| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | ACB122 | 1,791,678 | T→G | 26.5% | L182R (CTG→CGG) | lpxB → | Lipid‑A‑disaccharide synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB122 | 1,791,678 | 0 | T | G | 26.5% | 75.4 / 9.5 | 68 | L182R (CTG→CGG) | lpxB | Lipid‑A‑disaccharide synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/4); new base G (4/16); total (48/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGACCTGATGCTGACGCTGCTGCCGTTCGAGGCGCGGTTCTACGAAGAGCAGGGTGTGCCAGTGCGTTTTGTCGGCCACCCGCTGGCAGACACCATACCGCTTGAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGCCTCAGCCAACAAGTGCCGGGTGTGCGCTTCGTGTTG > ACB122/1791544‑1791811 | cGACCTGATGCTGACGCTGCTGCCGTTCGAGGCGCGGTTCTACGAAGAGCAGGCTGTGCCAGGGCGATTTGTCGGCCACCCGCTGGCAGACACCAAACCGCTTGAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGGGCCGCGctg < 8:138580/136‑1 (MQ=255) cgcgGCGGCCGTGCGCGGCGCGGTTCTACGACGCGCCGGGGGTGCCCGGGCGTTTGGGCGGCCACCCGCGGGCACCCACCATCCCGCTTGAAGCCGACCGCCCGCCCGCGCGGGCCGCGCGGGGCCGGGGCGAgg < 5:106931/135‑1 (MQ=255) ctgctgCCGTTCGAGGCGCGGTTCTACGAAGAGCAGGGTGTGCCAGTGCGTTTTGTCGGCCACCCGCTGGCAGACACCATACCGCTTGAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGc > 7:3724/1‑136 (MQ=255) gcggcCGTGCGCGGGGCGGTGCTCCGAAGCGCTGGGTGGGCCAGGGCGTTTTGGCGGCCACCCGCTGGCAGACACCATACCGCTTGACGCCGCCCGCCCGGCCGCGCGGGCCGCGCGGGGCCGGGGCGCGGGGCCg < 8:287596/133‑1 (MQ=255) ccGTTCGAGGCGCGGTTCTACGAAGAGCAGGGTGTGCCAGTGCGTTTTGTCGGCCACCCGCTGGCAGACACCATACCGCTTGAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCggtgg > 4:322720/1‑136 (MQ=255) gAGGCGCGGTTCTACGAAGAGCAGGGTGTGCCAGTGCGTTTTGTCGGCCACCCGCTGGCAGACTCCATACCGCTTGAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCg > 2:233019/1‑135 (MQ=255) gacaggTCCTACGAAGAGCAGGGGGGGCCAGTGCGTTTTGGCGGCCACCCGCTGGCACACACCATCCCGCTTGACGCCGACCGCCCGGCCGCGCGGGCCGCGCGGGGCCGGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTg < 6:391650/131‑1 (MQ=255) ggTTCTACGAAGAGCAGGGTGTGCCAGTGCGTTTTGTCGGCCACCCGCTGGCAGACACCATACCGCTTGAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGc > 2:279065/1‑135 (MQ=255) ggTTCTACGAAGAGCAGGGTGTGCCAGTGCGTTTTGTCGGCCACCCGCTGGCAGACACCATACCGCTTGAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCGGGGCCTGGGCGCGGGGCCCGTGGT‑GGCGGTGGTGcc > 3:35306/1‑136 (MQ=255) ggTTCGACGAAGAGCAGGGTGTGCCAGTGCGGTTTGTCGGCCACCCGCTGGCAGCCACCATACCGCTTGAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCCGGCCGCGCAGGGCCGGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGGTGCTGcc > 3:40451/1‑136 (MQ=255) cTACGAAGAGCAGGGTGTGCCAGTGCGTTTTGTCGGCCACCCGCTGGCAGACACCATACCGCTTGAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGGGGT‑GGCGGTGATGCCGGGc > 8:207657/1‑136 (MQ=255) gcgCAGGGTGTGCCAGTGCGTGTGGGCGCCCACCCGCTGGCAGACACCATCCCGCGTGACGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCGGGGCCGGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCggg < 4:260544/134‑1 (MQ=255) gagCAGGGGGGGCCCGGGCGTTTTGTCGGCCACCCGCTGGCAGACACCATACCGCTGCACGCCGACCGCCCGGCCGCGCGGGCCGCGCGGGGCCGGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCggg < 8:13595/136‑1 (MQ=255) cAGGGTGTGCCAGTGCGTTTTGTCGGCCACCCGCTGGCAGACACCATACCGCTTGAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCAGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGAGGT‑GGCGGTGATGCCGGGCAGCCGGGGt > 5:151816/1‑135 (MQ=255) aGGGTGTGCCAGTGCGTTTTGTCGGCCACCCGCTGGCAGACACCATACCGCTTGAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGGCGGGGCGCGGGGCCGGTGGT‑GGGGGTGATGGCGGGCCGCCGgggggg > 7:145068/1‑136 (MQ=255) aGGGTGTGCCAGTGCGTTTTGTCGGCCACCCGCTGGCAGACACCATACCGCTTGAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGCGGGGCCGGTGGT‑GGCGGTGATGCCGGGCCGCCgcgggc > 5:391650/1‑133 (MQ=255) 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tGTCGCCCCCCCGCTGGCAGACACCATACCGGTTGACGCCGACCGCCCGGCCGGGCGTGCCGCGGGGGGCCTGGGCTAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGgc < 8:147389/136‑1 (MQ=255) ggcGGCCACCCGCTGGCAGACACCATACCGCTTGACGCCGCCCGCCCGGCCGCGCGGGCCGCGCGGGGCCGGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGgcg < 7:207657/134‑1 (MQ=255) tCGGCCACCCGCTGGCAGACACCATACCGCTTGACGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGgc < 6:205289/134‑1 (MQ=255) gcGGCCACCCGCTGGCAGACACCATCCGGCTGGACGCCGCCCGCCCGGCCGCGCGGGCCGCGCGGGGCCGGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGgc < 2:292701/133‑1 (MQ=255) cGCTGGCAGACACCATACCGCTTGACGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCGGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCt < 7:117623/136‑1 (MQ=255) cGCTTGAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGGCGCGCGGGGCCGGGGGGCGGGGGCGGTGGT‑GGGGTTTATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGGTGGGCGCTTGGGCGGGCTGTTACACGACCGCGCcgcgcggc > 2:139788/1‑133 (MQ=255) cGCTTGAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCATCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTTGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGCCt > 8:223666/1‑136 (MQ=255) cGCTTGAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGcc > 6:164880/1‑135 (MQ=255) cGCTTGAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCGCTTGT‑GGCGTTGATGCCGGGCCGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTTGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGcc > 6:70780/1‑135 (MQ=255) cGCTTGAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCAGGGCGACGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCGGGTGCTCGCCGCCGCCGAGCGCCt > 7:129818/1‑136 (MQ=255) gCTTGACGCCGCCCGCCCGGCCGCGCGGGCCGCGCGGGGCCGGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGCCt < 6:337066/135‑1 (MQ=255) ttGACGCCCCCCGCCCGGCCGCGCGCGCCGCGCGGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTCCCTCGACGCCGCCGAGCGCCTCa < 5:58004/135‑1 (MQ=255) gAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGCCTCAg > 1:127804/1‑134 (MQ=255) gAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGCCTCAGcc > 8:112077/1‑136 (MQ=255) gAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGCCTCAGc > 6:376475/1‑135 (MQ=255) gAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGCCTCAGc > 4:346460/1‑135 (MQ=255) gAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTGGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGGTCCTCGCCGCCGCCGCGCGCCTCAGc > 2:254462/1‑135 (MQ=255) gAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCAGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGCCTCAGc > 8:263973/1‑135 (MQ=255) 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gCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGCCTCAGCcaa > 8:100671/1‑135 (MQ=255) cGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGCCTCAGCcaa > 1:5224/1‑133 (MQ=255) gACCGCCCGGCCGCGCGGGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGCCTCAGCCAACAAg < 4:127423/136‑1 (MQ=255) gCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGCTGCCGGGCCGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGCGCGCCTCAGCCAACAAGTGc > 5:190645/1‑135 (MQ=255) gCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGCCTCAGCCAACAAGTGcc > 8:206217/1‑136 (MQ=255) cgggCCGCGCGGGCGGGGGGGGGCCGGGGCTCGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGCCTCAGCCAACAAGTGCCgg < 7:338548/134‑1 (MQ=255) gggggggCCGCGCGGGGCCGGGGCGCGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGCCTCAGCCAACAAGTGCCGGGTGTgc < 3:17672/130‑1 (MQ=255) gcgcgTGGCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGCCTCAGCCAACAAGTGCCGGGTGTgc < 4:234714/136‑1 (MQ=255) ggcgTGCCGCGCGGGGCCGGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGCCTCAGCCAACAAGTGCCGGGTGTgc < 1:323049/134‑1 (MQ=255) gCCGCGCTGGGCCTGGGCGCGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGCGCGCCTCAGCCAACAAGTGCCGGGTGTGCGCTTCg > 7:305716/1‑136 (MQ=255) gCCGCGCGGGGCCGGGGCGAGGGGCCGGGGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGCCTCAGCCAACAAGTGCCGGGTGTGCGCTTc < 5:89224/135‑1 (MQ=255) ctgggcctgggcGAGGGGCCGGTGGT‑GTCGTTGATGCCGGGCAGCCTGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGCCTCAGCCAACAAGTGCCGGGTGTGCGCTTCGTGTTg < 6:151816/135‑1 (MQ=255) | CGACCTGATGCTGACGCTGCTGCCGTTCGAGGCGCGGTTCTACGAAGAGCAGGGTGTGCCAGTGCGTTTTGTCGGCCACCCGCTGGCAGACACCATACCGCTTGAAGCCGACCGCCCGGCCGCGCGTGCCGCGCTGGGCCTGGGCGAGGGGCCGGTGGT‑GGCGTTGATGCCGGGCAGCCGGGGTGGCGAAGTAGGGCGCTTGGGCGCGCTGTTCCTCGACGCCGCCGAGCGCCTCAGCCAACAAGTGCCGGGTGTGCGCTTCGTGTTG > ACB122/1791544‑1791811 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |