| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB143 | 3,973,777 | 0 | A | C | 36.5% | 61.3 / 13.9 | 53 | L161R (CTG→CGG) | cobN | Aerobic cobaltochelatase subunit CobN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/20); new base C (19/0); total (33/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGCGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCT‑GGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCG > ACB143/3973648‑3973903 | agcGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGGACCAGTCCTCGAGTGGCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGAGCTGCTAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCAtt < 4:182632/136‑1 (MQ=255) cGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCCGCCCTtgg > 3:349211/1‑136 (MQ=255) cGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCCGCCCTtgg > 4:12085/1‑136 (MQ=255) cGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCCGCCATtgg > 2:63342/1‑136 (MQ=255) gTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGGCCCAGGCATAGTCGCGGCCCCCCCCTtggcc > 2:327325/1‑135 (MQ=255) gCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATtggcg‑gg > 7:257173/1‑136 (MQ=255) cACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCT‑GGcc < 1:53218/136‑1 (MQ=255) cACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCT‑GGcc < 2:13010/136‑1 (MQ=255) cTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCCGCCATTGGCG‑GGCCAg > 7:256003/1‑136 (MQ=255) ctCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCTAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCTGTGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCT‑GGCCAGGCAGtt < 5:247569/135‑1 (MQ=255) 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cgcTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCCGCCATTGGCT‑GGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAg > 7:100421/1‑136 (MQ=255) cgcTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCCGCCATTGGCT‑GGCCAGGCAGTTGAACACGTTTATGGCGTTGGCCTTTCCGCCCTGGCGCAg > 5:135885/1‑136 (MQ=255) cTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCT‑GGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGc < 3:132564/136‑1 (MQ=255) ggggTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCT‑GGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGc < 8:168379/136‑1 (MQ=255) gATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCCGCCATTGGCG‑GGGCAGGCAGTTGAAAAGGTTGATTGCGTTGGCCTTGCCGCCCGGGCGCAGGTAATTCCAAACCCGCTc > 4:163451/1‑136 (MQ=255) gATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCT‑GGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTc > 8:185851/1‑136 (MQ=255) gATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCACGCATTGGCA‑GGGCAGGGAGTTTGAAAGGTTGATTGCGTTTGCCATGCCGCCCTGGCGCAGGGAATTCCACACCCGccg > 7:234894/1‑134 (MQ=255) aCCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCCCCCCTTTGGT‑GGGCCGGCAGGTGTACAGGTTGATGGCGTTGGGCGTTCCCCCCCGGGGCCGGGAATGCCCAACCCGCGCGGccg > 5:199790/1‑135 (MQ=255) aCCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTTGCT‑GGGCAGGCCGTTGTAAAGGTTGATTGCGTTTGCCATTCCGCCCAGGCGCAGGGAATTCCAAAGCCGCTAGGccg > 3:351023/1‑135 (MQ=255) cgTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCCGCCCTTGGCG‑GGCCAGGCAGTTGTACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTTATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCa > 5:76633/1‑136 (MQ=255) gTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCGCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCT‑GGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCAc < 6:18850/136‑1 (MQ=255) tGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCCGCCATTGGCT‑GGGCCGGCAGTTGAACAGGTTGATGGGGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCCGGGAATGCCAAAGCCGCTCGGCCGGCTCAcc > 3:317020/1‑136 (MQ=255) tGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCCTTGGGG‑GGGCAGGGAGGTGATCAGGGTGATGGGGTTGGCCTTGCCGCCCGGGCGCAGGTAATGCCCAAGCCGCGCGGCCGGCTCGcc > 3:325290/1‑136 (MQ=255) gcgGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCT‑GGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACcgcg < 2:16781/136‑1 (MQ=255) cgGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCT‑GGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCgg < 2:33196/136‑1 (MQ=255) cgGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCT‑GGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCgg < 4:70434/136‑1 (MQ=255) aaaGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCCGCCATTGGGT‑GGGCAGGGCGTTGAACAGGTTTATGGCGTTGGGCTTGCCGCCCTGGCGCAGGGAATGCCAAAGCCGCGCGGCCTGCTCCCCGCGGCCgg > 4:308275/1‑135 (MQ=255) gCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCT‑GGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATTGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGcg > 5:255079/1‑135 (MQ=255) 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tCGCGGCCCCGCCATTGGCT‑GGGCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCCGGCTGGGCAGCtccgggtccg > 3:348378/1‑136 (MQ=255) | AGCGGTGCCACTGGCTGCTCGGGGTGCCAGTGTGGGTACCAGTCCTCGAGTGTCGCGCTGCCCTTGGCGGGGTGATAGACCGCCGTGCGCGGCAAAGGCTGCGGCTCGTCCCAGGCATAGTCGCGGCCCAGCCATTGGCT‑GGCCAGGCAGTTGAACAGGTTGATGGCGTTGGCCTTGCCGCCCTGGCGCAGGTAATGCCAAAGCCGCTCGGCCTGCTCACCGCGGACGTTGCCCAGGCTGGTCAGCTCCGGGTCCG > ACB143/3973648‑3973903 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |