| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | ACB122 | 1,016,791 | A→C | 55.4% | intergenic (‑53/+26) | dppA_1 ← / ← oprD_5 | Periplasmic dipeptide transport protein/Porin D |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB122 | 1,016,791 | 0 | A | C | 55.4% | ‑4.5 / 3.8 | 25 | intergenic (‑53/+26) | dppA_1/oprD_5 | Periplasmic dipeptide transport protein/Porin D |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/5); new base C (9/5); total (15/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCGTGGCGCCGCCCAGAAGCAGCGCGACCAGGGCTAGGCGCAACGGCCGCGATTTCATGAAAGCTCTGTGCATGTGTTGAAAACTCCCTGCTTGCATTGGTT‑CCAGCGTAGCCGCCCCGGCCCGCAGCGAAACGGGCCAGGGCGCCGACGGTCAGAGAATGTTGAACGGAATGGTGGTGACCACGCGGAACTCATCCAGGCTGCCATCGCCCTGGGCCTTGCTGGCGC‑GATGGGTGGTGTAGGTGGC > ACB122/1016665‑1016912 | tGCGTGGCGCCGCCCAGAAGCAGCGCGACCAGGGCTAGGCGCAACGGCCGCGATTTCATGAAAGCTCTGTGCATGTGGTGAAAACTCCCTGCTTGCATTGGTT‑CCAGCGTAGCCGCCCCGGCGCGGCGCGCAACgg > 7:43875/1‑136 (MQ=255) gACCAGGGCTAGGCGCAACGGCCGCGATTTCATGAAAGCTCTGTGCATGTGTTGAAAACTCCCTGCTTGCATTGGTT‑CCAGCGTAGCCGCCCCGGCCCGCCGCGCAACGGGCCCGGGCGGCGCCGGGCAGAGGATg > 8:11126/1‑136 (MQ=255) gACCAGGGCTAGGCGCAACGGCCGCGATTTCATGAAAGCTCTGTGCATGTGTTGAAAACTCCCTGCTTGCATTGGTT‑CCAGCGTAGCCCCCCCGGCCCCCCGCCCAACCGGCCACGGCGCCGCCCGTCAGAGAATg > 7:285610/1‑136 (MQ=255) gcAACGGCCGCGATTTCATGAAAGCTCTGTGCATGTGTTGAAAACTCCCTGCTTGCATTGGTT‑CCAGCGTAGCCGCCCCCGCCCGCAGCGCAACGGGCCAGGGCGCCGCCGGGCAGAGCATGTTTAACGGAAttgt > 8:56429/1‑136 (MQ=255) ggCCGCGATTTCATGAAAGCTCTGTGCATGTGTTGAAAACTCCCTGCTTGCATTGGTT‑CCAGCGTAGCCGCCCCGGCCCGCAGCGTAACGGGCCAGGGGGCCGGCGGGCAGAGAATGTTGTACGGGATggtggttg > 8:385343/1‑134 (MQ=255) tgaatttgtTCAAAACTCCCTGCTAGCATGGGTT‑CCAGCTTAGCCGCCCCGGCCCGACGCGAAACGGGCCAGGGCGCCGACGGTCAGAGAATGTTGAACGGAATGGTGGTGACCACGCGGAACTCATCCAGGCTGc < 8:221325/130‑1 (MQ=255) tgaaTGTGTTCAAAACTCCCTGCTTGC‑TTGGTTGCCCGCGTCGCCGCCCCGCCCCGCAGCGAAAGGGGCCAGGGCGCCGACGGTCAGAGAATGTTGAACGGAATGGTGGTGACCACGCGGAACTCATCCAGGCTg < 7:206847/132‑1 (MQ=255) tgCTTGTGTTCAAAACTCCCTGGTTGCATTGGTT‑CCCGCGTCGCCGCCCCGGCCCGCCGCCAACCGGGCCCGGGCGCCGACGGTCAGAGAATGTTGAACGGAATGGTGGTGACCACGCGGAACTCATCCAGGCTg < 3:322746/135‑1 (MQ=255) gcttgtgTTGAAAACCCCCTGCTTGCATGGGTG‑CCCGCTTCGCCCCCCCGGCCCGCCCCCAAAGGGGCAAGGGCGCCGACGGTCAGAGAATGCTGAACGGAATGGTGGTGACCACGCGGAACTCATCCAGGCTGc < 2:274471/132‑1 (MQ=255) gCATGTGTTGAAAACTCACTGCTTGCATTGGTT‑CCAGCGTAGCCGCCCCGGCCCGCAGCGAAAAGGGCCACGGCGCCGACGGTCAGATAATTTTGAACGGAATGGTGGTTACCACCCGGAACTCATCCAGGCTGcc > 3:121604/1‑136 (MQ=255) gtgtTGAAAACTCCGTGATTGCATTGGTT‑CCCGCGTAGCCGCCCCGGCCCGCAGCGAAACGGGCAAGGGCGCCGACGGTCAGAGAATGTTGAACGGAATGGTGGTGACCACGCGGAACTCATCCAGGCTGCCATc < 4:61327/135‑1 (MQ=255) gtgtTCAAAACTCCCTGCTTGCTTTGGTC‑CCCGCGTCGCCGCCCCGGCCCGCCGCTAACCGGGCCCGGGCGCCGACGGTCAGAGAATGTTGAACGGAATGGTGGTGACCACGCGGAACTCATCCAGGCTGCCATc < 3:285210/135‑1 (MQ=255) ttGAAAACTCCCTGCTTGCATTGGTT‑CCAGCGTAGCCGCCCCCGCCCGCCGCGCAACCGGCCCGGGGGCCCGCCGGCAGAGAATGTTGTACGGGATGGTGGTGACCACGCGGCACGCATCCCGGCGGCCCTCGcc > 5:274626/1‑135 (MQ=255) aaCTCCCTGCTTGCATTGGTT‑CCAGCGTAGCCGCCCCGGCCCGCCGCGAAACGGGCCAGGGCGCCGCCGGTCAGAGAATGTTGAAAGGAATGGTGGTGACCACGCGGCACTCATCCAGGCTGCCATCGCCCAggg > 5:67469/1‑135 (MQ=255) gCTTGCATTGGTT‑CCAGCGTAGCCGCCCCGGCCCGCAGCGAAACGGGCCAGGGCGCCGACGGTCAGAGAATGTTGAACGGAATGGTGGTGACCCCGCGGAACTCCTCCCGGCTGCCATCGCCCTGGGCCTTGCTg > 2:285898/1‑135 (MQ=255) gCTTGCATTGGTT‑CCAGCGTAGCCGCCCCGGCCCGCACCGAAACCGGCCACGGCGCCCCCCGTCAGAGAATGTTGAACCGAATGGTGGTGACCACGCGGAACTCAAACACGCGGCCATCGCCCGGGGCCTTGCTg > 5:164417/1‑135 (MQ=255) tGCATTGGTT‑CCAGCGTAGCCGCCCCCGCCCCCCGCGAAACGGGGCAGGGCGCCGCCGGTCAGAGAATGTTGAACGGAATGGGGGTGGCCACGCGGAACTCATCCCGGCGGCCATCGCCCGGGGCCTTGCTGgcgc > 4:13256/1‑136 (MQ=255) ttgggTG‑CCCGCGTCCCCCCCCCGCCCCCCCGCCAACCGGCCCCGGGCGCCGACGGTCAGAGAATGTTGAACGGAATGGTGGTGACCACGCGGAACTCATCCAGGCTGCCATCGCCCTGGGCCTTGCTGGCGC‑Ga < 2:204131/132‑1 (MQ=255) ttGGTG‑CCCGCGTACCCGCCCCGGCCCGCAGCGAAACGGGCCTGGGCGCCGACGGTCAGAGAATGTTGAACGGAATGGTGGTGACCACGCGGAACTCATCCAGGCTGCCATCGCCCTGGGCCTTGCTGGCGC‑GAt < 6:354262/135‑1 (MQ=255) tGGTT‑CCAGCGTAGCCGCCCCGGCCCGCCGCGAAACGGGCCAGGGCGCCGACGGTCAGAGAAAGTTGAACGGAATGGTGGTGACCACGCGGAACTCATCCAGGCTGCCATCGCCCTGGGCCTTGCTGGCGC‑GATg > 6:110864/1‑135 (MQ=255) tGGTT‑CCAGCGTAGCCGCCCCGGCCCGCAGCGAAACGGGCCAGGGCGCCGACGGTCAGAGAATGTTGAACGGAATGGTTGTGACCACGCGGAACTCATCCATGCTGCCATCGCCCTGGGCCATGCTGGCGC‑GATg > 2:72440/1‑135 (MQ=255) tGGTT‑CCAGCGTAGCCGCCCCCGCCCGCCGCGAAACGGGCCAGGGCGCCGACGGTCAGAGAATGTTGAACGGAATGGTGGTGCCCACGCGGAACTCATCCAGGCTGCCATCGCCCTGGGCCTTGCTGGCGC‑GATg > 5:197067/1‑135 (MQ=255) tGGTC‑CCCGCGCCGCCGCCCCGCCCCGCAGCCAACCGGCCCCGGGCGCCGACGGTCAGAGAATGTTGAACGGAATGGTGGGGACCACGCGGAACTCATCCAGGCTGCCATCGCCCTGGGCCTTGCTGGCGC‑GAt < 3:307106/134‑1 (MQ=255) cccgccCCGGCCCGCAGCTAACCGGGCCGGGGCGCCGACGGTCAGAGAATGTTGAACGGAATGGTGGTGACCACGCGGAACTCATCCAGGCTGCCATCGCCCTGGGCCTTGCTGGCGC‑GATGGGTGGTGTAGGTgg < 7:56429/135‑1 (MQ=255) cgccCCGGCCCGCCGCGAAACGGGCCCGGGCGCCGACGGTCAGAGAATGTTGAACGGAATGGTGGTGACCACGCGGAACTCATCCAGGCTGCCATCGCCCTGGGCCTTGGTGGCGCGGAGGGGGGGGGTGGGTGgc > 8:298656/1‑136 (MQ=255) | TGCGTGGCGCCGCCCAGAAGCAGCGCGACCAGGGCTAGGCGCAACGGCCGCGATTTCATGAAAGCTCTGTGCATGTGTTGAAAACTCCCTGCTTGCATTGGTT‑CCAGCGTAGCCGCCCCGGCCCGCAGCGAAACGGGCCAGGGCGCCGACGGTCAGAGAATGTTGAACGGAATGGTGGTGACCACGCGGAACTCATCCAGGCTGCCATCGCCCTGGGCCTTGCTGGCGC‑GATGGGTGGTGTAGGTGGC > ACB122/1016665‑1016912 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |