| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 2,991,227 | T→G | 24.4% | intergenic (+28/‑179) | gbsR → / → bslA | transcriptional regulator GbsR/biofilm‑surface layer protein BslA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,991,227 | 0 | T | G | 24.4% | 348.6 / 70.5 | 228 | intergenic (+28/‑179) | gbsR/bslA | transcriptional regulator GbsR/biofilm‑surface layer protein BslA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (56/108); new base G (60/2); total (116/112) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-19 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
ATACGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑AC‑AAATTTGAAAAAT‑ACGGGAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGT‑AAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGG > NZ_CP034943/2991091‑2991363 | ataCGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAACTTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGtgttt > 2:2564823/1‑140 (MQ=255)ataCGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGtgttt > 2:7536299/1‑140 (MQ=255) cGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGACACCGGGCGTGTTtgtg > 1:4069787/1‑140 (MQ=255) cGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGtgtttttt > 1:7403962/1‑139 (MQ=255) 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1:495164/1‑140 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTGTTTGTTGTTTTTTTTGTAATTAAT‑AC‑aaa > 1:853005/1‑140 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACAGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTTTTCGTTTTTTTTTAATTACG‑Aa‑aaa > 2:892473/1‑140 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATAACGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTATTTTTTATGTTATTAAT‑Aa‑aaa > 2:6724937/1‑140 (MQ=255) aCTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGTTTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGACACCGGGCGTTTTTTTGTTGTTTTTTATTTAATTACT‑AC‑AAAt > 2:4109985/1‑140 (MQ=255) aCTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTTTTGTTTTTTATTTAATTAAT‑Aa‑aaaa > 2:2734923/1‑139 (MQ=255) 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ATACGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACT‑AC‑AAATTTGAAAAAT‑ACGGGAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGT‑AAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGG > NZ_CP034943/2991091‑2991363 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |