| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP034943 | 3,496,395 | A→T | 5.1% | S345T (TCA→ACA) | EO946_RS17995 ← | glucosaminidase domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 3,496,395 | 0 | A | T | 5.1% | 954.2 / 4.7 | 313 | S345T (TCA→ACA) | EO946_RS17995 | glucosaminidase domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (80/207); new base T (15/2); total (103/210) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.73e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
TTCCAGTTGCTTTTTTCGTTGCCTTTACTTTTTTCTGAGAAAAGAAGGCTGCGGCTTTGTTTGCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCG‑TTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCT > NZ_CP034943/3496257‑3496532 | aGTTTCTTTTTTCTTTGCCTTTACTTTTTTCTGAGAAAATAAGGATTAGGCTTTGTTTGCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCAGTAGTTATTGGATAGGCTTTAGACAAGGTCG‑TTTTTTTGAATCGTGATGTCgtgt > 2:5283192/1‑140 (MQ=255) tGCTTTTTTCGTTGCCTTTACTTTTTTCTGAGAAAAGAAGGCTGCGGCTTTGTTTGCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCG‑TTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAAt < 2:5212038/140‑1 (MQ=255) ttttttCGTTGCCTTTACTTTTTTCTGAGAAAAGAAGGCTGCGGCTTTGTTTGCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCG‑TTTTTTTTATGCTGGATGACGTGTAATGcc > 2:2819272/1‑140 (MQ=255) tGCCTTTACTTTTTTCTGAGAAAAGAAGGCTGCGGCTTTGTTTGCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCG‑TTTTTTTTTTGCTGGATTACGTGTAATGCCAttttttgt > 2:609156/1‑138 (MQ=255) 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2:1043208/1‑136 (MQ=255) ggTCG‑TTTTTTTGGTGCTGGTTGACGTGTAATTCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTTCAGCGGCTGTTTCGTTAACCCCTTGATATTCACTGTATATTATTTGCTTTTTTCTACCTGTTGATAACttc > 2:5739757/1‑138 (MQ=255) ggTCG‑TTTTTTTGATGCTTGATTACGTGTAATTCCATTTTTTATTTTTAAATAAAGTGTCTATCTTTTTAAGCTGCATTTTCGTTAAACCCTTCATATTGACTTTATATGAATTTCTTTTTTAAACCGGTTGATTAATGc > 2:326470/1‑140 (MQ=255) ggTCG‑TTTTTTTGATGCTGGCTGACGTGTAAAGCCATTTTTTATTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTTCAGCTGCTTTTTCGTTAACCCCTTCATATTAAATGTATATGATTTGCTTTTTTAAACCTGTTTATaaattc > 2:5583941/1‑136 (MQ=255) ggTCG‑TTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTc < 1:3918066/100‑1 (MQ=255) gTCG‑TTTTTTTTATTCTGGATTACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAATAAAGTGTCGATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAAACCCTTCATATTGAATGTATATGATGTGCTTTTGTGAACCTGGTTATaaattcc > 2:1799656/1‑135 (MQ=255) gTCG‑TTTTTTTTAAGCTGGATGACGTGTAATGCCAGTTTTTATATTTAAAGAAAGTGTGTATCTGTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACACCATCATAATAACTCTATATTATTTGCTTTTTTCAACCTGTTGATaaattcc > 2:3589935/1‑135 (MQ=255) 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(MQ=255) gATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTGTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCtttt < 1:5767397/140‑1 (MQ=255) | TTCCAGTTGCTTTTTTCGTTGCCTTTACTTTTTTCTGAGAAAAGAAGGCTGCGGCTTTGTTTGCTTGCTGCTCGCCTAAAATCTGCGCCGTCGTTATTGGATAGGCTGTAGACATGGTCG‑TTTTTTTGATGCTGGATGACGTGTAATGCCATTTTTTCTTTTTAAAGAAAGTGTCTATCTTTTGCAGCTGCTGTTTCGTTAACCCCTTCATATTCACTGTATATGATGTGCTTTTGTCAACCTGTTGATAACTGCCTGATACGCCGGTGCTTTTCT > NZ_CP034943/3496257‑3496532 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |