| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB143 | 1,175,559 | 0 | G | T | 37.1% | 86.8 / 13.2 | 62 | P51P (CCG→CCT) | tadA | tRNA‑specific adenosine deaminase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/11); new base T (0/23); total (28/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ATCGCAGTCGCGATCAGGAATTCATGCGCCTGGCGCTGGCCTTGGCCGCCGAAGGCGCGGCGTTGGGCGAGGTGCCAGTGGGGGCGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGGCAGCACCCTGTATGTGACCCTGGAACCGTGCAGCATGTGTGCG > ACB143/1175426‑1175688 | atcgCAGTCGCGATCAGGAATTCATGCGCCTGGCGCTGGCCTTGGCCGCCGAAGGCGCGGCGTTGGGCGAGGTGCCAGTGGGGGCGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGatc > 2:18479/1‑137 (MQ=255) tcgCAGTCGCGATCAGGAATTCATGCGCCTGGCGCTGGCCTTGGCCGCCGAAGGCGCGGCGTTGGGCGAGGTGCCAGTGGGGGCGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGatca > 8:181649/1‑137 (MQ=255) gCAGTCGCGATCAGGAATTCATGCGCCTGGCGCTGGCCTTGGCCGCCGAAGGCGCGGCGTTGGGCGAGGTGCCAGTGGGGGCGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGatcctc > 8:307909/1‑137 (MQ=255) gTCGCGATCAGGAATTCATGCGCCTGGCGCTGGCCTTGGCCGCCGAAGGCGCGGCGTTGGGCGAGGTGCCAGTGGGGGCGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGAc > 8:335518/1‑137 (MQ=255) cgATCAGGAATTCATGCGCCTGGCGCTGGCCTTGGCCGCCGAAGGCGCGGCGTTGGGCGAGGTGCCAGTGGGGGCGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCg > 1:300931/1‑137 (MQ=255) cgATCAGGAATTCATGCGCCTGGCGCTGGCCTTGGCCGCCGAAGGCGCGGCGTTGGGCGAGGTGCCAGTGGGGGCGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCg > 5:230247/1‑137 (MQ=255) aaTTCATGCGCCTGGCGCTGGCCTTGGCCGCCGAAGGCGCGGCGTTGGGCGAGGTGCCAGTGGGGGCGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAgc > 6:88983/1‑137 (MQ=255) ccgggggcTGGCCTGGGCGGCCGACGGGGGGGGGTTGGGCGCGGGCCCCGTGGGGGCGGGGCTGGTGCAGCTTGGCCTGTTGATCGCCCTGGGTTTCAA‑CCGC‑CCTATAATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCg < 4:102414/131‑1 (MQ=255) ggCGCTGGCCTTGGCCGCCGAAGGCGCGGCGTTGGGCGAGGTGCCAGTGGGGGCGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCgaga > 7:68518/1‑137 (MQ=255) gggtGGCGTGGGCGGCCTATGGGGGGGCGTTGGGCGAGGTGCCTGGGGGGGCGGTGGGGGTGCAGCTTGGGCTGTTTAGCGGCCTGGTTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGAtg < 6:254878/134‑1 (MQ=255) gcTGGCCTTGGCCGCCGAAGGCGCGGCGTTGGGCGAGGTGCCAGTGGGGGCGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGAtgg > 5:5764/1‑137 (MQ=255) cTGGCCTTGGCCGCCGAAGGCGCGGCGTTGGGCGAGGTGCCAGTGGGGGCGGTGCTGGTGCAGCAGGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGAtggt > 6:225876/1‑137 (MQ=255) cTTGGCCGCCGAAGGCGCGGCGTTGGGCGAGGTGCCAGTGGGGGCGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGAGCATGCCGAGATGGTGGCGa > 6:320464/1‑137 (MQ=255) cgccgAAGGCGCGGCGTTGGGCGAGGTGCCAGTGGGGGCGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAggg > 2:261851/1‑137 (MQ=255) cgccgAAGGCGCGGCGTTGGGCGAGGTGCCAGTGGGGGCGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAggg > 6:375725/1‑137 (MQ=255) cgccgAAGGCGCGGCGTTGGGCGAGGTGCCAGTGGGGGCGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAggg > 2:129376/1‑137 (MQ=255) gcgcGGCTCGGGGCGCGGGGCCCGGGGGGGCGGTGCGGGGGCAGCAGGGGCTGGTCAGCGCCCGGGGTTCCAC‑CCGG‑CCGAACATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGcc < 4:21611/137‑1 (MQ=255) gTTGGGCGAGGTGCCAGTGGGGGCGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCgg > 7:220863/1‑137 (MQ=255) gcatgtgggtggGGTGCTGTTGCTGCTTGGGCTGGTGAACGCCTTGGGTTTCTA‑CCGG‑CCTTTCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGAGGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTAcc < 6:335574/133‑1 (MQ=255) gCCAGTGGGGGCGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTAcc > 4:127960/1‑137 (MQ=255) gCCAGTGGGGGCGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTAcc > 6:376988/1‑137 (MQ=255) gCCAGTGGGGGCGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTAcc > 5:291930/1‑137 (MQ=255) ccgggggggCGGGGCGGGGCCAGCATGGGCTGGTGAGCGGCCTGGGGTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCgg < 4:268113/133‑1 (MQ=255) gggggggCGGGGCTGGTGGAGGAGGGGATGGTCTGGGGCGTGGGTTTAAA‑CGGG‑CCTATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCt < 7:189194/135‑1 (MQ=255) ggggTGCGGGTGCCGCAGGGGCCGGTGAGCGGCAAGGGTTACAC‑CGGG‑CCTAAAATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCgg < 5:320464/135‑1 (MQ=255) ggggTGCGGGTGCAGCATGGGCTGGTGAGCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCTATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCgg < 1:18479/135‑1 (MQ=255) gcggggcgggGGCACCATGGGCAGGTCATCGGCCAGGGTTTCAC‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCAgg < 6:283947/137‑1 (MQ=255) gCGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGAGCGGCCAGGGTTTCAC‑CCGG‑CCTATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCgg < 5:88983/137‑1 (MQ=255) cGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGAGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGgc > 3:13601/1‑137 (MQ=255) ggggcgggTGCACCAGTGGCTGGTGATCGGCCTGGTTATCAC‑CCGC‑CCTATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGgca < 8:349228/131‑1 (MQ=255) ggTGCTGGTCCTGCAGGGGCTGGTCTGCGCCCTGTTTTTCAA‑CCGG‑CCTATCCTCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGgca < 7:16838/137‑1 (MQ=255) gggtGGGGCAGCTTGGGCCGGTGAGCGCCCCGGGTGTCAC‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGgcagc < 3:73991/134‑1 (MQ=255) ggCTGGTGCTGCTGGGGCAGGTTTGCGGCCCGGGTTTCAC‑CCGG‑CCTATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGgcagc < 2:96795/136‑1 (MQ=255) gCTGGTGCAGCAGGGGCAGGTGAGCGGCCTGGGTTTCAC‑CCGG‑CCTATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGgcagca < 7:181649/137‑1 (MQ=255) tGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGGCAGCAcc > 6:78906/1‑137 (MQ=255) cagctggggCTGGTTAGCGCCCCGGTTTGCAA‑CGGG‑CCTATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGGCAGCACCCTGTa < 3:54850/131‑1 (MQ=255) cagctTGGGCTGGTTATCGCCCAGGGTTTAAA‑CGGG‑GCTTTCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGGCAGCACCCTGTa < 5:141530/137‑1 (MQ=255) cagcaTGGGCTGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCTATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGGCAGCACCCTGTa < 6:125140/137‑1 (MQ=255) cagaaTGGGCTGGTGAGCGGCAAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGGCAGCACCCTGTa < 2:5936/137‑1 (MQ=255) aagattGGGCAGGTGATCGGCCTGGTTTTCAA‑CGGG‑CGTATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGGCAGCACCCTGTa < 8:125044/132‑1 (MQ=255) aagatggggCGGGTGAGCGGCCTGGGTTACAC‑CGGG‑CGTATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGGCAGCACCCTGTa < 4:351970/131‑1 (MQ=255) tGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGGCAGCACCCTGTAtgtgc > 3:188226/1‑136 (MQ=255) tGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGGCAGCACCCTGTATGTGa > 6:299733/1‑137 (MQ=255) tGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGGCAGCACCCTGTATGTGa > 3:351970/1‑137 (MQ=255) gttGAGCGGCCTGGGTTTAAA‑CCGT‑CCTATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGGCAGCACCCTGTATGTGACCCTgg < 8:183088/135‑1 (MQ=255) ggtgcgcGGCCAGGTTTGCAC‑CGGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGGCAGCACCCTGTATGTGACCCTgg < 5:328415/131‑1 (MQ=255) 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ttccAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGGCAGCACCCTGTATGTGACCCTGGAACCGTGCAGCAtgt < 7:335518/134‑1 (MQ=255) ttCAA‑CCGG‑AGTATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGGCAGCACCCTGTATGTGACCCTGGAACCGTGCAGCAtgtg < 3:281115/137‑1 (MQ=255) a‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGGCAGCACCCTGTATGTGACCCTGGAACCGTGCAGCATGTGTGCg < 5:376988/137‑1 (MQ=255) a‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGGCAGCACCCTGTATGTGACCCTGGAACCGTGCAGCATGTGTGCg < 3:127960/137‑1 (MQ=255) | ATCGCAGTCGCGATCAGGAATTCATGCGCCTGGCGCTGGCCTTGGCCGCCGAAGGCGCGGCGTTGGGCGAGGTGCCAGTGGGGGCGGTGCTGGTGCAGCATGGGCAGGTGATCGGCCAGGGTTTCAA‑CCGG‑CCGATCATCGACAGCGACCCCAGCGCGCATGCCGAGATGGTGGCGATCAGGGCGGCAGCCAGGTCGGCCAGCAACTACCGGCTACCCGGCAGCACCCTGTATGTGACCCTGGAACCGTGCAGCATGTGTGCG > ACB143/1175426‑1175688 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |