| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NZ_CP034943 | 177,101 | G→T | 9.1% | M1F (TTG→TTT) † | EO946_RS01025 → | SulP family inorganic anion transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 177,101 | 0 | G | T | 9.1% | 511.9 / 8.9 | 201 | M1F (TTG→TTT) † | EO946_RS01025 | SulP family inorganic anion transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/118); new base T (23/2); total (81/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.37e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
CCTTGCCTCAAAACAACATACTCAACGTGTCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTCCTTTCATTTCTCCCGTAAAATAAAGAAAGCTCCCAATACAACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTA‑TATTTGAATAATAGTTTTACATTAAAGCAGCAATGGTTCGGGAATATCCGAAAAGACATTCTTGCTGGCATTTTAGTTGCGTTAGCATTAATACCTGAAGCAATTGGCTTTTCTATTATAGCCGGTGTTGATCCGATGGTCGGT > NZ_CP034943/176962‑177239 | ccTTGCCTCAAAACAACATACTCAACGTGTCCTCTTGTTCTCCGGTCGTGTTCCGTTAATTTCTCCCGTGAAATAAATAAAGCTCCCAATACAACACAAAAGGTGCGGCTTTATTTTTTAAAAAGGAGTGGTTC‑TATATg > 2:2964277/1‑140 (MQ=255) tGCCTCAAAACAACATACTCAACGTGTCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTCCTTTCATTTCTCCCGTAAAATAAAGAAAGCTCCCAATACAACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTA‑TATTTGaat < 2:1348782/140‑1 (MQ=255) tGCCTCAAAACAACATACTCAACGTGTCCTCTTTTTCTCCGGTCGTGTTGGTTTGAATTATCCCCTAAAAAAAAAAAATCGCCCAAAAAAAAAAAAAACGGGGGGGTTTATTTTTTTAAAAAGAGTCGttg‑tatttgtat > 1:292643/1‑140 (MQ=255) ccTCAAAACAACATACTCAACGTGTCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTCCTTTCATTTCTCCCGTAAAATAAAGAAAGCTCCCAATACAACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTA‑TATTTGaataa < 1:1372046/140‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |