| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | ACB122 | 3,312,431 | T→G | 28.1% | T258P (ACG→CCG) | cynR_3 ← | HTH‑type transcriptional regulator CynR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB122 | 3,312,431 | 0 | T | G | 28.1% | 33.7 / 3.3 | 36 | T258P (ACG→CCG) | cynR_3 | HTH‑type transcriptional regulator CynR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/7); new base G (5/6); total (23/13) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGACAACTGCTGCGGTGCCAGAAACGCATCATGGAAGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTT > ACB122/3312297‑3312562 | cGACAACTGCTGCGGTGCCAGAAACGCATCATGGAAGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCACCCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTCACCGt > 2:81888/1‑135 (MQ=255) aCTGCTGCGGTGCCAGAAACGCATCATGGAAGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTCACCGTCTCGa > 3:280258/1‑135 (MQ=255) cGGTGCCAGAAACGCATCATGGAAGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGCGTGATGGTCACCGTCTCGATGCGCt > 4:274523/1‑135 (MQ=255) ccAGAAACGCATCATGGAAGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCt > 4:149309/1‑135 (MQ=255) ccAGAAACGCATCATGGAAGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTCACCGTCTCGATGCGCGTGCCCt > 3:285779/1‑135 (MQ=255) aaGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTCACCGTCGCGATGCGCTTGCCCGCCACCGACCACGGCCgg > 8:156212/1‑135 (MQ=255) aaGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTCACCGTCGAGATGAGCTTTCCCTCCAGCCCCCAccgccgc > 6:302334/1‑134 (MQ=255) ttGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCCCGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTCCCCGTCTCGCTGCGCTTGCCCGCCCGCGACCCCGGCCGGTGcccc > 4:218261/1‑135 (MQ=255) ttGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGGAcc > 3:263125/1‑135 (MQ=255) ttGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTCACCGACTAGATTCGCATGCCCTCCAGCGACCACCGCCCGTGCAcc > 3:307034/1‑135 (MQ=255) cccACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAAGGCCCGTCCCCGGGCCCAGGCCACCCCCACGCTCCTCGGCGTGACCGGGGCGC‑TGAGGGGCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCCCCCGCGCCCACGGCCGGTGCACCAgg < 6:11070/133‑1 (MQ=255) cGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTCACCGTCGCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGCCCACGGCCGGGGCACCCGGTCCgc > 6:257124/1‑134 (MQ=255) cTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTCCCCGGCTCGCTGCGCTTGCCCGCCCGCGCCCACCGCCCGTGCCCCAGGGCCGACAg > 2:365691/1‑135 (MQ=255) gggCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCAAACCACACGCTAATCGGCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTCCCCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGCCCACGGCCGGTGCCCCAGGTCCGCCAGGATCGCCCCt > 8:303562/1‑135 (MQ=255) gggCTGAATGCCCGTGCCCGGGCCCAGCCCAACCCCACGCGCAGCGGCGTGACGGGGTCGC‑TGATGGTCACCGGCTCGAGGCGCTTGCCCTCCCGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACt < 3:28937/135‑1 (MQ=255) gCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTGCCCGGCGCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGCCCCCGGCCGGGGCACCAGGTCCGACCGGATCGCCACTcc > 5:20078/1‑135 (MQ=255) gCCCGTGCCCGGGGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACGGGGTCGC‑TGATGGTCACCGGCTCGATGCGCTGGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGcc < 7:279020/134‑1 (MQ=255) ccGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTCACCGTCTCGCTGCGCGTGCCCGCCCCCGCCCCCCGCCGGTGCACCAGGTCCGACCCGATCGCCCCGCCGCTGCCagt > 7:318093/1‑133 (MQ=255) gtccccGGTGCCCGGCCAACCCCCCGCTCAGCGGCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGGCACCGGCTCGAGGCGCTGGCCCCCCCGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTgg < 3:90267/132‑1 (MQ=255) cccGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTCACCGTCTCGCTGCGCTTGCCCGCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCCGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCgc > 3:306786/1‑134 (MQ=255) cGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGAcc < 4:280258/135‑1 (MQ=255) ggTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTCACCGGCTCGCTGCGCGTGCCCGCCCCCGCCCCCGGCCGGGGCCCCCGGTCCGACAGGATCGCGCCTCCGCAGCCCGTGGCGcccc > 5:15649/1‑134 (MQ=255) 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ggCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTACGACAGGATCGCCACTACGCTGCCATT‑GCGACCATGCTTCGCACGGCCTCCCCCGAGCggg > 5:131599/1‑135 (MQ=255) ggCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTCACCGGCTCGATGCGCTTGCCCTCCCGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACGCCCCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACCGCCGCCACCGAGCTg > 6:348448/1‑135 (MQ=255) ggTGACGGGGGCGG‑TGTTGGGCACCGTCTCGATGCGGTTGCCCCCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGt < 8:168141/134‑1 (MQ=255) cgggACCGGGTCGC‑TGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGt < 8:127292/132‑1 (MQ=255) cGTGCCCGGGGCGC‑TGATGGGCACGGGCTCGAGGCGCTGGCCCTCCCGCGCCCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGt < 3:218261/135‑1 (MQ=255) cGTGACCGGGTCGC‑TGATGGCCACGGGCTCGATGCGCTGGCCCTCCCGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGt < 3:136701/135‑1 (MQ=255) cGTGACCGGGGCGC‑TGATGGCCCCGGGCTCGATGCGCTTGCCCGCCCGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGt < 3:11581/135‑1 (MQ=255) cGTCACCGGGTCGC‑GGAGGGGCCCCGTCTCGAGGCGCTTGCCCTCCCGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGt < 7:28986/135‑1 (MQ=255) cggTCTGGAGGCGCTTCCCCTCCGGCCTCCACGGCCGGTGCACGAGGTGCGACAGTATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACGATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTTCGCACCCTTACTCTTGGCCGtt < 8:128146/133‑1 (MQ=255) | CGACAACTGCTGCGGTGCCAGAAACGCATCATGGAAGTAATTGCGCACCGCCTGCATCGCCGGGCTGAATGCCCGTTCCCGGTGCCAGGCCAACCCCACGCTCATCGGCGTGACCGGGTCGC‑TGATGGTCACCGTCTCGATGCGCTTGCCCTCCAGCGACCACGGCCGGTGCACCAGGTCCGACAGGATCGCCACTCCGCTGCCATTGGCGACCATGCTGCGCACGGCCTCCACCGAGCTGGTGCGCACCCTTACGCTTGGCCGTT > ACB122/3312297‑3312562 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |