| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.57e-29 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
CAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑A‑CGCCTGGGAAACCGGGC‑‑GTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATTACTACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAAC‑ATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAAT > NZ_CP034943/2991098‑2991374 | aGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCTGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑A‑CGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTTTTTTGTTAtttttttt > 1:1445533/1‑138 (MQ=255) aGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑A‑CGCCTGGGAAACCGGGC‑‑GTtgtttttttgtttttttttt > 1:1542794/1‑136 (MQ=255) ctctAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑A‑CGCCTGGGAAACCGGGC‑‑GTTTTTTTGTTATTTTTTATGTaa > 2:1482607/1‑140 (MQ=255) tAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑A‑CGCCTGGTAAACCGGGC‑‑GTTTTTGTGTTCTGTTTTATGTAATta > 1:2839952/1‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |