| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP034943 | 2,991,252 | 0 | C | A | 25.0% | 142.0 / 10.3 | 75 | intergenic (+53/‑154) | gbsR/bslA | transcriptional regulator GbsR/biofilm‑surface layer protein BslA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/39); new base A (18/0); total (36/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTTATA > NZ_CP034943/2991119‑2991383 | tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTT‑ATTTTTTATTTAATTACT‑ACaaa > 2:1735905/1‑140 (MQ=255)tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTTTT‑TTTTTTTTTTTAATTAAT‑Aaaaa > 1:2204934/1‑140 (MQ=255)tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTTTT‑CTTTTTTATGTAATTAAT‑ACaaa > 1:2491607/1‑140 (MQ=255)tACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAAACGGGCGT‑TTTTTTTTT‑TGTTTTTATTTAAATAAT‑Aaaaa > 1:1710536/1‑140 (MQ=255) aCTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTT‑TTTTTTTTTGTAATTACT‑ACACAt > 1:2388852/1‑140 (MQ=255) aTTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTT‑GTTTTTTATTTAAATAAT‑AAAAAATTGaaa > 2:231580/1‑140 (MQ=255) aTTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑ATTTTTTATGTAATTACT‑ACAAAATTGaaa > 2:1089479/1‑140 (MQ=255) aTTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTT‑GTTTTTTATGTAATTAAT‑ACAAATTTGaaa > 2:459883/1‑140 (MQ=255) aTTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGCAAACCGGGCGT‑TTTGTTTTT‑ATTTTTTAAGTAATTTAA‑ACCAAATTGaaa > 2:1391420/1‑140 (MQ=255) ttGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTT‑GTTTTTTATTTAAATAAT‑AAAAAAATGaaaa > 1:518260/1‑140 (MQ=255) ggCTGAACCGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTTAAACAACGTAAAAAAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAAt < 1:1641782/140‑1 (MQ=255) ggCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTT‑GTTTTTTATTTAATTAAT‑AAAAAATTTaaaaaa > 1:2220257/1‑139 (MQ=255) gCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTT‑ATTTTTTTTTTAAATAAT‑ACAAAATTTaaaaaaa > 2:4423/1‑138 (MQ=255) cTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑GTTTTTTATGTAATTAAT‑AAAAATTTTAAAAATaa > 2:1360689/1‑139 (MQ=255) tGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTGTT‑GTTTTTTATTTAATTACT‑ACAAAATTGTAAAAAACg > 2:1983038/1‑140 (MQ=255) 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1:4423/140‑1 (MQ=255) cTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GGGTTTTTT‑GTTTTTTTTTTTATTAATAAAAAATTTTAAAATAACGGGaaaaa > 1:967485/1‑140 (MQ=255) gCTGAATCGGTGAATAGCGGTGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑c < 2:1453680/140‑1 (MQ=255) cTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTAATAATA‑AAAAATTTTAAAAAAAAGGG‑AAAACAT‑cc > 1:1088781/1‑140 (MQ=255) cTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAAAAtac > 2:543316/1‑138 (MQ=255) gAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGTGGTTTTTTTG‑TTTTTTTTTTTATTTATT‑AAAAATTTAAAAATAAAGGTaaaaaaaagca > 1:1574159/1‑134 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑GTTTTTTATTTAATTAAT‑AAAAATTTTTAAAATACGGGAAAAAAAA‑GCCATTTAATTAAAAAAAAtt > 2:2062301/1‑140 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTTTT‑TTTTTTTTTTTTATTAAT‑AAAAAATTTTTAAATAACGGAAAAACATACCCATTTA‑TTGCAAAAGAtt > 1:1421117/1‑140 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTTTT‑GTTTTTTTTTTAATTTAT‑AAAAAATTTTAAAATAGGGGATAAAAAA‑AGCAATTAAGTGCAAAATAtt > 1:545898/1‑140 (MQ=255) ggAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑GTTTTTTTT‑GTTTTTTTTTTAATTAAT‑AAAAAATTTTAAAATAAGCGAAAAACAT‑CCCCGTTACTTGCaacagatg > 1:2134241/1‑134 (MQ=255) gAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATAttt < 2:1827688/140‑1 (MQ=255) tttttAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAATACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTGTTTGTT‑GTTTTTTTTGTAATTAGT‑ACAAATTTGTAAAATACGGGGAAAACAT‑GCCATTTTGTTGCAAAATATTTGGTg > 2:1117286/1‑140 (MQ=255) ttttACATTTATCGAGATTTAAACAAAGTAAAACAAAACCGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATgg < 2:2402504/140‑1 (MQ=255) ttttAAATTTATACCGATTGAACCAACGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTGGATgg < 2:1043132/140‑1 (MQ=255) ttttAAAATTATACCCAGTTAAACAAAGTCAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑ATATTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATgg < 2:1500697/140‑1 (MQ=255) gATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGt < 2:313473/140‑1 (MQ=255) 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aaaCAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTgg < 1:1710456/140‑1 (MQ=255) aaaCAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTgg < 1:772404/140‑1 (MQ=255) aaaCAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTgg < 2:736836/140‑1 (MQ=255) aaaaCGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGtt < 1:1847939/140‑1 (MQ=255) aaaaCGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGtt < 2:2388852/140‑1 (MQ=255) 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1:1376347/1‑140 (MQ=255) ttttATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATAttt > 1:1486715/1‑140 (MQ=255) aTGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTtat < 1:549712/140‑1 (MQ=255) tGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGCAGCGCGGGCCGGCGTGAATATGTTtcta > 2:1403539/1‑140 (MQ=255) | TACTATGATTGGCTGAAACGGCTTGCTGAATCGGTGCAGAGCGGGGAAATTTTTAAATTTATACCGATTGAAACAAAGTAAAACAAAAACGCCTGGGAAACCGGGCGT‑TTTTTTGTT‑CTTTTTTATGTAATTACT‑ACAAATTTGAAAAATACGGGAAAAACAT‑CCCATTTACTTCCAAAATATTTGATGGTAATTTTATGTAGGTAAAATTTGTATTTGGCCGTTCAGAGGAGGTGAAAAGCGGGCAGGCCTGAATATTTTTATA > NZ_CP034943/2991119‑2991383 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |