| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | ACB143 | 4,159,020 | T→G | 30.6% | K237T (AAG→ACG) | proP_4 ← | Proline/betaine transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB143 | 4,159,020 | 0 | T | G | 30.6% | 67.3 / 7.0 | 58 | K237T (AAG→ACG) | proP_4 | Proline/betaine transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/25); new base G (17/2); total (31/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.70e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GACAGGTAGGTCGGCATGTAACTGAGCAACAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGATATAGCGCCCTACCAGGCCGAACGGCGCCGCCAGCAGGAACGGCAGGCGCCAGCCCCACTCATGCAGGGCTTCA > ACB143/4158885‑4159154 | gACAGGTAGGTCGGCATGTAACTGAGCAACAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCt < 6:39832/136‑1 (MQ=255) aCAGGTAGGTCGGCATGTAACTGAGCAACAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCtt > 4:256894/1‑136 (MQ=255) gtaggtCGGCATGTAACTGAGCAACAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACTCCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTTGCCCAGCAGTTCTATAAGCTGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGtt < 4:272825/136‑1 (MQ=255) ggtCGGCATGTAACTGAGCAACAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCTTCGT‑GGCCCTGCCCGCggtggtgtac > 7:247647/1‑132 (MQ=255) ggtCGGCATGTAACTGAGCAACAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATTCCGGCCTTGGTTTcc > 6:287863/1‑136 (MQ=255) ggtCGGCATGTAACTGAGCAACAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCCGCCGTGGttta > 1:277921/1‑134 (MQ=255) gCATGTAACTGAGCAACAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATTGCGGCCGTGGTTTCCAAgcg > 2:225921/1‑136 (MQ=255) aTGTAACTGAGCAACAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGTGGGCCAT‑CCGGCCGTGGGTTACAGgcggg > 3:153998/1‑134 (MQ=255) aTGTAACTGAGCAACAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCgct < 8:195373/136‑1 (MQ=255) tAACTGAGCAACAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGTTGACACCCAAGCCGATTTCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGAAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCgctgc < 5:75801/135‑1 (MQ=255) tAACTGAGCAACAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGGCATGCCGGCCGTTGTTTGCACGCgctgcg > 4:77875/1‑135 (MQ=255) tAACTGAGCAACAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCCTGCCGGCCGTGGTTTCCAGGCgctgct > 8:80529/1‑136 (MQ=255) aaCTGAGCAACAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTc < 3:36094/136‑1 (MQ=255) aCTGAGCAACAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTc < 2:229617/135‑1 (MQ=255) aGCAACAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCAtc < 1:225921/135‑1 (MQ=255) aaCAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGGCAAGGCGGCCTTTGTTTCCAGGGGCTGCTCCATCTCCa > 6:164182/1‑136 (MQ=255) aaCAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCCTGCCGGCCGTGGTTTCCCGGCGCTGCTCCAtctc > 3:288385/1‑134 (MQ=255) aaCAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTTGTTTCCAGGCGCTGCTCCAtatc > 2:211579/1‑134 (MQ=255) aaCAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCAtctc > 1:180210/1‑134 (MQ=255) aaCAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCa > 1:157847/1‑136 (MQ=255) cAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCCAGCCGGCCTTGGGTTGCACGCGCGGCTCCAACTCCCgg > 3:102241/1‑136 (MQ=255) aCGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCGTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTggg > 3:291934/1‑136 (MQ=255) ccGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCCTGCCGGCCGTGGTTTCCCGGCGCTGCGGCCTCTCCCGGAACTTGGGCggggc > 1:8248/1‑132 (MQ=255) cGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGGCGTGGTTTCCAGGCGCGGCGCCATCGCCCGGAACTTGGGCGTGGcc > 1:225613/1‑136 (MQ=255) cATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCCTGCCGGCCTTGGTTTCCCGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTTGGCGTGTCCTg > 2:85391/1‑136 (MQ=255) aTTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGc < 3:285983/136‑1 (MQ=255) aggcaggTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGc < 8:170226/136‑1 (MQ=255) aggcaggTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGc < 8:146713/136‑1 (MQ=255) caggTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCa < 1:145552/136‑1 (MQ=255) gACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCGTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCgg > 7:9637/1‑136 (MQ=255) acacCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCCAGCCGGCCGTGGTTTCCCGGCGCGGGGCCCTCTGCCCGAACGTGGGCGGGGCCGGGAAGCTCCTGCGGa > 3:262357/1‑136 (MQ=255) acacCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGa < 7:57343/136‑1 (MQ=255) ccATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGAtata < 1:146652/136‑1 (MQ=255) cGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCCAGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCAACATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCAGCAAACTCAAGCCGATATAACGcc > 2:225442/1‑135 (MQ=255) cGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCCTCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGATATATCGcc > 2:80863/1‑135 (MQ=255) cGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCGGCTCCATATCCAAGAACTTTGGCGTGTCCATCCAGCTCATGCGGCTTTAGCGccc > 8:64493/1‑136 (MQ=255) aTTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGGGTCCTGCAAGCTCCTGCGGATATAGCGCCCTa > 4:130303/1‑136 (MQ=255) gCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCCTGCCGGCCGTGGTTTCCAGGCGCTGGTCCCTCTCCAGGAACTTGGGCGGGTCCTGCAAGCTCAAGCGGATATAGCGCCCTACCa > 2:45799/1‑136 (MQ=255) cgcCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGATATAGCGCCCTACCAGGCCGAACg < 3:76109/136‑1 (MQ=255) gcCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCGTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCCTCTCCAGGAACTTGGGCGTGGGCTGCAAGCTCATGCGGATATAGCGCCCTACCAGGCCGGACgg > 1:206517/1‑136 (MQ=255) cGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCCTGCCGGGCGTGGTTTCCCGGCGCGGCGGCCTGTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCCAGCGCATGCGGATATAGCGCCCGACCAGGCCGCACGgcg > 2:164771/1‑136 (MQ=255) cTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGATATAGCGCCCTACCAGGCCGAACGGCgccgcc < 5:171075/136‑1 (MQ=255) gCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCGTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGATATAGCGCCCTACCAGGCCGAACGGCGCCGCcagc < 8:178523/136‑1 (MQ=255) ccAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCCTGCCGGCCGTGGTTTGCCGGCGCGGCGCCCTCTCCAGGCACTTGGGCGTGGGCGGCCAGCTCATGGGGGTATAGCGCCCGACCCGGCCGCACCGCGCCGCccgcag > 2:258861/1‑136 (MQ=255) gTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGGCAAGCCGGCCGTGGTTTCCAGGCGCTGCGCCCTATACATGTAAATGGGCGTGTGCTGGATTGATGTGGGGTTATTGCTGCCGACCACGCCGGACGGCGCCGCCAGCGGGGACgg > 8:35118/1‑136 (MQ=255) gcgcAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGATATAGCGCCCTACCAGGCCGAACGGCGCCGCCAGCAGGAACGGCAgg < 8:79170/136‑1 (MQ=255) cgcAGCGGCGTCGT‑GGCCCTGCCGGCCGTGGTTTCCAGGCGCGGCGCCCTCTCCAGGGACTTTGGGGGGTGCGGCCAGCTCATGCGGATTTTGCGCCCGACCCGGCCCCCCGGCGCCGCCCGCCGGCAcggccggc > 4:54332/1‑136 (MQ=255) gcAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTGCTTCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCCAGCTCATGCGGATATAGCGCCCTTCCAGGCCGAACGGCGCCGCCCGCAGGAACGGCAGgcg > 3:148638/1‑136 (MQ=255) aGCGGCGGCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGATATAGCGCCCTACCAGGCCGAACGGCGCCGCCAGCAGGAACGGCAGGCGcc < 5:112389/136‑1 (MQ=255) cggcgTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGATATAGCGCCCTACCAGGCCGAACGGCGCCGCCAGCAGGAACGGTAGGCGCCAg < 3:213860/136‑1 (MQ=255) cgtcgt‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGATATAGCGCCCTACCAGGCCGAACGGCGCCGCCAGCAGGAACGGCAGGCGCCAGccc < 7:52902/136‑1 (MQ=255) t‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGATATAGCGCCCTACCAGGCCGAACGGCGCCGCCAGCAGGAACGGCAGGCGCCAGCCCCACTc < 2:277921/136‑1 (MQ=255) gggCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGATATAGCGCCCTACCAGGCCGAACGGCGCCGCCAGCAGGAACGGCAGGCGCCAGCCCCACTc < 4:260071/135‑1 (MQ=255) ccATGCCGGCCGTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGATATAGCGCCCTACCAGGCCGAACGGCGCCGCCAGCAGGAACGGCAGGCGCCAGCCCCACTCATg < 6:267321/136‑1 (MQ=255) ccGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGTTCTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGATATAGCGCCCTACCAGGCCGAACGGCGCCGCCAGCAGGAACGGCAGGCGCCAGCCCCACTCATGCAggg < 2:176252/136‑1 (MQ=255) ccGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGATATAGCGCCCTACCAGGCCGAACGGCGCCGCCAGCAGGAACGGCAGGCGCCAGCCCCACTCATGCAggg < 5:86392/136‑1 (MQ=255) ggCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGATATAgc < 1:182055/71‑1 (MQ=255) ggCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGATATAgc > 2:182055/1‑71 (MQ=255) ggCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGATATACCGCCCAACCAGGCCGAACGGCGCCGCCAGCAGGAACGGCACGCGCCAGCCCCACTCATGCAGGGCt > 7:24817/1‑136 (MQ=255) cTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGATATAGCGCCCTACCAGGCCGAACGGCGCCGCCAGCAGGAACGGCAGGCGCCAGCCCCACTCATGCAGGGCTTCa < 3:85375/136‑1 (MQ=255) cTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGATATAGCGCCCTACCAGGCCGAACGGCGCCGCCAGCAGGAACGGCAGGCGCCAGCCCCACTCATGCAGGGCTTCa < 2:157847/136‑1 (MQ=255) | GACAGGTAGGTCGGCATGTAACTGAGCAACAGGTAGAACGCAACCGCATTCAGGCAGGTGACACCCATGCCGATTGCCAGACTGCGCCGGTGCTGGCCCAGCAGTTCGCGCAGCGGCGTCGT‑GGCCATGCCGGCCTTGGTTTCCAGGCGCTGCTCCATCTCCAGGAACTTGGGCGTGTCCTGCAAGCTCATGCGGATATAGCGCCCTACCAGGCCGAACGGCGCCGCCAGCAGGAACGGCAGGCGCCAGCCCCACTCATGCAGGGCTTCA > ACB143/4158885‑4159154 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |