| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (66/89); new base A (50/0); total (117/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.29e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
CTTGCGTATTTGATCAAAATTTAATATGATACTCTTTGTATAATAACTCCTTGCCTCAAAACAACATACTCAACGTGTCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTCCTTTCATTTCTCCCGTAAAATAAAGAAAGCTCCCAATAC‑AACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATATTTGAATAATA‑GTTTTACATTAAAGCAGCAATGGTTCGGGAATATCCGAAAAGACATTCTTGCTGGCATTTTAGTTGCGTTAGCATTAATACCTG > NZ_CP034943/176914‑177192 | cTTGCGTATTTGATCAAAATTTAATATGATACTCTTTGTATAATAACTCCTTGCCTCAAAACAACATACTCAACGTGTCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTCCTTTCATTTCTCCCGTAAAATAAAGAAAGCTCCCAATac < 2:780214/140‑1 (MQ=255)cTTGCGTATTTGATCAAAATTTAATATGATACTCTTTGTATAATAACTCCTTGCCTCAAAACAACATACTCAACGTGTCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTCCTTTCATTTCTCCCGTAAAATAAAGAAAGCTCCCAATac < 2:448772/140‑1 (MQ=255)cTTGCGTATTTGATCAAAATTTAATATGATACTCTTTGTATAATAACTCCTTGCCTCAAAACAACATACTCAACGTGTCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTCCTTTCATTTCTCCCGTAAAATAAAGAAAGCTCCCAATac < 2:4407300/140‑1 (MQ=255) tGCGTATTTGATCAAAATTTAATATGATACTCTTTGTATAATAACTCCTTGCCTCAAAACAACATACTCAACGTGTCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTACTTTAATTTCTCCCGTAAAATAAAAAAATCTCCCAATac‑aa > 2:2373594/1‑140 (MQ=255) 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1:2435564/140‑1 (MQ=255) gaaagCTCCCACTAC‑AACAACGACGGTGCGGATTTATTTTTTAAACAGGAGTCGTTATATTTGAATAATA‑GATTTACAATAAAGCAGCAATGGTTCGGGAATATCCGAAAAGACATTCTTGCTGGCATTTTAGTTGCGtt < 1:1998441/140‑1 (MQ=255) gaaagCTCCCAATAC‑AACAACTACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATATTTGAATAATA‑GTTTTACATTAAAGCAGCAATGGTTCGGGAATATCCGAAAAGACATTCTTGCTGGCATTTTAGTTGCGtt < 1:1845153/140‑1 (MQ=255) gaaagCTCCCAATAC‑AACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATATTTGAATAATA‑GTTTTACATTAAAGCAGCAATGGTTCGGGAATATCCGAAAAGACATTCTTGCTGGCATTTTAGTTGCGtt < 1:951368/140‑1 (MQ=255) gaaagCTCCCAATAC‑AACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATATTTGAATAATA‑GTTTTACATTAAAGCAGCAATGGTTCGGGAATATCCGAAAAGACATTCTTGCTGGCATTTTAGTTGCGtt < 1:2593819/140‑1 (MQ=255) gaaagCTCCCAATAC‑AACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATATTTGAATAATA‑GTTTTACATTAAAGCAGCAATGGTTCGGGAATATCCGAAAAGACATTCTTGCTGGCATTTTAGTTGCGtt < 2:3298639/140‑1 (MQ=255) aagCTCCCAATAC‑AACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATATTTGAATAATA‑GTTTTACATTAAAGCAGCAATGGTTCGGGAATATCCGAAAAGACATTCTTGCTGGCATTTTAGTTGCGTTAg < 2:2835524/140‑1 (MQ=255) cTCCCAACAC‑AACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATATTTGAATAATA‑GTTTTACATTAAAGCAGCAATGGTTCGGGAATATCCGAAAAGACATTCTTGCTGGCATTTTAGTTGCGTTAGCAt > 1:4357116/1‑140 (MQ=255) tCCCAATAC‑AACAAATCCGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATATTTGAATAATA‑GTTTTACATTAAAGCAGCAATGGTTCGGGAATATCCGAAAAGACATTCTTGCTGGCATTTTAGTTGCGTTAGCAtt < 2:1854172/140‑1 (MQ=255) tCCCAATAC‑AACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATATTTGAATAATA‑GTTTTACATTAAAGCAGCAATGGTTCGGGAATATCCGAAAAGACATTCTTGCTGGCATTTTAGTTGCGTTATCAtt > 2:721534/1‑140 (MQ=255) tCCCAATAC‑AACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATATTTGAATAATA‑GTTTTACATTAAAGCAGCAATGGTTCGGGAATATCCGAAAAGACATTCTTGCTGGCATTTTAGTTGCGTTAGCAtt < 2:2272523/140‑1 (MQ=255) tCCCAATAC‑AACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATATTTGAATAATA‑GTTTTACATTAAAGCAGCAATGGTTCGGGAATATCCGAAAAGACATTCATGCTGGCATTTTAGTTGCGTTAGCAtt > 2:3358240/1‑140 (MQ=255) c‑aacaaATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATATTTGAATAATA‑GTTTTACATTAAAGCAGCAATGGTTCGGGAATATCCGAAAAGACATTCTTGCTGGCATTTTAGTTGCGTTAGCATTAATACCTg < 1:1258698/140‑1 (MQ=255) c‑aacaaATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATATTTGAATAATA‑GTTTTACATTAAAGCAGCAATGGTTCGGGAATATCCGAAAAGACATTCTTGCTGGCATTTTAGTTGCGTTAGCATTAATACCTg < 1:2227189/140‑1 (MQ=255) | CTTGCGTATTTGATCAAAATTTAATATGATACTCTTTGTATAATAACTCCTTGCCTCAAAACAACATACTCAACGTGTCCTCTTTTTCTCCGGTCGTTTTCCTTTCATTTCTCCCGTAAAATAAAGAAAGCTCCCAATAC‑AACAAATACGGTGCGGATTTATTTTTTAAAAAGGAGTCGTTATATTTGAATAATA‑GTTTTACATTAAAGCAGCAATGGTTCGGGAATATCCGAAAAGACATTCTTGCTGGCATTTTAGTTGCGTTAGCATTAATACCTG > NZ_CP034943/176914‑177192 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |