| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP034943 | 2,502,244 | T→G | 11.5% | H273P (CAC→CCC) | hrcA ← | heat‑inducible transcriptional repressor HrcA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,502,244 | 0 | T | G | 11.5% | 244.8 / 3.0 | 132 | H273P (CAC→CCC) | hrcA | heat‑inducible transcriptional repressor HrcA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/41); new base G (19/3); total (88/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
ATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGTGAT > NZ_CP034943/2502108‑2502382 | ttCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTACCGATTTTAATAGAAATCCCCGGGGGTgg > 1:1957445/1‑140 (MQ=255) ttCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTgg > 1:2859972/1‑140 (MQ=255) ttCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGGGGGTgg > 1:2226890/1‑140 (MQ=255) ttCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTACCGATTTTAATCGAAATCCCCGGGTGTgg > 1:2746212/1‑140 (MQ=255) ttCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTGTCTTTCCCGATTTTAATCGAAAACCCCGTGTGTgg > 2:147052/1‑140 (MQ=255) gCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTCCCGATTTTAATCGAAATACCCGTGTGTGGGGAtt > 1:209703/1‑140 (MQ=255) gCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTGCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGAtt > 1:1844181/1‑140 (MQ=255) gCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTATTTCCCGATTTTAATAGAAATCACCGGGTGTGGGGAtt > 1:1236529/1‑140 (MQ=255) tCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACg < 1:109199/140‑1 (MQ=255) tCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACg < 1:2387057/140‑1 (MQ=255) tCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACg < 2:2219306/140‑1 (MQ=255) tCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCAGAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACg < 1:3543027/140‑1 (MQ=255) tCGGACCGATGATCGAAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACg < 1:270503/140‑1 (MQ=255) aCCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑t < 2:542259/140‑1 (MQ=255) atgatCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCCGTTGTCGATCTCTTCATAGTCGTTGTCTTTCAAGATTTTAATCGAAATCCCCGTTGGTGGGGGTTTAACGAGC‑TTTaa > 2:2082448/1‑140 (MQ=255) atgatCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGCTTGAACGAGC‑TTTaa > 2:1528164/1‑140 (MQ=255) atgatCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGGTTGGGGCTTGAACGTGC‑TTTaa > 2:132003/1‑140 (MQ=255) tCGCAAGTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCCTAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACa < 2:19239/140‑1 (MQ=255) cGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTCAAGAATTTAATAGAAAAACACGGGTGTGTGTATTTAAAGACA‑GTTaaaaaaa > 1:1123609/1‑137 (MQ=255) cGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTACCGATATTAATCGAAATACCCGGGTGTGGGGATTTAACGAGC‑GTTAAAAAAt > 1:1991602/1‑140 (MQ=255) cGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTACCGAATTTAATAGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTTAACCAGC‑ATTAAAAAAt > 1:708467/1‑140 (MQ=255) cGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGCTTTTAATAGAAATACCCGGGTGGGGGGATTGAAAGAGC‑GTTaaaaaaa > 1:1398501/1‑137 (MQ=255) ttGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTGCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAAGGAGC‑GTTAAAACATCCTGt > 2:2367401/1‑140 (MQ=255) ttGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAAAGAGC‑TTTAAACACTCCTGt > 2:3554356/1‑140 (MQ=255) ttGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGGGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACAACCTGt > 2:1972963/1‑140 (MQ=255) ttGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTACCGATTTTAATAGAAAAACCCGTGGGTGGGGCTTGAACGAGC‑GTTAAAACAACCAGt > 2:404363/1‑140 (MQ=255) ccGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCttt < 2:1155583/140‑1 (MQ=255) ccGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCGGTTCttt > 2:856352/1‑140 (MQ=255) gATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCttttt < 2:1109981/140‑1 (MQ=255) aTCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTCCCGCTTTTAATCGACAGACCCCTGTGGGGGGCTTTAGGGAGC‑GTTAAAAGACCCTGTTAtttttt > 1:576487/1‑139 (MQ=255) aTCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTTTTCttttta > 2:2906402/1‑139 (MQ=255) cTGCTTCTGATCAACTGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCaa < 1:338809/140‑1 (MQ=255) cTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCaa < 2:922913/140‑1 (MQ=255) cTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTCTTTGCCGATTTTAATAGAAAACCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGG‑TTTAAAACATCCTGGTCTTTTTCaa > 1:2207261/1‑140 (MQ=255) cTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTGTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGGGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAAAATCAGGTTCTTTTTCaa > 2:161967/1‑140 (MQ=255) cTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCAACTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCaa < 1:3954796/140‑1 (MQ=255) cTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGGGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAAAATACTGTTCTTTTTAAATTa > 1:460688/1‑140 (MQ=255) cTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTGCCGATTTTAATCGAAATCCCCGGGTGTGGGGATTGTACGCGC‑TTTAAAACATCGGGTTGTTTTTGAAttt > 1:3097218/1‑139 (MQ=255) cTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCCATTTTAATAGAAATACCCGGGGGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTa > 1:2796718/1‑140 (MQ=255) tGATAAACGCAATAAGAAGCAGTAATCAGACTGCATTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCTTTTTTAATCGAATTCCCCGTGTGTGGGTTTTGAACCAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATga < 2:2994268/140‑1 (MQ=255) aTCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGGGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTAAATTAATgaga > 2:644740/1‑140 (MQ=255) aTCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATACCCGTGTGTGGGGATTTAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATgtga > 2:1671229/1‑140 (MQ=255) agggAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCTATTTTAATCTAAATCCCCGTGTGTGGGGTTTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAg < 1:695015/138‑1 (MQ=255) cGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTGTTTACCCATTTTAATACAAAAACCCCTGGGTGGGGATTGAAAGAGC‑TTTAAAACATCCGGTTCTTTTTTAATTAATGATAGAAGc > 1:535014/1‑140 (MQ=255) cGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATACAAATCCCCGTGGGTGGGGATTGAACCAGC‑TTTAAAAAATCCTGTTATTTTTCAAATAATGATAGaacc > 1:3082264/1‑138 (MQ=255) gAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGa < 2:678224/140‑1 (MQ=255) gAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGa < 2:1788319/140‑1 (MQ=255) gAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGa < 2:1433463/140‑1 (MQ=255) aTAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGAcc < 1:1388670/140‑1 (MQ=255) aTAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGAcc < 2:2859972/140‑1 (MQ=255) aTAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGGGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGAcc < 2:2226890/140‑1 (MQ=255) aTAAGAAGCAGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTAAATTAATGAGAGAAGCGAcc < 1:1651842/140‑1 (MQ=255) tAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCg < 2:3874359/140‑1 (MQ=255) tAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCg < 2:2110623/140‑1 (MQ=255) tAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCg < 2:139783/140‑1 (MQ=255) cgaagCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCCTCTCTTCATAGTCGTTTACTTGCCCGATTTTAATCGAAAGCCCCGGGGGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATCAGAGAAGCGACCGaa < 2:1565798/139‑1 (MQ=255) aagCCGTAATCAGACTGCAGTATTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAAct < 1:3222071/140‑1 (MQ=255) gCCGTAATCAGCCTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGGGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAAGATCCGGTTCTTTTTCAATTAATTAGCGAAGCGACCGAActct > 2:2454316/1‑140 (MQ=255) cGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATGCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTgg > 2:2128881/1‑140 (MQ=255) cGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATTAGAGAAGCGACCGAACTCTgg > 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cGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGt > 1:195650/1‑140 (MQ=255) cGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGt > 1:3978562/1‑140 (MQ=255) | ATTCATGCGGGTCGGACCGATGATCGCAATTGAGCCGATCTGCTTCTGATCAACGGAATAAGAAGCCGTAATCAGACTGCAGTTTTCCATCTCTTCATAGTCGTTTTCTTTCCCGATTTTAATCGAAATCCCCGTGTGTGGGGATTGAACGAGC‑TTTAAAACATCCTGTTCTTTTTCAATTAATGAGAGAAGCGACCGAACTCTGGTGATATCATGGAACTCCGGCTGGTTCAGCATATTGATTTTTCCGCCGAAAAACAATTTTTCAACGTGAT > NZ_CP034943/2502108‑2502382 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |