| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,830,523 | 0 | C | G | 27.9% | 371.9 / 43.0 | 210 | L89V (CTT→GTT) | brnQ | branched‑chain amino acid transport system II carrier protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (67/83); new base G (58/0); total (126/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.33e-16 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
CGATGACAGGCTTTCTCGTGACGGGTGTCGGCCTGCCGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGACCGC‑TGTTTGCAATTCCGCGAACAGGCACTGTTTCTTATGAAATTGCGGCTGTACCTTTTGTAGGCGGCATGCCGGCATGGCTCACACTTCTTATTTTTACGTTTCTTTTCTTTGCTGTTAC > NZ_CP034943/2830389‑2830662 | cGATGACAGGCTTTCTCGTGACGGGTGTCGGCCTGCCGCTGTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTGCgttat > 1:2440143/1‑140 (MQ=255) tGACAGGCTTTCTCGTGACGGGTGTCGGCCTGCCGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGACCCATTTTTACAGTCGTTCgttattta > 1:2645707/1‑140 (MQ=255) ttCTCGTGACGGGTGTCGGCCTGCCGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGa < 1:1879907/140‑1 (MQ=255) tcGTGACGGGTGTCGGCCTGCCGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGACCg < 1:995005/140‑1 (MQ=255) gtgaatggTGTCTGCCTGCACCTTTTAGGCGTTCTATCTGTTGCTTTAACAGGTACACATACTAAAAGACTGGCAGATAAAGCACATCAGGTCTTTGGAACAAATGTTACAGTGGGACTTTAATTGACAAACCGTCCGcg > 2:2279799/7‑139 (MQ=255) gTGACGGGTGTCGGCCTGCCGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTGACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGACCGC‑t < 2:3291376/140‑1 (MQ=255) gTGACGGGTGTCGGCCTGCCGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGACCGC‑t < 2:950298/140‑1 (MQ=255) gTGACGGGTGTCGGCCTGCCGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGACCGC‑t < 2:1928342/140‑1 (MQ=255) gTGACGGCTGTGGGCCTGCCGCTTTTAGGTGTTCTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGACCGC‑t < 2:2090082/140‑1 (MQ=255) aCGGGTGTCGGCCTGCCGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTGGTTTATTTAACAAACGGACCCC‑TGtt > 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ccGCTTTTAGGTGTTGTCGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGGACATCCGGTCTTGGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAACCATCGGACCGC‑TGTTTGCAATTCCGCGAAc < 1:1327153/140‑1 (MQ=255) ccGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTCAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGACCCAGTTTTACAGTCGGTCTGTATTTAACAATCGGACCGCGTGTTT‑CAATTAcgcccac > 2:1441307/1‑136 (MQ=255) ccGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGACCGC‑TGTTTGCAATTCCGCGAAc < 1:3565237/140‑1 (MQ=255) ccGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGACCGC‑TGTTTGCAATTCCGCGAAc > 2:978251/1‑140 (MQ=255) tAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGACCGC‑TGTTTGCAATTCCGCGACCAGGCACt < 1:667576/140‑1 (MQ=255) gtgtTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGACCGC‑TGTTTGCAATTCCGCGAACAGGCACTGtt < 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tgtAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTGCTGTATTTAACAATCGGACCCC‑TGTTTGCAAATCCGCGAACAGGCACGGTTTGtt > 1:1426082/1‑140 (MQ=255) gTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTGTTTATTTAAAAATCGGAGCGC‑TGTTTTCAATTCCGCGAAAACGCCCGGTTTGTTATTAAAt > 1:1505521/1‑140 (MQ=255) gTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTGGTTTTTTAACAATCGGACCGG‑TGTTTGCAAATACCCGAACAGGCACGTGTTCGTATGAAAt > 1:3296710/1‑140 (MQ=255) tGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGACCGC‑TGTTTGCAATTCCGCGAACAGGCACTGTTTCTTATGAAATTg < 2:244540/140‑1 (MQ=255) tGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAAAAATCGGACCGC‑TGTTTTCAATTCCGCGAACAGCCACGGGTTATTATGAAATTg > 2:3111551/1‑140 (MQ=255) gCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACCGTCGTTGTTTTTTTTACAATCGGCCCGC‑GGTTTGGAATTCAGCGAAAACGGCCTGTTTGTGATGAAAtttg > 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1:3451129/140‑1 (MQ=255) ttCTTTATTTAACAATCGGACCGC‑TGTTTGCAAATCCGCGAACAGGCACTGTTTCTTATGAAATTGCGGCTGTACCTTTTGTAGGCGGCATGCCGGCATGGCTCACACGTCTTATTTTTACGTTTCTTTTCTTTGCTGtt < 1:2872057/140‑1 (MQ=255) cTTTATTTAACAAACGGACCGC‑TGTTTGCAATTCCGCGAACAGGCACTGTTTCTTATGAAATTGCGGCTGTACCTTTTGTATGCGGCATGCCGGCATGGCTCACACTTCGTATGTTTTCGTTTCTTTTATTTTCTGTTAc > 2:2823136/1‑140 (MQ=255) | CGATGACAGGCTTTCTCGTGACGGGTGTCGGCCTGCCGCTTTTAGGTGTTGTAGCTGTTGCTTTAACAGGTACAGATGCTAAAGGCCTTGCAGATAAAGCACATCCGGTCTTTGGAACCATTTTTACAGTCGTTCTTTATTTAACAATCGGACCGC‑TGTTTGCAATTCCGCGAACAGGCACTGTTTCTTATGAAATTGCGGCTGTACCTTTTGTAGGCGGCATGCCGGCATGGCTCACACTTCTTATTTTTACGTTTCTTTTCTTTGCTGTTAC > NZ_CP034943/2830389‑2830662 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |