| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,991,227 | 0 | T | G | 24.7% | 142.7 / 14.3 | 90 | intergenic (+28/‑179) | gbsR/bslA | transcriptional regulator GbsR/biofilm‑surface layer protein BslA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/38); new base G (22/0); total (51/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATACGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGG > NZ_CP034943/2991091‑2991363 | ataCGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGt‑gttt > 1:2451466/1‑140 (MQ=255) cGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTg > 2:250228/1‑140 (MQ=255) cGAGCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTg > 2:361377/1‑140 (MQ=255) cgCAACTGCAAAGCACTAACGCTTACTATCATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGAAAAACA‑AACACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGtt < 1:1803212/139‑1 (MQ=255) tcagcTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGACTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGACCGGAGAAATTTTTAAATTTATACCGGTCGAAACAAAGTACAGCAGAAAACGCCTGGGAAACTAGGCGT‑TTTTTTgat > 1:1463727/5‑138 (MQ=255) gCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGt‑tttttttttg > 1:1704475/1‑139 (MQ=255) gCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TGTTTTTTT‑c > 2:1594790/1‑140 (MQ=255) gCAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGttt > 1:2224095/1‑139 (MQ=255) cAACTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TGTTTGGTT‑Ct > 2:771491/1‑140 (MQ=255) aaCTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTgtt‑gtt > 2:1306098/1‑140 (MQ=255) aaCTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTT‑Gtt > 1:1990472/1‑140 (MQ=255) aaCTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTgtt‑gtt > 1:1785858/1‑140 (MQ=255) aaCTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGACTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTT‑Gtt > 1:1595498/1‑140 (MQ=255) aaCTGGAAAGCTCTAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGAGTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTgtt‑gtt > 2:1305052/1‑140 (MQ=255) ctctAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGTTGTTTTTG‑GTTTTTTTTGTa > 1:1938933/1‑140 (MQ=255) ctctAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTaa > 2:1583554/1‑140 (MQ=255) ctctAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑ATTTTTTATGTaa > 2:452590/1‑140 (MQ=255) ctAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTTGT‑GTTTTTTATGTAAtt > 2:1016799/1‑140 (MQ=255) ctAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTT‑GTTTTTTATGTAAta > 2:1709450/1‑139 (MQ=255) tAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGACACCGGGCGT‑GTTTTTGGT‑GGTTTTTAGGTaaatg > 1:1455095/1‑137 (MQ=255) tAAAGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTGTTTGTT‑GTTTTTTTTGTAAttt > 1:1455091/1‑139 (MQ=255) aaGCTTACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTT‑TTTTTTTTTTTAATtaat > 2:216810/1‑138 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTT‑ATTTTTTATTTAATTACT‑ACaaa > 2:1735905/1‑140 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTTTT‑TTTTTTTTTTTAATTAAT‑Aaaaa > 1:2204934/1‑140 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTTTT‑CTTTTTTATGTAATTAAT‑ACaaa > 1:2491607/1‑140 (MQ=255) tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAAACGGGCGT‑TTTTTTTTT‑TGTTTTTATTTAAATAAT‑Aaaaa > 1:1710536/1‑140 (MQ=255) aCTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTT‑TTTTTTTTTGTAATTACT‑ACACAt > 1:2388852/1‑140 (MQ=255) aTTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTT‑GTTTTTTATTTAAATAAT‑AAAAAATTGaaa > 2:231580/1‑140 (MQ=255) aTTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑ATTTTTTATGTAATTACT‑ACAAAATTGaaa > 2:1089479/1‑140 (MQ=255) aTTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTT‑GTTTTTTATGTAATTAAT‑ACAAATTTGaaa > 2:459883/1‑140 (MQ=255) aTTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGCAAACCGGGCGT‑TTTGTTTTT‑ATTTTTTAAGTAATTTAA‑ACCAAATTGaaa > 2:1391420/1‑140 (MQ=255) ttGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTT‑GTTTTTTATTTAAATAAT‑AAAAAAATGaaaa > 1:518260/1‑140 (MQ=255) ggCTGAACCGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTTAAACAACGTAAAAAA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAAt < 1:1641782/140‑1 (MQ=255) ggCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTT‑GTTTTTTATTTAATTAAT‑AAAAAATTTaaaaaa > 1:2220257/1‑139 (MQ=255) gCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTT‑ATTTTTTTTTTAAATAAT‑ACAAAATTTaaaaaaa > 2:4423/1‑138 (MQ=255) cTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑GTTTTTTATGTAATTAAT‑AAAAATTTTAAAAATaa > 2:1360689/1‑139 (MQ=255) tGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGtt < 2:1158056/104‑1 (MQ=255) tGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGtt > 1:1158056/1‑104 (MQ=255) tGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTT‑GTTTTTTATTTAATTACT‑ACAAAATTGTAAAAAACg > 2:1983038/1‑140 (MQ=255) tGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGG‑TGTGGTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACG‑AAAAAATTGAATAATACg > 2:1982953/1‑140 (MQ=255) aCGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGTAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AACACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGaa < 1:1782756/140‑1 (MQ=255) aCGGCGGGCTGAAGCGGTCCCGCGCGGGGAAATTTTTAAATTTATCCCCATTCAAAAAAAGAAAAACA‑AACACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CATTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGaa < 1:1898207/140‑1 (MQ=255) ggCTTGCGGATACGCGGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAACGTAACACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGaaaa < 2:1828020/140‑1 (MQ=255) ggCTTCCTGAAACGGTCCCGACCCGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGACACAACCTACAACA‑ACCACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTGTTTATGTAATTACT‑ACAACGGGGAAAAATACGGGaaaa < 2:301113/140‑1 (MQ=255) cTTGCTGAATCGGTGCCGCGCGGTGAAATTTTTAAATTTATACCTATTCAAACAAATTAAAACA‑AACACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAAc < 1:4423/140‑1 (MQ=255) cTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GGGTTTTTT‑GTTTTTTTTTTTATTAATAAAAAATTTTAAAATAACGGGaaaaa > 1:967485/1‑140 (MQ=255) gCTGAATCGGTGAATAGCGGTGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑c < 2:1453680/140‑1 (MQ=255) cTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTAATAATA‑AAAAATTTTAAAAAAAAGGG‑AAAACAT‑cc > 1:1088781/1‑140 (MQ=255) cTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAAAAtac > 2:543316/1‑138 (MQ=255) gAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGGTTTTTTTG‑TTTTTTTTTTTATTTATT‑AAAAATTTAAAAATAAAGGTaaaaaaaagca > 1:1574159/1‑134 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑GTTTTTTATTTAATTAAT‑AAAAATTTTTAAAATACGGGAAAAAAAA‑GCCATTTAATTAAAAAAAAtt > 2:2062301/1‑140 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTTTT‑TTTTTTTTTTTTATTAAT‑AAAAAATTTTTAAATAACGGAAAAACATACCCATTTA‑TTGCAAAAGAtt > 1:1421117/1‑140 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTTTT‑GTTTTTTTTTTAATTTAT‑AAAAAATTTTAAAATAGGGGATAAAAAA‑AGCAATTAAGTGCAAAATAtt > 1:545898/1‑140 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACA‑AAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTTTT‑GTTTTTTTTTTAATTAAT‑AAAAAATTTTAAAATAAGCGAAAAACAT‑CCCCGTTACTTGCaacagatg > 1:2134241/1‑134 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |