATATTTACTGGTGTCGCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTGGCTTCATATTTTTATTTCTACATATTTGATTAAGTTTGCGGTATCTTTGATTTCATTGCCt < 2:2640043/140‑1 (MQ=255)gTACAGCAGTCAGCCAGCTGTTTGATACATTTATATTTACTGGTGTCGCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTGGCTTCATATTTTTATTTCTACATATTTGATTAAGTTTGCGGTATCTTTGATTTCATTGCCt < 2:3428489/140‑1 (MQ=255) cagcagTCAGCCAGCTGTTTGATACATTTATATTTACTGGTGTCGCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTGGCTTCATATTTTTATTTCTACATATTTGATTAAGTTTGCGGTATCTTTGATTTCATTGCCTTAt < 1:3233451/140‑1 (MQ=255) tCAGCCAGCTGTTTGATACATTTATATTTACTGGTGTCGCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTGGCTTCATATTTTTATTTCTACATATTTTATTAAGTTTGCGGTATCTTTGATTTCATTGCCTTATGCCTAt > 2:2860534/1‑140 (MQ=255) tCAGCCAGCTGTTTGATACATTTATATTTACTGGTGTCGCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTGGCTTCATATTTTTATTTCTACATATTTGATTAAGTTTGCGGTATCTTTGATTTCATTGCCTTATGACtct > 2:2190255/1‑138 (MQ=255) tCAGCCAGCTGTTTGATACATTTATATTTACTGGTGTCGCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTGGCTTCATATTTTTATTTCTACATATTTGATTAAGTTTGCGGTATCTTTGATTTAATTGCCTTATGCCTAt > 2:1520177/1‑140 (MQ=255) agccagtTGTTTGATACATTCATATTCACTGCAGTCGCCTTTCTCGGCATTTATCCGGCAGACGTGTGGCTTCATATTTTTATTTCTACATATTTGATTAAGTTTGCGGTATCTTTAATTTCATTGCCTTATGCCTATgc > 1:2283796/1‑140 (MQ=255) agccagcTGTTTGATACATTTATCTTTACTGGTGTCGCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTGGCTTGATTTTTTTATTTCTACATATTTGATTAAGTTTGCGGTATCTTTGATTTCATTGCCTTATGCCTCTgc > 2:1221495/1‑140 (MQ=255) agccagcTGTTTGATACATTTATATTTAGTGGTGTCGCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTTGGTTGATATTTTTAATTATACATAATTGATTAAGTTTGCGGTAACTTTGATTTAATTTCCTTAATACTATgc > 1:3069188/1‑140 (MQ=255) agccagcTGTTTGATACATTTATATTTACTGGTGTCGCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTGGCTTCATATTTTTATTTCTACATATTTGATTAAGTTTGCTGTATCTTTGATTTCATTGCCTTATGCCTAttc > 2:1658925/1‑138 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tataTTTACTGGTGTCGCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTGGCTTCATATTTTTATTTCTACATATTTGATTAAGTTTGCGGTATCTTTGATTTCATTGCCTTATGCCTATGCAGC‑AAAAAAAATGATACCGa < 1:12296/140‑1 (MQ=255) ttACTGGTGTCGCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTGGCTTCATATTTTTATTTCTACATATTTGATTAAGTTTGCGGTATCTTTGATTTCATTGCCTTATGCCTATGCAGC‑AAAAAAAATGATACCGAatgat < 2:1041853/140‑1 (MQ=255) aCTGGTGTCGCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTGGCTTCATATTTTTATTTCTACATATTTGATTAATTTTTCGGTATCTTTGATTTAATTTCCTTATGCCTATGCAGC‑AAAAAAAATGATACCGAAagatga > 1:3206482/1‑140 (MQ=255) aCTGGTGTCGCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTGGCTTCATATTTTTATTTCTACATATTTGATTAATTTTGCGGTATCTTTGATTTCATTGCCTTATGCCTATGCAGC‑AAAAAAAATGATACCGAAtgatga > 2:1952810/1‑140 (MQ=255) aCTGGTGTCGCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTGGCTTCATATTTTTATTTCTACATATTTGATTAAGTTTGCGGTATCTTTGATTTCATTTCCTTATGCCTATGCAGC‑AAAAAAAATTATACCGAAtgatga > 2:3177474/1‑140 (MQ=255) aCTGGTGTCGCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTGGCTTCATATTTTTATTTCTACATATTTGATTAAGTTTGCGGTATCTTTGATTTCATTGCCTTATGACTATGCAGC‑AAAAAAAATGATACAGAAtgatga > 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aCTGGTGTCGCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTGGCGTCATATTTTTATTTATACATATTTGATTAATTTTTCGGTATCTTTGATTTCATTTCCTTATGCCTATGCAGC‑AAAAAAAATGAAACCGAAagatga > 1:2308423/1‑140 (MQ=255) aCTGGTGTCGCTTTTTTCCGCATTTATCCTGCAGGCGGTTGGCTTCATATATTTATTTCTACAAATTTGATTAAGTTTTCGGTATCTGTGATTTCATTGGCTTATGCCTATGCAGC‑AAAAAAAAAGATCCAGaaacagga > 1:3327712/1‑134 (MQ=255) tGGTGTCGCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTGGCTTCCTATTTTTATTTCAACATATTTTATTAAATTTGCGGTATATTTGATTTAATTGACTTATGCCTAAGCAGC‑AAAAAAAATGATAACGAATTAAGaaa > 1:1097473/1‑140 (MQ=255) ggTGTCTCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTGGCTTCATATTTTTATTTCTACATATTTGATTAAGTTTGCGGTATCTTTGATTTCATTGCATTATGCCTATCCAGC‑AAAAAAAATGATACCGAATGATGAAAg < 2:3047365/140‑1 (MQ=255) ggTGTCGCTTTTTTCGTCATTTATCCTGCACGCGTTTGGCTTCATATTTTTATTACTACAGATTTGATTAAGTTTGCGGTATCTTTGATTTCATTTCCTTATGCCTATGCAGC‑AAAAAAAATGATACCGAATGATGAAAg < 2:3355308/140‑1 (MQ=255) ggTGTCGCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTGGCTTCATATTTTTATTTCTACATATTTGATTAAGTTTGCGGTATCTTTGATTTCATTGCCTTATGCCTATGCAGC‑AAAAAAAATGATACCGAATGATGAAAg < 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1:556814/140‑1 (MQ=255) | GTACAGCAGTCAGCCAGCTGTTTGATACATTTATATTTACTGGTGTCGCTTTTTTCGGCATTTATCCTGCAGGCGTTTGGCTTCATATTTTTATTTCTACATATTTGATTAAGTTTGCGGTATCTTTGATTTCATTGCCTTATGCCTATGCAGC‑AAAAAAAATGATACCGAATGATGAAAGGAGTTCATAATGCCTACAGAAATATATGTAGACGGCGCAAGCGCCGGTAATCCCGGACTATCCGGGATCGGCATTTTTATCAAACATGAAGGAA > NZ_CP034943/2179502‑2179776 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |