| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,991,252 | 0 | C | A | 25.9% | 256.8 / 23.7 | 136 | intergenic (+53/‑154) | gbsR/bslA | transcriptional regulator GbsR/biofilm‑surface layer protein BslA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/74); new base A (34/1); total (61/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.90e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
AAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑ACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATT‑ACT‑ACAAATTTGAAAAAT‑AC‑GGGAAAAACATCCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTTATAACTTT > NZ_CP034943/2991114‑2991388 | aaGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAACCAAAGTAAAACAAAA‑ACGCCTGGGAAACCGGGCGTGGTTTTGTTGTTGTTTATGTTATt‑tct > 1:2097923/1‑140 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑ACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTTTTATTTTTTATGTAAAT‑AAT‑Aaaaa > 2:377279/1‑140 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑ACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTGTTTTTTATGTAATT‑ACA‑ACaaa > 2:1441220/1‑140 (MQ=255) aCTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAA‑ACGCCTGGGAAACCGGGCGTTTTTTTGTTCTTTTTTATGTAATT‑ACT‑ACAAAt > 2:602276/1‑140 (MQ=255) 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|
| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |