| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NZ_CP022686 | 1,213,456 | A→C | 26.7% | L428R (CTG→CGG) | eutE ← | aldehyde dehydrogenase EutE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP022686 | 1,213,456 | 0 | A | C | 26.7% | 142.9 / 23.8 | 120 | L428R (CTG→CGG) | eutE | aldehyde dehydrogenase EutE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/51); new base C (31/3); total (66/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.56e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
CCATCGGTTACTCCTTAAACAATGCGAAACGCATCGACTAATACACAGCGACGCAGACGGACAAACGTCCGCGCGCTGGTTACCCCTTCACCGGTTGGCGTGGTGATGGTCATCGTGGTCCAGCCTTCCC‑CGCCCAG‑CCCCAG‑CCCGGCAATACA‑CGGTCCGTTCTTAACGAAAA‑TGCTGGTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCC‑GTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGCC > NZ_CP022686/1213321‑1213593 | ccATCGGTTACTCCTTAAACACTGCGAAACGCATCGACTAATACACAGCGACGCAGACGGACAAACGTCCGCGCGATGGTTACCCCTTCACCGGTTGGCGTGGTGATGGTCATCGTGGTCCAGCCTTCCC‑CGcccag‑c < 7:341438/138‑1 (MQ=255) tCGGTTACTCCTTTAACAATGAGAAACGCATCGACTAATACACAGCGACGCAGACTGACTAAGTTCCGCGCGCTGGTTACCCCTTCACCGGTTGGCGTGGTGATGGTCATCGTGGTCCAGCCTTCCC‑CGcccag‑ccccag < 5:81235/140‑1 (MQ=255) tCGGTTACTCCTTAAACAATGCGAAACGCATCGACTAATACACAGCGACGCAGACGGACAAACGTCCGCGCGCTGGTTACCCCTTCACCGGTTGGCGTGGTGATGGTCATCGTGGTCCAGCCTTCCC‑CGcccag‑ccccag < 6:528006/140‑1 (MQ=255) tCGGTTACTCCTTAAACAATGCGAAACGCATCGACTAATACACAGCGACGCAGACGAACAAACGTCCGCGCGCTGGTTACCCCTTCACCGGTTGGCGTGGTGATGGTCATCGTGGTCCAGCCTTCCC‑CGcccag‑ccccag < 2:867887/140‑1 (MQ=255) 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< 8:299087/138‑1 (MQ=255) ggCGTGGTGATGGTCATCGTGGTCCAGCCTTCCC‑CGCCCAG‑CCCCAG‑CCCGGCAATACA‑CGGGGCGTTGTTAACGAAAA‑TGCTGGTATAAATGGGGGTCGCCAGCTGGTTCATGTTTTGGATATTGCGCGAGTGCATTgc > 4:1129260/1‑140 (MQ=255) cGTGGTGATGGTCATCGTGGTCCAGCCTTCCC‑CGCCCCG‑CCCCCC‑CCCGGCAATACA‑CGGTCCGTTCTTAACGAAAA‑AGCGGGTATCAATGGCGTTCGCCCACTGGTGAATGTTTTAGTTATTTAGCGAGTGCATTggcg > 2:1021519/1‑140 (MQ=255) cGTGGTGATGGTCATCGTGGTCCAGCCTTCCC‑CGCCCAG‑CCCCAG‑CCCGGCAATACA‑CGGTCCGTTCTTAACGAAAA‑TGCTGGTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTgccg < 4:1090371/140‑1 (MQ=255) cGTGGTGATGGTCATCGTGGTCCAGCCTTCCC‑CGCCCAG‑CCCCAG‑CCCGGCAATACA‑CGGTCCGTTCTTAACGAAAA‑TGCTGGTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTgc < 8:793016/138‑1 (MQ=255) tggtgATGGTCATCGTGGTCCAGCCTTCCC‑CGCCCAG‑CCCCAG‑CCCGGCAATACA‑CGGTCCGTTCTTAACGAAAA‑TGCTGGTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTgccgcc < 3:1112209/140‑1 (MQ=255) 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cGTGGTCCAGCCTTCCC‑CCCCCAG‑GCCCCG‑CCCGGCCAAACA‑CGGGCCGTTCGTAACGAAAATTGCT‑GTATAAAAGGGGGGGCCCCTCGGGTGAATTGTTTGGATATTGCGCGCGTGGCTTTCCCCC‑GGGTGGTGGcg > 8:431712/1‑137 (MQ=255) gTGGTCCAGCCTTCCC‑CGCCCAT‑CCCCAG‑CCCGGCAATACA‑CGGTCCGTTCTTAACGAAAA‑TTCTGGTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCC‑GTGTGGTGGCaa < 7:59380/138‑1 (MQ=255) gTGGTCCAGCCTGCGC‑CGCCCCC‑CCCTAG‑CCTGGCAATACA‑CGTTCCGTTCTTCACGAAAA‑TGCTGTTCTCAATTGCGTGCGACATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCC‑GGGTGGTGGCAAcc < 4:607621/140‑1 (MQ=255) tGGTCCAGCCTTCCC‑CGCCCCG‑CCCCAG‑CCCGGCAATACA‑CGGTCCGTTAGTAACGAAAA‑TTGTGGTATAAAATGCGTTAGCCATCTGGTTGATGTTTTTGATATTTCGCGAGGGGATTTCCCGC‑GTGTGGTGGCCAc > 8:3128/1‑138 (MQ=255) cAGCCTTCCC‑CGCCCAG‑CCCCAG‑CCCGGCAATACA‑CGGTCCGTTCTTAACGAAAA‑TGCTGGTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGATTGCATTGCCGCC‑GTGTGGTGGCAACCGCCt < 8:404074/138‑1 (MQ=255) cAGCCTTCCC‑CGCCCAG‑CCCCAG‑CCCGGCAATACA‑CGGTCCGTTCTTAACGAAAA‑TGCTGGTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCC‑GTGTGGTGGCAACCGCCTTc < 2:394548/140‑1 (MQ=255) cAGCCTTCCC‑CGCCCAG‑CCCCAG‑CCCGGCAATACA‑CGGTCCGTTCTTAACGAAAA‑TGCTGGTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCC‑GTGTGGTGGCAACCGCCTTc < 1:731852/140‑1 (MQ=255) cc‑cGCCCAG‑CCCCAG‑CCCGGCAAAACC‑CGGTCCGTTCTTAACGAAAA‑TGGGGGTATCAAATGCGTTCGCCAGCAGGGTCATGTGTTAGATATTGCGAGAGAGCATTGCCGCC‑CTGTGGTGGGCACCGCCCTcccgattac > 4:361855/1‑133 (MQ=255) ccccg‑cccccg‑cCCCGGAATACA‑CGGGACGTTGTTAAAGAAAA‑AGCTGGTTTAAAAGGGGGTAGCCCTGGGGTTGCTGTTTTAGATATTGCGCGAGTGCATTTCCGCCAGGGGGGTGG‑AACCCCCATCCAGTTTcccccc > 2:820162/1‑138 (MQ=255) cccat‑ccccag‑cCCGGCAATACA‑CGGTCCGTTCTTAACGAAAA‑TGCTGGTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCC‑GTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 3:182905/140‑1 (MQ=255) cccag‑ccccag‑cCCGGCAATACA‑CGGTCCGTTCTTAACGAAAA‑TGCTGGTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCC‑GTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 8:953966/138‑1 (MQ=255) cccag‑ccccag‑cCCGGCAATACA‑CGGTCCGTTCTTAACGAAAA‑TGCTGGTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCC‑GTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 8:887214/138‑1 (MQ=255) cccag‑ccccag‑cCCGGCAATACA‑CGGTCCGTTCTTAACGAAAA‑TGCTGGTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCC‑GTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 6:156839/140‑1 (MQ=255) cccag‑ccccag‑cCCGGCAATACA‑CGGTCCGTTCTTAACGAAAA‑TGCTGGTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCC‑GTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 6:702069/140‑1 (MQ=255) cccag‑ccccag‑cCCGGCAATACA‑CGGTCCGTTCTTAACGAAAA‑TGCTGGTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCC‑GTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 5:738912/140‑1 (MQ=255) cccag‑ccccag‑cCCGGCAATACA‑CGGTCCGTTCTTAACGAAAA‑TGCTGGTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCC‑GTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 4:183058/140‑1 (MQ=255) ccag‑ccccag‑ccAGGCAATACA‑CGGTCCGTTCTTAACGAAAA‑TGCTGGTATCAATGTCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCTCC‑GTGTGGTTGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGcc < 3:893775/140‑1 (MQ=255) | CCATCGGTTACTCCTTAAACAATGCGAAACGCATCGACTAATACACAGCGACGCAGACGGACAAACGTCCGCGCGCTGGTTACCCCTTCACCGGTTGGCGTGGTGATGGTCATCGTGGTCCAGCCTTCCC‑CGCCCAG‑CCCCAG‑CCCGGCAATACA‑CGGTCCGTTCTTAACGAAAA‑TGCTGGTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCC‑GTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGCC > NZ_CP022686/1213321‑1213593 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |