| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | ACB143 | 994,235 | 0 | T | G | 52.0% | 6.3 / 19.2 | 25 | R54R (CGT→CGG) | CJ019_00938 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (7/5); new base G (0/13); total (7/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.07e-02 | |||||||||||
| Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGGATGTGGCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATG‑CCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTGGAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGC > ACB143/994105‑994365 | tggATGTGGCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTgggct > 4:327240/1‑133 (MQ=255) ggCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCCTCcagcag > 1:121973/1‑136 (MQ=255) cTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCCTCCCGCAGGCTG‑cc > 6:76937/1‑136 (MQ=255) ggCCAGGCCCGAGGACAGCCCCGGAAAGGCCGCCCATGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCTGGGTGTGTTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGTTGGGCGTGGCATCCAGCTGGATG‑CCACGGtt < 8:241649/136‑1 (MQ=255) cgcGAGCAAACCCCCGGCACGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGGCGCGGCGCAGTTGCTGCGGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATG‑CCACGGTTGCCCgg < 2:51531/133‑1 (MQ=255) aaccccccGGCAAGGCGGCCCCTGCTTTTGTGGGGGCCGGGGGGCAGGGGGTGGCGGCGGCGCTGTGGGTGGGGGGGAATACCCGTGGGGTGGGGCGGGGACCCCAGCTGGATG‑CCACGGTTGCCCGGCGTTGGtt < 8:318772/131‑1 (MQ=255) tCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATT‑CCACGGTTGCCCGGCGTTGGGTCggg > 2:128624/1‑135 (MQ=255) cccGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGGCTCCCGCAGGGTGACCCCGGTGGCCCGgggtgggtggggt > 7:182301/1‑131 (MQ=255) ggCACGGCCGCCCAGGCGATGGTGGCGGCAGCGGGGCAGGGGGTGGTCGTGGCGCAGTTGCTGGTGGGGCTGATCCTGCTGGATGGGCGGGGCATCCAGCAGGATG‑CCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCg < 1:23808/136‑1 (MQ=255) cccggCCGCCCCGGCTATTCTGGCGGCTGGGGGGCAGGGTGGGGTCGTGGCGCTGTGGCTGCGGGGGCATAGCGTGGGGGTGGGGCGGGGCATCCTGCAGGATG‑CCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCt < 1:72311/133‑1 (MQ=255) cacggCCGCCCCGCGGTTGCTGGGGGCAGCGGGGCTGGGTGGGGTCGCGCCGCAGTTGCTGCGGGGGCATATCCTGGTGGATGGGCGGGGCATCCTGCCGGATG‑CCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCt < 6:53937/133‑1 (MQ=255) ccgccCAGGCGATTCGGGCGGCAGGGGGGCTGGGGGTGGGCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCATAGCCTGCTGGATGGGCGGGGCATCCAGCAGGATG‑CCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGcaca < 3:354151/136‑1 (MQ=255) aGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGGCTCCAGCACGCTG‑CCCCCGGTGGCCGGGGGTGGGTGGGGGTCGGGGCCCAGGGTgg > 8:263736/1‑136 (MQ=255) ggcgggAGGGGGGCAGGGTGGGGGGGGGGGGCCGGGCGTGGTGGGTCAGATCCTGCGGGTTGGGCGTGGCATCCCGAAGCATG‑CCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATg < 3:48216/136‑1 (MQ=255) gggcAGGGGGGCAGGGTGGGGTCGAGGCGCAGTGGCTGCTGGGGCAGAGCCTGCTGGATGGGCGGGGCACCCAGCCGGATG‑CCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGgc < 4:22093/135‑1 (MQ=255) gcAGCGGGTCAGGGTTGGGTCGTGGCGCTGTTGCTGGTGGGGAATATCCTGGTGTCTGGGCGGGGCAGCCAGAAGGATG‑CCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGgcgc < 4:60285/136‑1 (MQ=255) aggggggCCGGGTGGGGCCGCGCCGCCGTGGCGGCTGGGGCAGATCGTGGTGGTTGGGCGGGCCACCCAGCAGGATG‑CCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGcac < 3:173487/133‑1 (MQ=255) gggtgGGCGCGGCGCAGTTGGGGCTGGGTCAGATCCGGTTGTAGGGGGGTGCCATACCGCTGGATG‑CCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCgg < 7:331934/134‑1 (MQ=255) gtgGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATT‑CCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTGGGTATCGCTTCACAAGGTGGCAGTGGCATGGCGCACAACATGCTCGGGc > 8:261143/1‑136 (MQ=255) ggcGAGGCGCAGTTGCGGCTGGGGCAGATCCTGCGGGAGGGGCGGGGCACCCAGCAGGATG‑CCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGtt < 2:121973/134‑1 (MQ=255) cgcgccgcATTGGCGGCGGGGGCAGTTCCTGCTGGTTGGGGGGGGCATCCAGCAGGATG‑CCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGc < 6:267033/131‑1 (MQ=255) ggCAGATCCTGCTGGTTGGGGGTGGCATCCAGCAGGATG‑CCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTGGAGCATGGCTGGGGTgg < 7:261143/136‑1 (MQ=255) gcttaTCCTGCTGTTTGGGCGGGGCAGCCAGCAGGATG‑CCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTGGAGCATGGCTGGGGTGGc < 6:283623/132‑1 (MQ=255) gctgGAGGGGCGGGGCATCCAGAGGGATG‑CCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTGGAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAAt < 4:32575/136‑1 (MQ=255) gggCGGGGCATCCAGCAGGATG‑CCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTGGAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGc < 3:113653/136‑1 (MQ=255) | TGGATGTGGCCGGCTTGCAGGCCATGCTCGAGGAAACTCCCGGCAAGGCCGCCCAGGCGATTCTGGCGGCAGCGGGGCAGGGTGTGGTCGAGGCGCAGTTGCTGCTGGGGCAGATCCTGCTGGATGGGCGTGGCATCCAGCAGGATG‑CCACGGTTGCCCGGCGTTGGTTCGGTATCGCTGCACAGGGTGGCAGTGCCATGGCGCACAACATGCTCGGGCGTTGCCTGGAGCATGGCTGGGGTGGCGAGGTGAATTTGGTGC > ACB143/994105‑994365 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |