| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NZ_CP034943 | 3,394,367 | 0 | C | G | 26.7% | 420.2 / 32.7 | 222 | G178A (GGA→GCA) | ppaX | pyrophosphatase PpaX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/101); new base G (52/0); total (121/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.15e-21 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
ACGATCTGTTTTTCTCACAGATTACTTCACTCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAGCA‑CATCGTGGTAATTATCTCCGACCATAATGGCTTCCGCCGGCTCGCTTCCTAGCTGTTTCAGCGCTAAAAGCACAGGCTCGGGATCAGGCTTTGCCATCGTCACATCATCA > NZ_CP034943/3394228‑3394498 | tCTGTTTTTCTCACAGATTACTTCACTCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTACGGc > 2:2839018/1‑140 (MQ=255) gTTTTTCTCACAGATTACTTCACTCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTGTTGTTGCGGCGtt > 1:3323752/1‑140 (MQ=255) ttCTCACAGATTACTTCACTCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTc < 2:4629897/140‑1 (MQ=255) ctcACAGATTACTTCACTCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTccc < 2:4153141/140‑1 (MQ=255) aGATTACTTCACTCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTTTTGCGGCGTTTTTGCCTggcc > 1:1214298/1‑137 (MQ=255) aGATTACTTCACTCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCa < 1:3251500/140‑1 (MQ=255) aGATTACTTCACTCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGGTTTTGCCTGCCa > 1:2163335/1‑140 (MQ=255) ttACTTCCCTACAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAACCATATACTCAGGCTCATGCTTTGCCACTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCCTGCGACTCCGGCCGTTTTGGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAGca < 2:3810194/140‑1 (MQ=255) ttACTTCACTCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAGca < 1:2595063/140‑1 (MQ=255) cTTCACTCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAGCA‑CAt < 1:3892553/140‑1 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2:2399046/140‑1 (MQ=255) ccGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAGCA‑CATCGTGGTAATTATCTCCGACCATAATGGCTTCCGCCGGCTCGCTTCCTAGCTGTTTCAGCGCTAAAAGCACAGGCTCGGGATCAGGCTTTGCCATCGTcac < 2:2628270/140‑1 (MQ=255) ccGGCCGTTTTTGGTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAGCA‑CATCGTGGTAATTATCTCCGACCATAATGGCTTCCGCCGGCTCGCTTCCTAGCTGTTTCAGCGCTAAAAGCACAGGCTCGGGATCAGGCTTTGCCATCGTcac < 1:3346662/140‑1 (MQ=255) cGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAGCA‑CATCGTGGTAATTATCTCCGACCATAATGGCTTCCGCCGGCTCGCTTCCTAGCTGTTTCAGCGCTAAAAGCACAGGCTCGGGATCAGGCTTTGCCATCGTcaca < 2:4283064/140‑1 (MQ=255) cGGCAGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAGCA‑CATCGTGGTAATTATCTCCGACCATAATGGCTTCCGCCGGCTCGCTTCCTAGCTGTTTCAGCGCTAAAAGCACAGGCTCGGGATCAGGCTTTGCCATCGTcaca < 2:3432361/140‑1 (MQ=255) tttttGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAGCA‑CATCGTGGTAATTATCTCCGACCATAATGGCTTCCGCCGGCTCGCTTCCTAGCTGTTTCAGCGCTAAAAGCACAGGCTCGGGATCAGGCTTTGCCATCGTCACAtcatca < 1:1861666/140‑1 (MQ=255) tttttGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAGCA‑CATCGTGGTAATTATCTCCGACCATAATGGCTTCCGCCGGCTCGCTTCCTAGCTGTTTCAGCGCTAAAAGCACAGGCTCGGGATCAGGCTTTGCCATCGTCACAtcatca < 2:650075/140‑1 (MQ=255) tttttGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAGCA‑CATCGTGGTAATTATCTCCGACCATAATGGCTTCCGCCGGCTCGCTTCCTAGCTGTTTCAGCGCTAAAAGCACAGGCTCGGGATCAGGCTTTGCCATCGTCACAtcatca < 2:3257405/140‑1 (MQ=255) | ACGATCTGTTTTTCTCACAGATTACTTCACTCCAACGATTTGTAATAGATCACTCATTTTCTCAAGCATATAATCAGGCTCATGCTTTGCCAGTGTTTCCGGCCCTTTAATCGTCCATGCGACTCCGGCCGTTTTTGTTCCGGCGTTTTTCCCTGCCAGCA‑CATCGTGGTAATTATCTCCGACCATAATGGCTTCCGCCGGCTCGCTTCCTAGCTGTTTCAGCGCTAAAAGCACAGGCTCGGGATCAGGCTTTGCCATCGTCACATCATCA > NZ_CP034943/3394228‑3394498 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |